Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov 
1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003 

b)	Základné právne predpisy ES
•	Šiesta smernica Rady 77/388/EHS o harmonizácii zákonov členských štátov týkajúcich sa daní z obratu – spoločný systém dane z pridanej hodnoty
•	Nariadenie Rady č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky 
•	Nariadenie Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie  Rady č. 96/2185/ES o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou za účelom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
•	Nariadenie Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu 
•	Nariadenie Rady č. 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch 
•	Nariadenie Rady č. 99/1263/ES k Finančnému nástroju na usmerňovanie rybolovu 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1783/ES o Európskom fonde regionálneho rozvoja
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1784/ES o Európskom sociálnom fonde 
•	Nariadenie Rady č. 99/2792/ES ustanovujúce presné predpisy a opatrenia týkajúce sa štrukturálnej pomoci ES v sektore rybného hospodárstva
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2000/643/ES o opatreniach pre používanie EURO pre účely rozpočtového riadenia štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2000/1685/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2001/438/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Rady č. 2001/448/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Rady č. 2001/1447/ES, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch
•	Nariadenie Rady č. 2002/445/EK ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu
•	Nariadenie Rady č. 2002/1605/ES o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Rady č. 2002/2342/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 2002/1605/ES o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2002/2355/ES , ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie č. 2001/438/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2003/1105/ES, ktorým sa mení nariadenie Rady č. 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch 
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2003/1145/ES, ktorým sa mení nariadenie Rady č. 2000/1685/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov
  
c)	Základné právne predpisy SR
•	Zákon NR SR č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Zákon NR SR č. 289/1995 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov
•	Zákon NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 263/1999 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení zákona č. 150/2001 Z. z.
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 386/2002 Z. z.
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve

2. Základné definície a pojmy

Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sa rozumie:
a)	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Certifikácia – potvrdenie správnosti a oprávnenosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov.
c)	Cieľ 1 – cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov  pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 75 % priemeru Európskych spoločenstiev. 
d)	Cieľ 2 – cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny vážne postihnuté úpadkom priemyslu, a ktoré čelia štrukturálnym ťažkostiam.  
e)	Cieľ 3 – cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho sociálneho fondu pre rozvoj ľudských zdrojov, modernizáciu a prispôsobovanie politík a systémov vzdelávania, školenia a zamestnanosti.
f)	Čiastkový výkaz výdavkov – dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný programový dokument podľa jednotlivých národných zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje ES. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. 
g)	Doplnok programu – dokument, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci z ES, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrenia, ako ich uvádza čl. 18 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES, ktorý vypracuje členský štát alebo riadiaci orgán a ktorý bude v nevyhnutných prípadoch prehodnotený podľa čl. 34 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES. Zasiela sa Európskej komisii pre informáciu.
h)	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) - medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery konečným prijímateľom určené na spolufinancovanie projektov.
i)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) – jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie.
j)	Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond – usmerňovacia sekcia (ďalej len „EAGGF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES podporujúci adaptáciu poľnohospodárskych štruktúr na dlhodobé štrukturálne zmeny v poľnohospodárstve, rozvoj poľnohospodárskej infraštruktúry, rozvoj a obnovu vidieka, vidieckeho dedičstva a lesov.
k)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
l)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nesprávnym aktivitám, vrátane zneužitia úradnej moci v rámci inštitúcií EÚ. 
m)	Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu (ďalej len „FIFG“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je zabezpečiť vyrovnaný, harmonický rozvoj rybárskeho priemyslu.
n)	Iniciatívy ES – forma pomoci ES zo štrukturálnych fondov, ktorá sa týka cezhraničnej (INTERREG IIIA), transregionálnej (INTERREG IIIB) a  trasnacionálnej spolupráce (INTERREG IIIC), hospodárskej a spoločenskej obnovy zaostalých  miest a mestských oblastí (URBAN), rozvoja vidieka (LEADER) alebo medzištátnej spolupráce na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce (EQUAL).
o)	Jednotný programový dokument (Single Programming Document – ďalej len „SPD“) – programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok zo štrukturálnych fondov a ostatné finančné prostriedky.
p)	Kohézny fond – finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru Európskych spoločenstiev. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
q)	Konečný prijímateľ (Final Beneficiary) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu a je zodpovedná za jeho realizáciu. V prípade schém štátnej pomoci podľa článku 87 Zmluvy o EÚ sú konečnými prijímateľmi tie orgány, ktoré túto podporu poskytujú konečným užívateľom. 
r)	Konečný užívateľ (Final Recipient) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu, je zodpovedná za jeho realizáciu a podpora je mu poskytovaná od konečného prijímateľa ako poskytovateľa podpory podľa schém štátnej pomoci v zmysle článku 87 Zmluvy o EÚ.
s)	Monitorovací výbor pre program Iniciatívy ES - orgán zriadený členským štátom (členskými štátmi v prípade INTERREG III) po dohode s riadiacim orgánom pre CIP a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v programe. Je zložený zo zástupcov  príslušného riadiaceho orgánu pre program Iniciatívy ES (vrátane národných riadiacich orgánov pre INTERREG III), platobného orgánu (vrátane národných platobných orgánov pre INTERREG III) a ostatných zainteresovaných subjektov. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre CIP.
t)	Monitorovací výbor pre Rámec podpory Spoločenstva - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre CSF a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v CSF. Je zložený zo zástupcov  jednotlivých riadiacich orgánov, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre CSF.
u)	Monitorovací výbor pre jednotný programový dokument - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre SPD a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v SPD. Je zložený zo zástupcov  príslušného riadiaceho orgánu pre SPD, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre SPD.
v)	Monitorovací výbor pre operačný program – orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, riadiaceho orgánu pre CSF, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
w)	Národný orgán (National Authority) - orgán menovaný členským štátom pre účely riadenia podpory z INTERREG III na národnej úrovni v prípade, že príslušný členský štát nie je riadiacim orgánom pre program Iniciatívy ES. 
x)	Národný rozvojový plán (National Development Plan, ďalej len „NDP“) – programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na cieľe uvedeným v článku 1 nariadenia Rady č. 1260/1999/ES a prioritným potrebám pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov.
y)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná priorita programového dokumentu a ktorý umožňuje financovanie projektov. 
z)	Operačný program – programový dokument schválený Európskou komisiou pre realizáciu Rámca podpory Spoločenstva, obsahujúci súvislý súbor priorít zahrnujúcich viacročné opatrenia, ktorý môže byť realizovaný využitím pomoci jedného alebo viacerých fondov, jedného alebo viacerých iných existujúcich finančných nástrojov a EIB. 
aa)	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne realizované v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme výdavkov konečného prijímateľa v súlade s nariadeniami Európskej komisie 2000/1685/ES a 2003/1145/ES týkajúcich sa oprávnenosti výdavkov, a ktoré boli realizované v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES.
bb)	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov (Winding-up Body) – nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. 
cc)	Platobná jednotka – organizačná zložka príslušného ministerstva zodpovedná za prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečným prijímateľom na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou konečným prijímateľom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva, resp. rozpočtovej organizácie, ako klienta Štátnej pokladnice.
dd)	Platobný orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy platobného orgánu organizačná zložka Ministerstva financií SR – odbor platobného orgánu pre štrukturálne fondy EÚ. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klienta Štátnej pokladnice.
ee)	Poskytnutie zálohovej platby konečnému prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov zo zdrojov štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi z verejného sektora po podpise zmluvy s konečným prijímateľom o financovaní projektu a preukázaní konečného prijímateľa o začatí realizácie projektu financovaného z ESF formou zálohovej platby.
ff)	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov konečnému prijímateľovi z verejného sektora zo zdrojov štátneho rozpočtu na uhradenie úvodných záväzkov voči dodávateľovi v lehote splatnosti na základe predloženia účtovných dokladov vystavených dodávateľom. 
gg)	Prehlásenie o overení – dokument vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo riadiacim orgánom potvrdzujúci, že výdavky deklarované konečným prijímateľom sú oprávnené;
hh)	Priorita - jedna z hlavných zámerov stratégie Rámca podpory Spoločenstva alebo programového dokumentu. Každej priorite je pridelený príspevok zo štrukturálnych fondov a iných finančných nástrojov, príslušné finančné prostriedky členského štátu a súbor bližšie určených konkrétnych cieľov.
ii)	Program Iniciatívy ES (Community Initiative Program - ďalej len „CIP“) – programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované z Iniciatívy ES a zo zdrojov členského štátu (členských štátov v prípade INTERREG III), ich špecifické ciele, príspevok z Iniciatívy ES a ostatné finančné prostriedky.
jj)	Rámec podpory Spoločenstva (Community Support Framework - ďalej len „CSF“) - dokument schválený Európskou komisiou po dohode s príslušným členským štátom, ktorý vyplýva z hodnotenia Národného rozvojového plánu predloženého členským štátom. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok fondov a ostatné finančné prostriedky.      Realizuje sa prostredníctvom jedného alebo viacerých operačných programov. 
kk)	Refundácia konečným prijímateľom z verejného sektora – uvoľnenie prostriedkov rozpočtovaných vo výdavkoch príslušnej rozpočtovej kapitoly krytých platobnou jednotkou z prostriedkov EÚ. 
ll)	Riadiaci orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely riadenia podpory zo štrukturálnych fondov. Riadiaci orgán je menovaný pre Rámec podpory Spoločenstva, každý operačný program,  Jednotný programový dokument a program iniciatívy ES.
mm)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti riadiaceho orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu.
nn)	Štátna pokladnica – inštitúcia zabezpečujúca centralizáciu príjmov a realizáciu výdavkov štátneho a verejného rozpočtu a dennú likviditu štátneho rozpočtu. 
oo)	Štrukturálne fondy – nástroje štrukturálnej politiky ES využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond – usmerňovacia sekcia a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu.
pp)	Výkaz výdavkov – dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia za príslušný programový dokument podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje ES. Výkaz je vypracovaný platobným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
qq)	Zmluva o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán. 
rr)	Zmluva s konečným prijímateľom o financovaní projektu – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov uzatvorená medzi riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom (v prípade, že je táto úloha delegovaná z riadiaceho orgánu) a konečným prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia podpory, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
ss)	Zúčtovací doklad – doklad dokazujúci uskutočnenie výdavku, t. j. doklad o uskutočnení plnenia dodávky prác, tovaru alebo služby a o jeho zaplatení zo strany konečného prijímateľa. 

