Predkladacia správa
Program PHARE bol zriadený Nariadením Rady č. 3906/1989/ES s cieľom poskytnúť všeobecnú pomoc kandidátskym krajinám pri príprave na ich vstup do Európskej únie. Zásady programu vychádzajú z Partnerstva pre vstup a z Národného programu na prijatie acquis communautaire. V plánovacom období 2000-2006 sa program PHARE zameriava na dve hlavné priority: budovanie inštitúcií a investície. Systém implementácie programu PHARE v Slovenskej republike bol schválený uznesením vlády SR č. 656/1999 k smernici k príprave a realizácii programu PHARE v SR na obdobie 2000-2006.
Rozhodnutím Európskej komisie č. 229/2000 zo dňa 7. marca 2000 o indikatívnej alokácii medzi prijímajúcimi krajinami v rámci PHARE boli Slovenskej republike alokované finančné prostriedky vo výške 50 – 80 MEUR ročne v závislosti od absorpčnej kapacity krajiny, kvality a počtu pripravených projektov. 
S cieľom decentralizovať implementačné štruktúry programu PHARE bolo dňa 10. decembra 1998 podpísané Memorandum o zriadení Národného fondu medzi vládou SR a EK. Za  splnomocnenca pre Národný fond bol dňa 2. decembra 1998 vládou SR vymenovaný štátny tajomník Ministerstva financií SR. Splnomocnenec pre Národný fond je celkove zodpovedný za finančné riadenie prostriedkov programu PHARE. 
Pokyny pre hospodárenie s finančnými prostriedkami v rámci programu PHARE predkladá na rokovanie vlády SR ministerka financií SR v nadväznosti na uznesenie vlády SR č. 88/2001 k Správe o príprave zavedenia štrukturálnych fondov na Ministerstve financií SR, v ktorom jej bolo uložené vypracovať mechanizmus spôsobu financovania projektov realizovaných v rámci predvstupových nástrojov PHARE, ISPA a SAPARD v zmysle ustanovení rozpočtových pravidiel. 
Cieľom Pokynov je definovať kompetencie jednotlivých subjektov pri hospodárení s finančnými prostriedkami pri realizácii programu PHARE v Slovenskej republike a zabezpečiť jednotný, účinný a koordinovaný postup pri hospodárení s finančnými prostriedkami pri realizácii programu PHARE, pri zabezpečovaní spolufinancovania jednotlivých projektov a pri prevode a  správe majetku obstaraného zo zdrojov programu PHARE. 
Pokyny zavádzajú nový systém zabezpečovania spolufinancovania od roku 2003, kedy bude spolufinancovanie zabezpečované v rámci príslušných rozpočtových kapitol štátneho rozpočtu  a nie v rámci kapitoly Všeobecná pokladničná správa ako v roku 2002.
Pokynmi nie sú dotknuté povinnosti jednotlivých subjektov vyplývajúce z medzinárodných zmlúv a legislatívy SR.
Materiál bol prerokovaný v rámci medzirezortného pripomienkového konania.