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	Riadiace orgány, 
-	Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	Platobný orgán,
-	Platobné jednotky,
-	Monitorovacie výbory,
-	Orgán vydávajúci prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov,
-	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR,
-	Kontrolné útvary ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, platobný orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky,
-	Správy finančnej kontroly,
-	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR;
-	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, platobný orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky,
-	Úrad pre štátnu pomoc.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov je prísne oddelenie riadiacej a platobnej funkcie. 

3.1 	Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
Vláda SR uznesením č. 133/2002 z 13. februára 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre regióny spadajúce pod Cieľ 1 formou Rámca podpory Spoločenstva. Vláda SR týmto uznesením zároveň rozhodla o štruktúre NDP, ako aj o zriadení príslušných riadiacich orgánov vzhľadom na štruktúru Národného rozvojového plánu. Na základe pripomienok EK Slovenská republika pre skrátené programové obdobie 2004-2006 vypracovala 4 operačné programy pre Cieľ 1: 
·        Sektorový operačný program Ľudské zdroje,
·        Sektorový operačný program Priemysel a služby, 
·        Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka,
·        Operačný program Základná infraštruktúra.

Tabuľka č. 1: 
Geografické vymedzenie programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004-2006
	programový dokument	región SR	
Cieľ 1	Národný rozvojový plán (Rámec podpory Spoločenstva	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Priemysel a služby	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	OP Základná infraštruktúra	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Ľudské zdroje	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
Cieľ 2	SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2	príslušné zóny bratislavského kraja	
Cieľ 3	SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3	bratislavský kraj	
INTERREG IIIA	CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika	trnavský kraj, trenčiansky kraj, žilinský kraj 	
	CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR	žilinský kraj, prešovský kraj	
	CIP INTERREG IIIA Maďarsko – SR - Ukrajina	bratislavský kraj, nitriansky kraj, banskobystrický kraj, košický kraj	
	CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR	bratislavský kraj	
INTERREG IIIB	CIP INTERREG IIIB CADSES	Slovenská republika	
INTERREG IIIC	CIP INTERREG IIIB Východná zóna 	Slovenská republika	
EQUAL	CIP EQUAL	Slovenská republika	

Vláda SR uznesením č. 317/2002 zo dňa  27. marca 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre región vylúčený z podpory podľa Cieľa 1, spadajúci pod Cieľ 2 a Cieľ 3 podpory ES, formou jednotného programového dokumentu a o zriadení riadiacich orgánov pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 a SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3.
Za riadiace orgány pre operačné programy, jednotné programové dokumenty a programy iniciatívy ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004-2006 boli určené príslušné ministerstvá podľa tabuľky č. 2. Úlohy riadiacich orgánov v SR pre skrátené programové obdobie 2004-2006 plnia organizačné útvary v rámci príslušných ministerstiev. 

Tabuľka č. 2: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 

Riadiaci orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia riadenia pomoci z EÚ –odbor riadenia CSF 	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Ministerstvo hospodárstva SR	sekcia pre európske záležitosti- odbor riadenia SOP PS	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja – odbor riadenia OP ZI	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	sekcia európskej integrácie, štrukturálnej politiky a rozvoja vidieka – odbor  štrukturálnej politiky	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF – odbor riadiaceho orgánu pre SOP ĽZ 	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava Cieľ 2	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia riadenia pomoci z EÚ –odbor riadenia pre Jednotný programový dokument Cieľ 2	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava Cieľ 3	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF – odbor riadiaceho orgánu pre Jednotný programový dokument Cieľ 3 	

Vláda SR uznesením č. 359/2002 zo dňa 10. apríla 2002 schválila účasť SR v Iniciatíve Spoločenstva INTERREG III a poverila funkciou riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, jednotlivé ministerstvá.
Za riadiaci orgán pre Iniciatívy ES EQUAL bolo poverené Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR. 
V rámci programov Iniciatívy ES INTERREG III platia špecifické pravidlá, nakoľko ide o nadnárodné programy. Slovenská republika ani pri jednom z nich (okrem CIP INTERREG IIIA SR – Česká republika) nevystupuje ako riadiaci, resp. platobný orgán. V týchto prípadoch bude ako riadiaci, platobný orgán, voči Európskej komisii vystupovať partnerská krajina.
Pre CIP INTERREG IIIA Poľsko – SR je riadiacim orgánom Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska, pre CIP INTERREG IIIA Maďarsko – SR – Ukrajina Národná agentúra pre regionálny rozvoj Maďarska a pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko – SR Federálna kancelária Rakúska. Pre všetky programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA podpisuje riadiaci orgán s národným orgánom medzinárodnú dohodu v mene partnerských krajín, ktorej obsahom sú podrobnosti k implementácii programu. 
Pre CIP INTERREG IIIB CADSES (Stredoeurópsky, jadranský, podunajský a juhovýchodoeurópsky priestor - Central, Adriatic, Danubian and South-eastern European Space) je riadiacim orgánom talianske ministerstvo infraštruktúry a dopravy.
Pre CIP INTERREG IIIC Východná zóna je riadiacim orgánom Federálna kancelária Rakúska.
Tabuľka č. 3: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, pre programy Iniciatív ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 

Riadiaci/národný orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre CIP INTERREG IIIA SR – Česká republika

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Maďarsko – SR - Ukrajina

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIB CADSES

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIC Východnú zónu	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo životného prostredia SR

Ministerstvo hospodárstva SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor riadenia INTERREG A

Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor riadenia INTERREG A 
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor riadenia INTERREG A

Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor riadenia INTERREG A
Sekcia zahraničnej pomoci a záležitostí EÚ - odbor riadenia programov

Sekcia pre európske záležitosti – odbor predvstupovej pomoci a interregionálnej spolupráce	
Riadiaci orgán pre Equal	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF - odbor RO Iniciatívy EQUAL	

Riadiaci orgán (okrem riadiaceho orgánu pre CSF) môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené zmluvou o delegovaní právomocí, ktorú riadiaci orgán poskytne platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF pre informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje platobný orgán o dodatkoch k zmluve o delegovaní právomocí. Písomná zmluva môže byť uzavretá len so subjektmi, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi, na ktoré boli delegované určité právomoci, sú uvedené v tabuľke č. 4.
Riadiaci orgán pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2  nedeleguje žiadne právomoci na sprostredkovateľské orgány.
Riadiace a národné orgány pre Iniciatívy ES rovnako nedelegujú svoje právomoci na nižšie úrovne. 

Tabuľka č. 4: 
Inštitucionálne usporiadanie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 

Sprostredkovateľský orgán pod Riadiacim orgánom (SO/RO)	Ministerstvo/ Organizácia	Organizačná zložka	
SO/RO pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu (SARIO)
Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania (NARMSP)
Slovenská energetická agentúra (SEA)
Slovenská agentúra pre cestovný ruch (SACR)		
SO/RO pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Ministerstvo životného prostredia SR	Koordinačný výbor

sekcia zahraničnej pomoci a záležitostí EÚ - odbor environmentálnych koncepcií a plánovania, odbor prípravy projektov, odbor riadenia programov, odbor Implementačná agentúra environmentálnych investičných projektov	
SO/RO pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Pôdohospodárska platobná agentúra 		
SO/RO pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskej integrácie - odbor pre ESF
	
SO/RO pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava Cieľ 3	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskej integrácie - odbor pre ESF

3.1.1 Rámec podpory Spoločenstva

Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva  v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie NDP, vrátane finančného plánu a koordinovanie vypracovania operačných programov a programových doplnkov;
•	negociovanie s Európskou komisiou o NDP a CSF;
•	koordináciu implementácie NDP a ostatných programových dokumentov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov; 
•	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi;
•	vybudovanie a zavedenie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy;
•	navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na základe schválenia Monitorovacím výborom pre CSF na vyjadrenie Ministerstvu financií SR a na schválenie vláde SR.

3.1.2 Sektorový operačný program Priemysel a služby

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu	
	Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania	
	Slovenská energetická agentúra	
	Slovenská agentúra pre cestovný ruch	
		
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (sektorový operačný program, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Priemysel a služby;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie zmluvy o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jej predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení SOP Priemysel a služby;
•	overovanie súladu SOP Priemysel a služby s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre SOP Priemysel a služby bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Priemysel a služby a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Priemysel a služby na schválenie;
•	spolufinancovanie SOP Priemysel a služby zo štátneho rozpočtu;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	overovanie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	overenie zoznamu výdavkov predložených sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a  zasielanie informácie platobnej jednotke;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zaslanie prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o  výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	prijímanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok  a žiadostí o platbu od konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmlúv s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov o platbu;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	predloženie zoznamu výdavkov konečného prijímateľa za každý projekt riadiacemu orgánu;
•	vypracovanie a predloženie platobnému orgánu správy o zistenej nezrovnalosti v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou. 

3.1.3 Operačný program Základná infraštruktúra

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
	
	Ministerstvo životného prostredia SR	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (sektorový operačný program, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie OP Základná infraštruktúra;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie zmluvy o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jej predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení OP Základná infraštruktúra;
•	overovanie súladu OP Základná infraštruktúra s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre OP Základná infraštruktúra bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre OP Základná infraštruktúra na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	kontrolu oprávnenosti výdavkov nárokovaných konečným prijímateľom;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou. 

Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra  pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra v spolupráci s Ministerstvom práce sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstvom školstva SR, Ministerstvom zdravotníctva SR, Ministerstvom kultúry SR a Ministerstvom dopravy, pôšt a telekomunikácií SR (rozsah spolupráce a zapojenia týchto ministerstiev do riadenia priority Lokálna infraštruktúra bude vymedzený samostatnou zmluvou), vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre prioritu Lokálna infraštruktúra;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovanie jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie príslušnej časti programového dokumentu (sektorový operačný program, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	prispôsobenie príslušnej časti doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre OP Základná infraštruktúra bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre príslušnú prioritu alebo opatrenie;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov ;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR);
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre OP Základná infraštruktúra;
•	predloženie riadiacemu orgánu podklady k odhadu očakávaných výdavkov;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou. 

3.1.4 Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka

Riadiaci orgán	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Pôdohospodárska platobná agentúra 	

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (sektorový operačný program, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	spolufinancovanie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka zo štátneho rozpočtu;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie zmluvy o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jej predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení SOP Poľnoshospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	overovanie súladu SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka na schválenie;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu  očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.5 Sektorový operačný program Ľudské zdroje

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (sektorový operačný program, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Ľudské zdroje;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie zmluvy o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jej predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení SOP Ľudské zdroje;
•	overovanie súladu SOP Ľudské zdroje s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre SOP Ľudské zdroje bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Ľudské zdroje na schválenie;
•	overenie zoznamu výdavkov predložených sprostredkovaeľských orgánom pod riadiacim orgánom na Ministerstve školstva SR a zasielanie informácie platobnej jednotke.
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov za SOP Ľudské zdroje; 
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje  pri  projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny  vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	uzatváranie zmluvy s príslušnými konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov ;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje zabezpečuje:
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu a riadiacemu orgánu;  
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie a posudzovanie príslušných projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s príslušnými konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	predloženie zoznamu výdavkov konečného prijímateľa za každý projekt riadiacemu orgánu;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre OP Ľudské zdroje;
•	predloženie riadiacemu orgánu podklady k odhadu očakávaných výdavkov;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou. 

3.1.6 Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 2

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	

Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 2 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (Jednotný programový dokument, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2;
•	overovanie súladu SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov ;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2 na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.7 Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (jednotný programový dokument, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie zmluvy o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jej predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3;
•	overovanie súladu SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 na schválenie;
•	overenie zoznamu výdavkov predložených Ministerstvom školstva SR a  zasielanie informácie platobnej jednotke.
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3 pri projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie príslušných projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s príslušnými konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov ;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie súladu žiadosti konečného prijímateľa o platbu so schémou štátnej pomoci, v prípade že projekt je súčasťou schémy štátnej pomoci;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3 zabezpečuje:
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu a riadiacemu orgánu;  
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie príslušných projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s príslušnými konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	predloženie zoznamu výdavkov konečného prijímateľa za každý projekt riadiacemu orgánu;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3 a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3;
•	predloženie podklady k odhadu očakávaných výdavkov riadiacemu orgánu.
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.8 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA

3.1.8.1 Program Iniciatívy ES INTERREG  IIIA Slovenská republika – Česká republika

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s českým národným orgánom vypracovanie programového dokumentu (Program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s českým národným orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu;  
•	v spolupráci s českým národným orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika  ;
•	overovanie súladu CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika  s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.8.2 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programového dokumentu (Program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR;  
•	v spolupráci s riadiacim orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom overovanie súladu CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika  s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zo SR zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu SR v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu SR do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.8.3 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina

Riadiaci orgán	Národná agentúra pre regionálny rozvoj Maďarska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programového dokumentu (Program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR;  
•	v spolupráci s riadiacim orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom overovanie súladu CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zo SR zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu SR v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu SR do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.8.4 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Federálna kancelária Rakúska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programového dokumentu (Program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR;  
•	v spolupráci s riadiacim orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom overovanie súladu CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika  s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí a publicity;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zo SR zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu SR v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu SR do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.1.9 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIB CADSES

Riadiaci orgán	Ministerstvo infraštruktúry a dopravy Talianska	
Národný orgán	Ministerstvo životného prostredia SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIB CADSES vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programového dokumentu (program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIB CADSES;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIB CADSES;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom overovanie súladu CIP INTERREG IIIB CADSES s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	vypracovanie vnútorných postupov pre poskytovanie prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečných prijímateľov (projektových partnerov) v SR a ich predloženie vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v SR;  
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIB CADSES zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu v prípade pridelenia finančných prostriedkov zo štátneho rozpočtu;
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi (projektovými partnermi) zo SR na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v prípade ich pridelenia, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR a spolufinancovaných zo štátneho rozpočtu (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov (projektových partnerov) zo SR o platbu na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platobnej jednotke;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIB CADSES a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIB CADSES na schválenie;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu minimálne po dobu 5 rokov od ukončenia programu pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.

3.1.10 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIC Východná zóna

Riadiaci orgán	Federálna kancelária Rakúska	
Národný orgán	Ministerstvo hospodárstva SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIC Východná zóna vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programového dokumentu (program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIC Východná zóna;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP INTERREG IIIC Východná zóna;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom overovanie súladu CIP INTERREG IIIC Východná zóna s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	vypracovanie vnútorných postupov pre poskytovanie prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečných prijímateľov (projektových partnerov) v SR a ich predloženie, vrátane ich akýchkoľvek zmien, platobnému orgánu v SR;  
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIC Východná zóna zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi (projektovými partnermi) zo SR na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov zo SR o platbu na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov realizovaných v SR a spolufinancovaných zo štátneho rozpočtu (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov (projektových partnerov) zo SR o platbu na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platobnej jednotke;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIC Východná zóna a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIC Východná zóna na schválenie;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu minimálne po dobu 5 rokov od ukončenia programu pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
3.1.11 Program Iniciatívy ES EQUAL

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	

Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES EQUAL vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programového dokumentu (Program Iniciatívy ES, programový doplnok) vrátane finančného plánu;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie CIP EQUAL;
•	predloženie vnútorných postupov vrátane ich akýchkoľvek zmien platobnému orgánu a riadiacemu orgánu;  
•	predbežné hodnotenie a spoluprácu na následnom hodnotení CIP EQUAL;
•	overovanie súladu CIP EQUAL s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí;
•	prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť Monitorovacieho výboru pre CIP EQUAL bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP EQUAL zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy s konečnými prijímateľmi, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadostí konečných prijímateľov ;
•	kontrolu fyzickej realizácie vybraných projektov (kontrolu na mieste);
•	predbežné overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov konečného prijímateľa;
•	overovanie, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom;
•	vypracovanie a zasielanie prehlásenia o overení platobnej jednotke;
•	schvaľovanie a predloženie žiadostí konečných prijímateľov o platbu platobnej jednotke;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP EQUAL a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP EQUAL na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu do 30. marca príslušného roka;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorných postupov, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 5 rokov od zaplatenia záverečnej platby Európskou komisiou.

3.2 	Platobný orgán
V zmysle uznesenia vlády SR č. 617 z 5. júna 2002 bolo Ministerstvo financií SR určené ako jediný platobný orgán pre štrukturálne fondy. Funkciu platobného orgánu vykonáva odbor platobného orgánu pre štrukturálne fondy v rámci sekcie európskych záležitostí.
Platobný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečuje:
•	koordináciu prípravy všetkých pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby na Európsku komisiu pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	zostavenie a zaslanie žiadosti o záverečnú platbu na Európsku komisiu pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	zostavenie, certifikáciu a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii na základe  čiastkových výkazov výdavkov a mesačných zoznamov vykonaných platieb predložených platobnými jednotkami a overenia vybraných prehlásení o overení vypracovaných riadiacimi orgánmi alebo sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	pred certifikáciou získanie uistenia o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že výkaz výdavkov zahŕňa výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti (nariadenia Európskej komisie č. 2000/1685/ES a 2003/1145/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov), boli vykonané kontroly dodávok spolufinacovaných stavieb, tovarov a služieb, nárokované výdavky sú reálne, postupovalo sa v súlade s predpismi ES, existuje podporná dokumentácia, uchováva a dodržiava sa audit trail;
•	príjem prostriedkov EÚ na osobitný mimorozpočtový účet MF SR;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet príslušného ministerstva na základe súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	zostavenie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov každý rok do 30. apríla;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	zhromažďovanie údajov do správy o zistených nezrovnalostiach a zaslanie podkladov Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre platobný orgán a platobné jednotky, vrátane dodávky jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jedntoky;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctvo a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR;
•	vedenie knihy dlžníkov;
•	účasť svojho zástupcu na výkone minimálnych 5 % kontrolách organizovaných sekciou kontrolnou MF SR;
•	účasť svojho zástupcu na výberových konaniach na projekty v úlohe pozorovateľa v prípade, že o výbere  projektov rozhoduje výberová komisia zložená so zástupcov viacerých subjektov, resp., že o výbere nerozhoduje samotný riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
V prípade troch programov Iniciatívy ES INTERREG IIIA (Poľsko – SR, Maďarsko – SR Ukrajina, Rakúsko – SR), Iniciatívy ES INTERREG IIIB a Iniciatívy ES INTERREG IIIC vystupuje ako platobný orgán partnerský štát. V týchto prípadoch predkladá platobný orgán SR Európskej komisii dokumenty prostredníctvom platobnému orgánu pre program v partnerskom štáte. 

3.3	Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z výdavkového účtu príslušného ministerstva, resp. rozpočtovej organizácie, na účet konečného prijímateľa na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov. 
Zoznam platobných jednotiek je uvedený v nasledujúcej tabuľke.

Tabuľka č. 5: 
Inštitucionálne usporiadanie platobných jednotiek pre štrukturálne fondy pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 

inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR
	sekcia organizácie, riadenia a financovania - odbor rozpočtu a projektov EÚ	ERDF
	SOP Priemysel a služby
CIP INTERREG IIIC Východná zóna	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja – odbor finančného riadenia	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	platobný útvar 	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka 	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	odbor finančný 	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo životného prostredia SR 	sekcia zahraničnej pomoci a medzinárodných vzťahov - implementačná agentúra environmentálnych investičných projektov	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
CIP INTERREG IIIB CADSES	
Ministerstvo školstva SR	sekcia európskej integrácie – oddelenie finančného riadenia pre ESF a program PHARE	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3
	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	sekcia rozpočtu a vnútornej ekonomiky – odbor rozpočtu a financovania	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečujú:
•	predloženie vnútorných postupov, vrátane ich akýchkoľvek zmien, platobnému orgánu;  
•	vykonávanie predbežnej finančnej kontroly pred platbou v súlade s § 9 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorá zahŕňa formálnu kontrolu dokumentov predložených riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, kontrolu súladu žiadostí s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritu a opatrenie;
•	prevod prostriedkov EÚ (okrem prostriedkov z Iniciatív ES INTERREG IIIB a INTERREG IIIC) konečným prijímateľom v súlade s § 55f zákona NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov; 
•	prevod prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom formou predfinancovania (v prípade konečných prijímateľov z verejného sektora okrem ESF), poskytnutia zálohovej platby (v prípade konečných prijímateľov z verejného sektora pri programoch financovaných z ESF) alebo refundácie; 
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov platobnému orgánu;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctva a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR;
•	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
•	predkladanie zoznamu vykonaných platieb zo svojho výdavkového účtu platobnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu (príloha č. 12) spolu kópiou výpisu z výdavkového účtu najneskôr do   5. dňa nasledujúceho mesiaca;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti (s výnimkou projektov programov Iniciatív ES INTERREG IIIB a IIIC) platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky platobnému orgánu.

     3.4 	Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre Rámec podpory Spoločenstva, operačný program, Jednotný programový dokument a program Iniciatívy Spoločenstva po dohode príslušného riadiaceho orgánu a partnermi najneskôr tri mesiace po rozhodnutí o príspevku z fondov. 
Monitorovacie výbory pre CSF, operačné programy, SPD a CIP sú zodpovedné predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	schválenie, potvrdenie alebo úpravu doplnku programu, vrátane fyzických a finančných ukazovateľov, ktoré sa používajú na monitorovanie pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	prerokovanie a schvaľovanie kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po schválení pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov, najmä dosiahnutia cieľov stanovených v rámci priebežného hodnotenia pre rôzne opatrenia;
•	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečných správ o realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré sú predložené Európskej komisii;
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu obsahu rozhodnutia Európskej komisie o príspevku zo štrukturálnych fondov;
•	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania pomoci riadiacemu orgánu;
•	schvaľovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci operačného programu (monitorovacie výbory pre operačné programy), SDP (monitorovacie výbory pre SPD)  a CIP (monitorovacie výbory pre CIP) a medzi operačnými programami (Monitorovací výbor pre CSF). 

Tabuľka č. 6: 
Zoznam monitorovacích výborov podľa jednotlivých programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 

Programový dokument	Monitorovací výbor (MV)	
Rámec podpory Spoločenstva	MV pre Rámec podpory Spoločenstva	
SOP Priemysel a služby	MV pre  SOP Priemysel a služby	
OP Základná infraštruktúra	MV pre  OP Základná infraštruktúra	
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	MV pre  SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	
SOP Ľudské zdroje	MV pre  SOP Ľudské zdroje	
SPD Bratislava  Cieľ 2	MV pre  SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2	
SPD Bratislava  Cieľ 3	MV pre  SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3	
CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika	MV pre  CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika	
CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	
CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina	MV pre  CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina	
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	
CIP INTERREG IIIB CADSES	Nadnárodný MV pre  CIP INTERREG IIIB CADSES	
CIP INTERREG IIIC Východná zóna	Nadnárodný MV pre  CIP INTERREG IIIC Východná zóna	
CIP EQUAL	MV pre  CIP EQUAL	

3.5 	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov
Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom alebo platobných jednotiek a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Vzhľadom na to, že Najvyšší kontrolný úrad SR najlepšie spĺňa požiadavky na zabezpečenie takejto činnosti (má skúsenosti v aplikácii štandardov INTOSAI, s certifikáciou pre program SAPARD), bol uznesením vlády SR č. 1030/2002 určený ako orgán zodpovedný za vypracovanie a vydávanie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov. 
Podrobnosti k vykonávaniu prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov budú rozpracované v manuáli Najvyššieho kontrolného úradu SR do konca decembra 2003.

3.6	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR
Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu zriadený na Ministerstve financií SR v priamej riadiacej pôsobnosti štátneho tajomníka je centrálnou metodickou jednotkou pre finančnú kontrolu a vnútorný audit. 
Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedný najmä za:
•	metodické usmerňovanie finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	vypracovanie metodických postupov pre finančnú kontrolu a vnútorný audit štrukturálnych fondov;
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledku finančných kontrol a ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a na ich základe vypracovávanie ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol a vnútorného auditu a jej predloženie vláde SR a Európskej komisii;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy finančných kontrolórov a vnútorných audítorov;
•	plnenie úloh kontaktného orgánu s EK za oblasť finančnej kontroly a ďalších úloh vyplývajúcich z medzinárodných dohôd.

3.7 	Sekcia kontrolná Ministerstva financií SR 
Sekcia kontrolná Ministerstva financií SR je subjektom zodpovedným za koordináciu plánovania a výkonu kontroly vzoriek projektov (minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov programu). Nižšie uvedené úlohy v rámci tejto sekcie zabezpečuje odbor finančnej kontroly prostriedkov ES.
Sekcia kontrolná Ministerstva financií SR je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedná najmä za:
•	koordináciu plánovania a výkonu minimálnej 5 % kontroly, ktorej výsledky zhromažďuje a predkladá platobnému orgánu;
•	vypracovanie plánu minimálnych 5 % kontrol celkových oprávnených výdavkov pre každý operačný program, SPD a CIP na základe čiastkových plánov kontrolných útvarov príslušných ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, a ich predkladanie platobnému orgánu a Európskej komisii;
•	zabezpečenie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu, SPD alebo CIP pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych 5 % kontrol alebo z vlastnej iniciatívy prostredníctvom príslušnej správy finančnej kontroly a kontrolných útvarov príslušných ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií;
•	rozhodovanie v správnom konaní vo veciach porušenia rozpočtovej disciplíny na základe vykonaných kontrol.
3.8 	Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov 
Kontrolné útvary ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky, vykonávajú minimálnu 5 % kontrolu celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu,  SPD a CIP pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych   5 % kontrol schváleným sekciou kontrolnou MF SR alebo z vlastnej iniciatívy. Kontrolné útvary týchto ministerstiev predkladajú priebežné správy o kontrolách vykonaných z vlastnej iniciatívy sekcii kontrolnej MF SR, ktorá tieto predkladá platobnému orgánu.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR a Ministerstvo školstva SR a Pôdohospodárskej platobnej agentúre.
Tabuľka č. 7: 
Inštitucionálne usporiadanie kontrolných útvarov ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, zodpovedných za vykonávanie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov pre skrátené programové obdobie 2004-2006: 
inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR
	odbor kontroly	ERDF
	SOP Priemysel a služby
CIP INTERREG IIIC Východná zóna	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	odbor kontroly	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	odbor kontroly	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	oddelenie kontroly	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo životného prostredia SR 	odbor rezortnej kontroly	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
CIP INTERREG IIIB CADSES	
Ministerstvo školstva SR	odbor kontroly	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3
	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	odbor kontroly a sťažností	ERDF
	OP Základná infraštruktúra

3.9     Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly – rozpočtové organizácie MF SR so sídlom v Bratislave, Zvolene a Košiciach s pôsobnosťou v územných obvodoch v jednotlivých krajoch SR. 
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k štrukturálnym fondom plnia najmä nasledovné úlohy:
•	vykonávanie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu alebo SPD a CIP pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych 5 % kontrol schváleným sekciou kontrolnou MF SR;
•	vymáhanie odvodov a penále za neoprávnené použitie prostriedkov štrukturálnych fondov  a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov.

3.10 	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR 
Úlohu Centrálneho kontaktného útvaru OLAF pre SR plní sekcia kontroly Úradu vlády SR. Tento orgán je zodpovedný najmä za vypracovanie správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od platobného orgánu a jej predkladanie OLAF-u v Európskej komisii.
3.11 	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov 
Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v  ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobný orgán a platobné jednotky sú zriadené na uvedených ministerstvách v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstvo školstva SR, Ministerstvo pôdohospodárstva SR a Ministerstvo financií SR.
Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v  ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobný orgán a platobné jednotky,  vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedajú najmä  za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vypracovanie ročného plánu svojej činnosti na základe objektívneho hodnotenia rizík vyplývajúcich z činnosti auditovaných subjektov s prihliadnutím na návrhy príslušného ministra a jeho zasielanie útvaru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu MF SR;
•	vykonávanie vnútorného auditu všetkých činností audítovaného subjektu, najmä tých, s ktorými sú vzhľadom na ich charakter, rozsah a spôsob realizácie spojené riziká; 
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom a odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov;
•	odovzdanie správ o výsledku vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a príslušnému ministrovi. Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá vnútorný audítor správu o výsledku vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.
Vnútorný audítor je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy, rovnako aj od riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek. V rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. Postavenie vnútorného audítora je nezávislé, pretože pri výkone svojej činnosti je viazaný len ústavou, zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. Vnútorný audítor je v priamej riadiacej pôsobnosti príslušného ministra, resp. vedúceho ústredného orgánu štátnej správy. 

3.12 	Úrad pre štátnu pomoc 
Nakoľko štátna pomoc zahrnuje aj poskytovanie prostreidkov zo štrukturálnych fondov, subjektom zapojeným do finančného riadenia štrukturálnych fondov je aj Úrad pre štátnu pomoc. Úrad pre štátnu pomoc má na území SR v oblasti štátnej pomoci postavenie Európskej komisie. Bol zriadený na základe zákona č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov ako orgán štátnej správy pre posudzovanie, hodnotenie, schvaľovanie štátnej pomoci, kontrolu jej poskytnutia a evidenciu štátnej pomoci a bez jeho schválenia nie je možné poskytnúť štátnu pomoc. 
Úrad pre štátnu pomoc vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedá najmä za nasledovné úlohy:
•	schválenie poskytnutia štátnej pomoci;
•	kontrolu poskytnutia štátnej pomoci u poskytovateľa štátnej pomoci (príslušného ministerstva ako riadiaceho orgánu, resp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom) v súlade so zákonom č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov.

4. Financovanie zo štrukturálnych fondov

4.1 	Podpora zo štrukturálnych fondov 
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy ES. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:

Tabuľka č. 8:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky ES

Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	trnavský kraj, nitriansky kraj, trenčiansky kraj	
	Stredné Slovensko 	žilinský kraj, banskobystrický kraj	
	Východné Slovensko	prešovský kraj, košický kraj	
2	Bratislavský kraj	okresy bratislavského kraja – Malacky, Pezinok a Senec
mestské časti Bratislavy – Vajnory, Záhorská Bystrica, Jarovce, Rusovce a Čunovo	
3	Bratislavský kraj	bratislavský kraj	

Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov realizované na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou. 
Pomoc Európskych spoločenstiev sa vykonáva prostredníctvom nasledovných štrukturálnych fondov:
-	ERDF – podporujúci produktívne investície vytvárajúce nové pracovné miesta, infraštruktúru a rozvoj malých a stredných podnikov;
-	ESF – podporujúci opatrenia pre zvyšovanie zamestnanosti, vrátane vzdelávania;
-	EAGGF - usmerňovacia sekcia – podporujúci opatrenia v oblasti poľnohospodárstva a rozvoja vidieka;
-	FIFG – podporujúci opatrenia v oblasti rybárskeho priemyslu.
ERDF prispieva k dosiahnutiu Cieľov 1 a 2, ESF k dosiahnutiu Cieľov 1, 2 a 3 a EAGGF -usmerňovacia sekcia a FIFG k dosiahnutiu Cieľa 1. Medzi štrukturálne fondy nie je zaradená záručná sekcia EAGGF. 
Štrukturálne fondy prispievajú rovnako k financovaniu iniciatív ES, ktoré zahŕňajú:
-	INTERREG – podporujúci cezhraničnú (INTERREG A), transregionálnu (INTERREG B) a transnacionálnu  (INTERREG C) spoluprácu zameranú na posilnenie harmonického, vyváženého a trvalo udržateľného rozvoja celej oblasti ES;
-	URBAN – podporujúci hospodársku a spoločenskú obnovu miest a mestských okrajových oblastí postihnutých krízou za účelom presadzovania trvalo udržateľného rozvoja miest;
-	LEADER – podporujúci rozvoj vidieka;
-	EQUAL – podporujúci transnacionálnu spoluprácu na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce.
Finančné rozdelenie pre Cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v článku 7, odseku 3 nariadenia Rady 99/1260/ES, ako sú oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a relatívna závažnosť štrukturálnych problémov (najmä úroveň nezamestnanosti).
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci Cieľa 2 je založená na podiele oprávneného obyvateľstva v súlade s prístupom aplikovaným v 15 členských krajinách a s článkom 7, odsek 4 všeobecného nariadenia. 
Pri Cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených vo všeobecnom nariadení ako situácia v zamestnanosti, vzdelanostná úroveň a účasť žien na pracovnom trhu. 
V skrátenom programovom období 2004–2006 bude ES podporovať v kandidátskych krajinách iba dve iniciatívy ES – INTERREG a EQUAL. Alokácia prostriedkov z iniciatívy INTERREG vychádza z kritéria celkového počtu obyvateľov a obyvateľov v prihraničných regiónoch. Kritériá v rámci iniciatívy EQUAL sú rovnaké ako pri Cieli 3.
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov podľa jednotlivých cieľov a iniciatív ES, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi je vo výlučnej kompetencii SR.  
4.2	Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov v programovom období 2000 - 2006 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky ES vynaložené zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia sú  indexované deflátorom 2 % ročne. V prípade potreby Európska komisia prehodnotí indexovanie prostriedkov na základe najnovších dostupných ekonomických informácií, na roky 2004 až 2006 najneskôr do 31. decembra 2003;
•	sektorové operačné programy v skrátenom programovom období 2004-2006 môžu byť financované len z jedného štrukturálneho fondu;
•	jednotlivé opatrenia musia korešpondovať len s jedným z troch cieľov ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a iniciatívy ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a zo záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z prechodných finančných nástrojov;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a prechodných finančných nástrojov;
•	pre roky 2004 – 2006 nové členské krajiny môžu čerpať prostriedky iba z dvoch iniciatív ES - INTERREG a EQUAL.

4.3 	Finančné plánovanie vo vzťahu k Štátnej pokladnici
Platobný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Platobný orgán pri realizácii výdavkov z iných ako rozpočtových zdrojov nepredkladá Štátnej pokladnici rozpočet ani finančné plány, ale iba v systéme Štátnej pokladnice prostredníctvom aplikácie Manex zadáva žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby.
Platobné jednotky postupujú podľa § 8 zákona, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte. Platobné jednotky vo vzťahu k Štátnej pokladnici plnia nasledovné úlohy:
-	predkladajú svoje rozpočty do 1 mesiaca po nadobudnutí účinnosti zákona o štátnom rozpočte;
-	v priebehu rozpočtového roka predkladajú Štátnej pokladnici zmeny rozpočtu;
-	predkladajú finančný plán realizácie výdavkov a finančný plán realizácie úhrad, ktorý zostavujú na dvanásť po sebe idúcich mesiacov v štruktúre podľa mesiacov (ďalej len „dvanásťmesačný finančný plán“) a na tri po sebe idúce mesiace v štruktúre podľa týždňov a platnej rozpočtovej klasifikácie (ďalej len „trojmesačný finančný plán“);
-	predkladajú finančný plán príjmov, v ktorom uvedú predpokladané obdobie pripísania peňažných prostriedkov na svoje účty v štruktúre podľa mesiacov a platnej rozpočtovej klasifikácie. 
Lehoty a spôsob predkladania finančného plánu bude riešiť výnos MF SR, ktorým sa vykonávajú niektoré ustanovenia zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento výnos pripravuje Štátna pokladnica k 1. 12. 2003.
Platobné jednotky  dopĺňajú dvanásťmesačný finančný plán o nasledujúci štvrťrok podľa príslušných mesiacov tak, aby ostalo zachovaných dvanásť po sebe idúcich mesiacov. Súčasne aktualizujú finančný plán zostávajúcich troch štvrťrokov. Zmeny možno vykonávať presunom z mesiaca na mesiac, prípadne presunom na inú kategóriu alebo zvýšením, resp. znížením plánovaného objemu. 
Platobné jednotky dopĺňajú trojmesačný finančný plán o nasledujúci mesiac podľa týždňov tak, aby ostali zachované tri po sebe idúce mesiace. Súčasne  aktualizujú finančný plán zostávajúcich dvoch mesiacov. Zmeny vykonajú presunom toho istého objemu z týždňa na týždeň v tom istom mesiaci alebo z týždňa jedného mesiaca na týždeň v druhom mesiaci na tej istej kategórii, prípadne presunom na inú kategóriu alebo zvýšením, resp. znížením objemu. 
Platobné jednotky dopĺňajú finančný plán príjmov a aktualizujú o nasledujúci štvrťrok podľa príslušných mesiacov tak, aby ostalo zachovaných dvanásť po sebe idúcich mesiacov. Súčasne aktualizujú finančný plán príjmov zostávajúcich troch štvrťrokov. Pri aktualizácii zohľadňujú všetky nové skutočnosti, ktoré vedú k zmene pôvodne plánovaných príjmov. Zmeny  možno vykonávať presunom z mesiaca na mesiac na tej istej kategórii, prípadne  zmenou v štruktúre na inej kategórii alebo zvýšením, resp. znížením objemu. 
Platobné jednotky v systéme Štátnej pokladnice prostredníctvom aplikácie Manex predkladajú žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby, kde obsah, lehoty a spôsob predkladania je stanovený výnosom MF SR.

4.4 	Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ (okrem Iniciatív ES INTERREG IIIB a IIIC) sa v súlade so zákonom NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov zaraďujú do príjmov a výdavkov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek.. 
Finančné prostriedky EÚ (okrem Iniciatív ES INTERREG IIIB a IIIC) a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu (vrátane prostriedkov určených na spolufinancovanie programov Iniciatív ES INTERREG IIIB a IIIC) sú zaradené do štruktúry programového rozpočtovania. Programové rozpočtovanie je systém prípravy a realizácie štátneho rozpočtu formou alokácie výdavkov do programov. Ide o systém založený na plánovaní úloh a aktivít vlády Slovenskej republiky v nadväznosti na priority štátu a disponibilné zdroje, zameraný na výsledok a efektívnosť vynakladania rozpočtových výdavkov. 
Cieľom programového rozpočtovania je zlepšiť rozpočtový rozhodovací proces vyjasnením účelnosti vynakladania verejných zdrojov. Zaradením prostriedkov určených na programy financované zo štrukturálnych fondov do štruktúry programového rozpočtovania sa zabezpečuje ich transparentnosť a prehľadnosť prostredníctvom účelového určenia použitia týchto prostriedkov v štátnom rozpočte v nadväznosti na príslušné programy, ako aj v nadväznosti na zdroje (zdroje EÚ a zdroje štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie).
Spôsob zaradenia týchto prostriedkov do programov príslušných kapitol je stanovený v Metodickom pokyne MF SR č. 1532/2003-41 na implementáciu programového rozpočtovania do systému prípravy návrhu štátneho rozpočtu, jeho realizácie a hodnotenia.
V rámci programového rozpočtovania tvoria štruktúru programu podprogramy, projekty a prvky. Program obsahuje zámery, ciele, merateľné ukazovatele k cieľom, ktoré je možné pomocou nich hodnotiť. Na základe schválených programových dokumentov budú prostriedky určené na ich financovanie zo štrukturálnych fondov zaradené podľa účelu do programov príslušnej kapitoly spôsobom, ktorý zachováva princíp, že opatrenia operačného programu, jednotného programového dokumentu a programov Iniciatív ES budú formulované ako prvok/projekt programu v štruktúre programového rozpočtovania. Výnimku tvorí opatrenie Rybné hospodárstvo (financované cez FIFG) zo sektorového operačného programu Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka, programy iniciatívy ES INTERREG III a technické pomoci niektorých programových dokumentov, ktoré sú v štruktúre programového rozpočtovania uvedené na úrovni podprogramov. 
 Výstup agregovaných údajov za operačný program, SPD a CIP je zabezpečený použitím systému dvojitého kódovania v rámci Rozpočtového informačného systému, ktorým sa zároveň zabezpečí prepojenie s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond. To znamená, že opatrenia operačných programov, SPD a CIP budú mať okrem klasického kódu programového rozpočtovania aj špeciálny 7-miestny kód, ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond.
Systém kódovania spolu so súhrnným číselníkom kódov a opatrení operačných programov v rámci cieľa 1, programových dokumentov v rámci Cieľa 2 a 3 a CIP tvorí prílohu č. 1.
V zmysle § 10 ods. 10 zákona o rozpočtových pravidlách možno prostriedky štátneho rozpočtu na programy rozpočtových kapitol určené na spolufinacovanie štrukturálnych fondov, ktoré sa nepoužijú v bežnom rozpočtovom roku, previesť do nasledujúceho rozpočtového roka na osobitný účet dofinancovania programu bez súhlasu ministerstva financií. 
Presuny finančných prostriedkov medzi opatreniami programových dokumentov bez toho, aby bola zmenená celková čiastka príspevku na danú prioritu, môže v zmysle čl. 34 všeobecného nariadenia 99/1260/ES vykonať riadiaci orgán po schválení príslušným monitorovacím výborom. Keďže ide o prostriedky zaradené do programov rozpočtových kapitol, tieto zmeny musia byť zároveň v zmysle § 10 ods. 10 zákona NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov schválené ministrom financií SR. Presuny prostriedkov medzi programami, podprogramami, prípadne projektmi/ prvkami spoločných programov Slovenskej republiky a Európskeho spoločenstva a inými programami, podprogramami prípadne projektmi/ prvkami nie je možné vykonávať.
Štátna pokladnica vykonáva odsúhlasenie a overovanie realizácie výdavkov klientov Štátnej pokladnice v súlade so zákonom  č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov. 

4.5 	Záväzky a platby z ES  
4.5.1 Záväzky a platby vo vzťahu k Európskej komisii
Príspevok ES poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období,  sú prijímané každoročne. Prvý záväzok sa prijme po tom, čo Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci, a podpíše sa Rámec podpory Spoločenstva / Jednotný programový dokument medzi EK a vládou Slovenskej republiky. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla na základe odhadu očakávaných výdavkov predložených platobným orgánom. 
Čerpanie finančných prostriedkov zo schváleného záväzku je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od jeho prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola prevedená konečným prijímateľom, alebo na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od platobného orgánu do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku.
Záväzok pre pomoc uskutočňovanú po dobu kratšiu než dva roky prijíma Európska komisia jedenkrát na celý záväzok.
Finančné prostriedky EÚ sú v zmysle zákona NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov zaradené do príjmov štátneho rozpočtu, zároveň sa na použitie týchto účelovo určených prostriedkov rozpočtujú v štátnom rozpočte príslušné výdavky. Výnimku tvoria prostriedky poskytnuté v rámci Iniciatívy ES INTERREG IIIB a IIIC, ktoré sa nezaraďujú do príjmov a výdavkov štátneho rozpočtu.
V zákone č. 427/2002, ktorým sa mení a dopĺňa zákon NR SR č. 303/1995 Z .z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov, bolo stanovené, že prostriedky EÚ poskytnuté Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv sa stávajú príjmami štátneho rozpočtu. V zmysle citovanej novely zákona o rozpočtových pravidlách sa v  § 5 ods. 2 stanovuje zaradenie prostriedkov EÚ do príjmov štátneho rozpočtu, na základe § 6 ods. 12 sa rozpočtujú príslušné výdavky na použitie účelovo určených prostriedkov z rozpočtu ES, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu a spôsob nakladania s týmito prostriedkami je určený v § 55 f.
Podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov sa prostriedky EÚ prevádzajú z Európskej komisie na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici. Počet osobitných účtov bude zodpovedať počtu schválených programových dokumentov pre programové obdobie 2004-2006. Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci.
Platby z EK môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich so štrukturálnymi fondmi.  
Zálohová platba z EK
Pri prijatí prvého záväzku prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Zálohová platba môže byť v zásade rozdelená najviac na dva rozpočtové roky podľa toho, aké rozpočtové prostriedky má Európska komisia k dispozícii. V článku 32 všeobecného nariadenia sa uvádza, že zálohová platba poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených pre členskú krajinu na celé programové obdobie pre štrukturálne fondy. Podľa záverov prístupových rokovaní sa pre pristupujúce krajiny budú aplikovať odlišné princípy a východiská, ako sa uvádzajú vo všeobecnom nariadení. 
V prípade nových členských štátov sa vzhľadom na skrátené programové obdobie táto percentuálna miera zmení na 16 %. V roku 2004 bude zálohová platba vo výške 10 % z celkových záväzkov ES na roky 2004-2006 (vzhľadom na posun predpokladaného dňa dátumu vstupu do ES) a 6 % v roku 2005. Táto zálohová platba bude predstavovať počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci náklady na rozbehnutie programov.
Ak platobný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 18 mesiacov od jej rozhodnutia poskytnúť príspevok zo štrukturálnych fondov, musí platobný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Priebežné platby prevedie Európska komisia na úhradu skutočne vynaložených výdavkov zo štrukturálnych fondov. Takéto platby slúžia na doplnenie disponibilných zdrojov na osobitnom účte Ministerstva financií SR a sú realizované pre každý program. Platobný orgán na základe podkladov od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii minimálne 3 krát ročne ním certifikované žiadosti o platbu (priebežnú platbu) za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Žiadosti o platbu musia spĺňať nasledovné podmienky:
a)	Európskej komisii  bol predložený Doplnok programu obsahujúci nasledujúce informácie:
-	zoznam opatrení, ktorými sa vykonávajú zodpovedajúce priority v operačnom programe;
-	predbežné hodnotenie opatrení, ktoré preukazujú ich zhodu s cieľmi príslušných priorít, kvantifikujú ich špecifické ciele a overujú oprávnenosť kritérií pre výber projektu; 
-	príslušné ukazovatele monitorovania, ktoré stanovujú špecifické ciele pre opatrenia a priority, sú vyjadrené kvantitatívne tam, kde sa takáto kvantifikácia ponúka, a je vyjadrený ich vzájomný súlad, dosiahnutý pokrok pri fyzickej realizácii projektov a pokrok pri plnení finančného plánu;
-	určenie typu konečných prijímateľov;
-	finančný plán, ktorý pre každé opatrenie špecifikuje predpokladané čerpanie finančných prostriedkov ako príspevok z každého štrukturálneho fondu, prípadne  Európskej investičnej banky a ostatných finančných nástrojov ES, a celkovú čiastku oprávnených verejných finančných prostriedkov a predpokladaných súkromných finančných prostriedkov. Finančný plán musí obsahovať presný popis národného spolufinancovania jednotlivých opatrení a popis mechanizmov zabezpečujúcich národné spolufinancovanie pre opatrenia; 
-	opatrenia zamerané na publicitu operačných programov v súlade s nariadením 2000/1159/ES;
-	popis mechanizmov dohodnutých tam, kde to je možné, medzi Európskou komisiou a Slovenskou republikou pre elektronickú výmenu údajov potrebných na plnenie požiadaviek stanovených v právnych predpisov ES pre štrukturálne fondy a pre monitorovanie a hodnotenie pomoci.
b)	Európskej komisii bola predložená posledná povinná výročná správa o realizácii pomoci vypracovaná riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;  
c)	hodnotenie pomoci v polovici obdobia bolo predložené Európskej komisii v riadnom termíne. Za výkon priebežného hodnotenia zodpovedá riadiaci orgán pre CSF, SPD, resp. CIP v spolupráci s EK a Slovenskou republikou. Uskutočňuje ho nezávislý hodnotiteľ a predkladá Monitorovaciemu výboru pre CSF, SPD, resp. CIP;
d)	rozhodnutia prijaté riadiacim orgánom a monitorovacím výborom  sú v zhode s celkovým objemom príspevku zo štrukturálnych fondov poskytnutým na príslušné priority;
e)	v prípadoch, kedy odporúčania Európskej komisie majú za cieľ napraviť vážne nedostatky v systéme monitorovania alebo riadenia pomoci, bolo každé odporúčanie v stanovenom období zohľadnené, alebo Slovenská republika oznámila dôvody, prečo nebolo žiadne opatrenie prijaté;  
f)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle článku 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na opatrenie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov, ktoré predkladá platobný orgán. 
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný operačný program alebo Jednotný programový dokument. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán. 
Záverečná platba z EK
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
a)	platobný orgán predložil Európskej komisii certifikovaný výkaz skutočne zaplatených výdavkov, a to do šiestich mesiacov po konečnom termíne pre platbu podľa rozhodnutia o poskytnutí príspevku z fondov;
b)	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o realizácii pomoci a EK ju schváli;
c)	Slovenská republika predložila Európskej komisii prehlásenie o ukončení programu. 
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni predloženia žiadosti o záverečnú platbu platobný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná.
Pre skrátené programové obdobie 2004–2006 sa vyplatenie záverečnej platby predpokladá v roku 2009 po ukončení programov.

Pri programoch Iniciatívy ES INTERREG IIIA (okrem CIP  SR – Česká republika, kde SR vystupuje ako platobný orgán) musí platobný orgán SR splniť všetky podmienky vzťahujúce sa na priebežné platby a záverečnú platbu. Prostriedky EÚ alokované pre SR prevádza platobný orgán pre program platobnému orgánu SR v EUR ihneď po ich obdržaní z EK.
V prípade CIP SR – Česká republika bude platobný orgán SR predkladať žiadosti o platbu na základe čiastkových žiadostí platobného orgánu ČR. Osobitný účet MF SR pre tento program je vedený v EUR. Prostriedky EÚ alokované pre ČR prevádza platobný orgán platobnému orgánu ČR v EUR ihneď po ich obdržaní z EK.
Pri programoch Iniciatívy ES INTERREG IIIB CADSES a IIIC Východná zóna platia osobitné pravidlá, pri ktorých sú finančné prostriedky EÚ v súlade s princípom „vedúceho partnera“ prevádzané platobným orgánom pre program priamo konečnému prijímateľovi ako vedúcemu partnerovi a jeho prostredníctvom ostatným konečným prijímateľom ako projektovým partnerom. 

4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán – platobná jednotka
Platobný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.7). 
Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet daného ministerstva, resp. rozpočtovej organizácie, kde sa nachádza platobná jednotka, zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie  v súlade s § 8 zákona NR SR č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  
Nakoľko Slovenská republika pri programoch Iniciatív ES INTERREG IIIB CADSES a IIIC Východná zóna vystupuje len ako partnerský štát, neprechádzajú tieto prostriedky cez osobitný účet MF SR v Štátnej pokladnici, rovnako ani cez príjmové a výdavkové účty platobných jednotiek. 

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka – konečný prijímateľ
Koneční prijímatelia môžu byť z verejného alebo súkromného sektora. Medzi konečných prijímateľov z verejného sektora patria:
-	rozpočtové organizácie
-	príspevkové organizácie
-	obce
-	vyššie územné celky
Medzi konečných prijímateľov zo súkromného sektora patria:
-	iné právnické osoby
-	fyzické osoby
Platobná jednotka prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ z výdavkového účtu
-	rozpočtovým opatrením, ak je konečným prijímateľom ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, resp. navýšenia limitov výdavkov konečných prijímateľov po pripísaní prostriedkov na príjmovom účte, resp. po schválení súhrnnej žiadosti o platbu zo strany platobného orgánu pri využití dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004 (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.7);
-	formou transferu, ak je konečným prijímateľom iná právnická osoba alebo fyzická osoba (príspevková organizácia, VÚC, obec alebo súkromný sektor - nezisková organizácia, podnikateľ a pod.).
Pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platí rovnaký mechanizmus, pričom ich prevod nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu platobného orgánu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu daného ministerstva, v ktorom sa nachádza platobná jednotka, sú prevedené na účet konečného prijímateľa v súlade s § 8 zákona NR SR č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici  a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
V prípade konečných prijímateľov z verejného sektora prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vypláca platobná jednotka vo forme predfinancovania, resp. poskytnutia zálohovej platby (pre projekty financované z ESF), skôr ako prostriedky EÚ. 
V prípade konečných prijímateľov zo súkromného sektora prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prepláca platobná jednotka zároveň v pomere stanovenom na projekt.
Každá platba konečnému prijímateľovi z verejného aj súkromného sektora z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, t. z., že musí byť doplnená zdrojmi konečného prijímateľa v pomere schválenom na projekt. 
V súvislosti s programami Iniciatív ES INTERREG IIIB a IIIC platobné jednotky vo vzťahu ku konečným prijímateľom v SR (projektovým partnerom v SR) zabezpečujú len prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie jeho príslušnej časti.

 4.6 Systém účtov  

Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov sa používajú nasledovné účty:

1	Účet MF SR pre programový dokument	
Mena	SKK 	
Dispozičné právo	platobný orgán	
Vedený v 	Štátnej pokladnici	
Vzťah k rozpočtu	mimorozpočtový	
Pre prostriedky	EÚ	
2	Účet kapitoly ministerstva	
Mena	SKK	
Dispozičné právo	platobná jednotka	
Vedený v 	Štátnej pokladnici	
Vzťah k rozpočtu	rozpočtový	
Pre prostriedky	EÚ a ŠR	

3	Účet konečného prijímateľa – súkromný sektor a obce 	
Mena	SKK	
Dispozičné právo	konečný prijímateľ	
Vedený v 	komerčná banka	
Vzťah k rozpočtu	mimorozpočtový	
Pre prostriedky	ŠR a EÚ	
4	Účet konečného prijímateľa – rozpočtové organizácie, príspevkové organizácie a VÚC	
Mena	SKK	
Dispozičné právo	konečný prijímateľ	
Vedený v 	Štátnej pokladnici alebo NBS	
Vzťah k rozpočtu	rozpočtový	
Pre prostriedky	ŠR a EÚ	

1. Účty platobného orgánu pre štrukturálne fondy pre programové dokumenty
•	účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe §10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán pre štrukturálne fondy osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý programový dokument:
			SOP Priemysel a služby
			OP Základná infraštruktúra
			SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
			SOP Ľudské zdroje
			SPD NUTS II Bratislava Cieľ 2
			SPD NUTS II Bratislava Cieľ 3
			CIP INTERREG IIIA SR - ČR 
CIP INTERREG IIIA Maďarsko – SR - Ukrajina 
CIP INTERREG IIIA Poľsko – SR 
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR
			CIP EQUAL
•	účty sú vedené v SKK, okrem CIP INTERREG IIIA SR – ČR, ktorý je vedený v EUR;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení pracovníci platobného orgánu ;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty programového dokumentu, na ktorý je daný účet otvorený;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a daní z úrokov sú hradené z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na administrovanie štrukturálnych operácií;
•	tieto účty slúžia najmä na prijatie finančných prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov (zálohová, priebežná a záverečná platba z EK) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, resp. rozpočtovej organizácie, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenia súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom); 
•	ďalej slúžia na pripísanie neoprávnene použitých prostriedkov EÚ od konečných prijímateľov pomoci vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom správ finančnej kontroly; 
•	v prípade, že suma neoprávnene použitých prostriedkov presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu na EK, slúži účet na prevod prostriedkov na účet EK ;
•	zostatok prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roku.

2. Účet ministerstva (v prípade Pôdohospodárstkej platobnej agentúry – účet rozpočtovej organizácie)
•	účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe §8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	pre čerpanie prostriedkov štrukturálnych fondov a spolufinancovania štátneho rozpočtu sa využívajú rozpočtové účty Ministerstva hospodárstva SR, Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstva životného prostredia SR, Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstva školstva SR  a účet Pôdohospodárskej platobnej agentúry, rozpočtovej organizácie Ministerstva pôdohospodárstva SR;
•	účty sú vedené v SKK;
•	príjmové účty  slúžia na príjem prostriedkov štrukturálnych fondov z účtu platobného orgánu na základe schválenia súhrnnej žiadosti o platbu;
•	výdavkové účty slúžia na platbu prostriedkov štrukturálnych fondov a spolufinancovania so štátneho rozpočtu konečným prijímateľom;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení pracovníci platobnej jednotky;
•	účet ministerstva, resp. rozpočtovej organizácie, nie je úročený a neviažu sa s ním žiadne poplatky; 
•	všetky platby vykonané z účtu pre projekty financované štrukturálnych fondov musia byť vhodne zaznačené prostredníctvom stanoveného kódovania (príloha č. 1) a musia poskytovať prehľad (v členení štátny rozpočet a finančné prostriedky EÚ zo štrukturálnych fondov), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt; 
•	platobné jednotky sú povinné zabezpečiť vystavenie žiadosti o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu pre prevod prostriedkov EÚ konečným prijímateľom najneskôr do   3 pracovných dní po ich pripísaní na tomto účte;
•	nakoľko pri prostriedkoch štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie projektov štrukturálnych fondov sa jedná o prostriedky programov programového rozpočtovania, nevyužité prostriedky prechádzajú po skončení kalendárneho roku automaticky do ďalšieho roku v súlade s § 10 zákona NR SR č. 303 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov.

3. Účet konečného prijímateľa - súkromný sektor a obec
•	konečný prijímateľ otvára v komerčnej banke samostatný účet pre každý projekt spolufinancovaný zo štrukturálnych fondov;
•	účet je vedený v SKK;
•	tento účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	všetky príjmy a výdavky súvisiace s projektom spolufinancovaným zo štrukturálnych fondov prechádzajú cez tento účet;
•	všetky bankové poplatky súvisiace s účtom sú podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie č. 2000/1685/ES oprávnenými výdavkami a sú hradené z tohto účtu;
•	úroky vzniknuté na účte sú príjmom konečného prijímateľa pomoci.

4. Účet konečného prijímateľa – rozpočtová organizácia, príspevková organizácia a VÚC 
•	účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe §8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	účet je vedený v SKK;
•	v prípade rozpočtovej organizácie tento účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou navýšenia limitu výdavkov na základe rozpočtového opatrenia;
•	v prípade príspevkovej organizácie a VÚC tento účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	výdavky súvisiace s projektom spolufinancovaným zo štrukturálnych fondov prechádzajú cez tento účet.

4.7 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej   republiky
Vzhľadom na skutočnosť, že prevod prvej zálohovej platby z EK na osobitné účty MF SR sa v skrátenom programovom období 2004 – 2006 očakáva reálne najskôr v septembri 2004, vyplácanie prostriedkov konečným prijímateľom na úhradu nákladov oprávnených na spolufinancovanie zo štrukturálnych fondov už od 1. januára 2004 bude umožnené zákonom o štátnom rozpočte pre rok 2004 prostredníctvom využitia inštitútu dočasného nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v rozpočtovom roku. 

a)  pri konečných prijímateľoch z verejného sektora (okrem ESF)
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejného sektora sa uskutočňuje v dvoch etapách – etape predfinancovania zo štátneho rozpočtu a etape refundácie uskutočnených výdavkov. Výnimku tvoria programy financované z ESF, pri ktorých sa aplikuje poskytovanie zálohových platieb.
Etapa predfinancovania
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejného sektora v súlade s uznesením vlády SR č. 815/2003 ku Koncepcii financovania projektov podporovaných z predvstupových fondov, štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na roky 2004 – 2006 vzniká z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní prvých záväzkov dodávateľovi. 
Predfinancovanie konečných prijímateľov z verejného sektora sa uskutoční uvoľnením výdavkov zo štátneho rozpočtu účelovo určených v programoch rozpočtových kapitol na spolufinancovanie programov ES, v sume vyčlenenej pre daný projekt.
V rámci etapy predfinancovania sa postupuje rovnakým spôsobom pri všetkých programoch (okrem programov Iniciatív ES INTERREG IIIB CADSES a IIIC Východná zóna).
1.	Konečný prijímateľ v stanovených termínoch môže predkladať účtovné doklady po ich obdržaní od dodávateľa sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, resp. riadiacemu orgánu.
2.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp. riadiaci orgán, v spolupráci s konečným prijímateľom v rámci lehoty splatnosti záväzku dodávateľovi overí dodávku tovarov alebo služieb (vykonanie predbežnej kontroly).
3.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, resp. riadiaceho orgánu, vykoná predbežnú finančnú kontrolu a najneskôr do 5 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu v súlade s trojmesačným finančným plánom. Platobná jednotka prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vo výške schválenej platby. V prípadoch, keď je konečným prijímateľom ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, sa realizuje rozpočtové opatrenie prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva ako platobnej jednotky, resp. navýšenia limitov výdavkov príslušného ústredného orgánu štátnej správy alebo rozpočtovej organizácie.
V prípade, že čiastka presahuje sumu vyčlenenú na príslušný projekt zo štátneho rozpočtu pre daný rozpočtový rok, chýbajúca čiastka sa dočasne použije z rozpočtu daného opatrenia (prvku z hľadiska programového rozpočtovania). Za predpokladu, že dôjde k prípadu, že prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu v rámci príslušného opatrenia (prvku) budú z tohto titulu v danom roku vyčerpané, potrebná suma sa použije z vyčlenenej rezervy na spolufinancovanie z kapitoly VPS.
4.	Kroky uvedené v prvých troch odsekoch sa opakujú, pokým suma predplatených záväzkov nedosiahne čiastku vyčlenenú na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu (do prvej žiadosti konečného prijímateľa o platbu) pre daný rozpočtový rok pre príslušný projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.

Etapa refundácie
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ rovnako pri všetkých programoch. 
5.	Konečný prijímateľ po vyčerpaní prostriedkov  na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu pre daný rok na príslušný projekt požiada sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp. riadiaci orgán, o refundáciu (preplatenie) zo zdrojov EÚ – predloží prvú žiadosť o platbu. 
6.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o platbu v SKK sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V prípade, že riadiaci orgán nedeleguje svoje právomoci na sprostredkovateľský orgán a je za tieto projekty priamo zodpovedný, konečný prijímateľ predkladá svoju žiadosť priamo riadiacemu orgánu a ten vykoná kontrolu.
7.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originál výpisu z bankového účtu, ktorý potvrdzuje uhradenie faktúry a zoznam výdavkov (príloha č. 3). Žiadosť o platbu vrátane všetkých predložených dokladov musí byť v súlade s finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom.

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora (vrátane ESF)
Vyplácanie konečného prijímateľa zo súkromného sektora zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je založené na úhrade skutočne vynaložených a oprávnených výdavkov, ktoré sú potvrdené zúčtovacími dokladmi. Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečným prijímateľom zo súkromného sektora vypláca platobná jednotka zároveň v pomere stanovenom na projekt.
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ rovnako pri všetkých programoch (okrem programov Iniciatív ES INTERREG IIIB CADSES a IIIC Východná zóna). 
1.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o platbu v SKK sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V prípade, že riadiaci orgán nedeleguje svoje právomoci na sprostredkovateľský orgán a je za tieto projekty priamo zodpovedný, konečný prijímateľ predkladá svoju žiadosť priamo riadiacemu orgánu a ten vykoná kontrolu.
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originál výpisu z bankového účtu, ktorý potvrdzuje uhradenie faktúry a zoznam výdavkov. Žiadosť o platbu vrátane všetkých predložených dokladov musí byť v súlade s finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom. Najneskôr pri poslednej žiadosti o platbu konečný prijímateľ predkladá aj potvrdenie o vyplatení prostriedkov na spolufinancovanie z ostatných verejných zdrojov (VÚC a obec). Výšku spolufinancovania overí príslušný sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo riadiaci orgán.

Sektorový operačný program Priemysel a služby 

a)	pri konečných prijímateľoch z verejného sektora
8.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom následne vykoná formálnu kontrolu prvej žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
9.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje kópiu žiadosti o platbu a zoznam prijatých dokladov od konečného prijímateľa a priebežne zasiela riadiacemu orgánu originál žiadosti o platbu, originál, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originály výpisov z bankového účtu a zoznam výdavkov.
10.	Riadiaci orgán preverí kompletnosť žiadosti o platbu a preveruje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných stavieb, tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. Zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
11.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje riadiaci orgán prehlásenie o overení (príloha č. 9) a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. 
12.	Originál žiadosti o platbu, originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originály výpisov z bankového účtu a zoznam výdavkov zostávajú uschované na riadiacom orgáne. 
13.	Riadiaci orgán priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke.

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 8. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje kópiu žiadosti o platbu a zoznam prijatých dokladov od konečného prijímateľa  a priebežne zasiela riadiacemu orgánu originál žiadosti o platbu s rozdelením požadovanej čiastky podľa zdrojov (ES a štátny rozpočet) v pomere stanovenom pre projekt, originál, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originály výpisov z bankového účtu a zoznam výdavkov.
5.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 10. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
6.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 11. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
7.	Rovnaký postup ako v bode 12. konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
8.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 13. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.

Operačný program Základná infraštruktúra
Pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán, a tieto projekty nevyžadujú v systéme účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, nižšie uvedené úlohy sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom plní riadiaci orgán pre OP Základná infraštruktúra.
 
a)	pri konečných prijímateľoch z verejného sektora
8.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom následne vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
9.	Sprostredkovateľský orgán preveruje najmä reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných stavieb, tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. Zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
10.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje sprostredkovateľský orgán pod  riadiacim orgánom prehlásenie o overení a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. Zoznam výdavkov je zaslaný riadiacemu orgánu. 
11.	Originál žiadosti o platbu, originály zúčtovacích dokladov a originálny výpisov z bankového účtu zostávajú uschované na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom. 
12.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke. 
13.	Riadiaci orgán posúdi v stanovenej lehote zoznam výdavkov a v prípade nesúhlasu zmení rozhodnutie sprostredkovateľského orgánu týkajúce sa posúdenia oprávnenosti výdavkov. O tomto rozhodnutí informuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobnú jednotku.

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 8. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 9. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 10. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.
6.	Rovnaký postup ako v bode 11. konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
7.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov s rozdelením požadovanej čiastky podľa zdrojov (ES a štátny rozpočet) v pomere stanovenom pre projekt a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke.
8.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 13. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.

Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka 

a)	pri konečných prijímateľoch z verejného sektora
8.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom následne vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
9.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom následne preveruje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných stavieb, tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. 
10.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). 
11.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
12.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom prehlásenie o overení, zoznam schválených platieb a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. 
13.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela celú zložku (schválené originály žiadostí konečných prijímateľov, výpisov z bankového účtu  a  zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení) platobnej jednotke.

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 8. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 9. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 10. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.
6.	Sprostredkovateľský orgán pod  riadiacim orgánom postupuje rovnako ako v bode 11. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora. 
7.	Rovnaký postup ako v bode 12. konečných prijímateľoch z verejného sektora.
8.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela celú zložku (schválené originály žiadostí konečných prijímateľov s rozdelením požadovanej čiastky podľa zdrojov (ES a štátny rozpočet) v pomere stanovenom pre projekt, výpisov z bankového účtu a zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení) platobnej jednotke.

Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 2
a)	pri konečných prijímateľoch z verejného sektora
8.	Riadiaci orgán následne vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
9.	Riadiaci orgán preveruje najmä reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných stavieb, tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. 
10.	Riadiaci orgán zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
11.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje riadiaci orgán prehlásenie o overení a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. 
12.	Originál žiadosti o platbu, originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov, originály výpisov z bankového účtu a zoznam výdavkov zostávajú uschované na riadiacom orgáne.
13.	Riadiaci orgán priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke. 

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
3.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 8. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.  
4.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 9. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.  
5.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 10. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.  
6.	Riadiaci orgán postupuje rovnako ako v bode 11. pri konečných prijímateľoch z verejného sektora.
7.	Rovnaký postup ako v bode 12. konečných prijímateľoch z verejného sektora.
8.	Riadiaci orgán priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  s rozdelením požadovanej čiastky podľa zdrojov (ES a štátny rozpočet) v pomere stanovenom pre projekt a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke.

Sektorový operačný program Ľudské zdroje 
Pri tých projektoch, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR ako riadiaci orgán, a tieto projekty nevyžadujú v systéme účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, nižšie uvedené úlohy sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom plní riadiaci orgán pre SOP Ľudské zdroje.
a)	pri konečných prijímateľoch z verejného sektora
Pri projekty financované z ESF v rámci verejného sektora sa aplikuje odlišný prístup ako pri projektoch verejného sektora financovaných z iných štrukturálnych fondov. Z dôvodov špecifík projektov ESF, ktoré sú náročné na administráciu, sa konečným prijímateľom z verejného sektora poskytuje zálohová platba z prostriedkov štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie projektu. Tento mechanizmus umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní prvých záväzkov dodávateľom.
Poskytnutie zálohových platieb konečným prijímateľom z verejného sektora sa uskutoční uvoľnením výdavkov zo štátneho rozpočtu účelovo určených v programoch rozpočtových kapitol na spolufinancovanie programov ES, v sume vyčlenenej pre daný projekt za príslušný rok. 
Vyplácanie konečného prijímateľa sa uskutočňuje v dvoch etapách – etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie.
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Konečný prijímateľ po začatí realizácie projektu požiada sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok o poskytnutie zálohovej platby. 
2.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky konečného prijímateľa a požiada platobnú jednotku o prevedenie zálohovej platby konečnému prijímateľovi. 
3.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu a najneskôr do 5 pracovných dní vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu v súlade s trojmesačným finančným plánom. Platobná jednotka prostredníctvom Štátnej pokladnice prevedie prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu v danom roku. V prípadoch, keď je konečným prijímateľom ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, sa realizuje rozpočtové opatrenie prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva ako platobnej jednotky, resp. navýšenia limitov výdavkov príslušného ústredného orgánu štátnej správy alebo rozpočtovej organizácie. Tieto prostriedky slúžia konečnému prijímateľovi na uhrádzanie úvodných výdavkov na projekt. 

Etapa refundácie
4.	Konečný prijímateľ po vyčerpaní prostriedkov poskytnutých vo forme zálohy zo štátneho rozpočtu (etapa poskytovania zálohovej platby) požiada sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o refundáciu zo zdrojov ESF – predloží prvú žiadosť o platbu.
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
6.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom preveruje najmä reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. Zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
7.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje sprostredkovateľský orgán pod  riadiacim orgánom prehlásenie o overení a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. Zoznam výdavkov je zaslaný riadiacemu orgánu. 
8.	Originál žiadosti o platbu, originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov a originály výpisov z bankového účtu zostávajú uschované na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom. 
9.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke. 
10.	Riadiaci orgán posúdi v stanovenej lehote zoznam výdavkov a v prípade nesúhlasu zmení rozhodnutie sprostredkovateľského orgánu týkajúce sa posúdenia oprávnenosti výdavkov. O tomto rozhodnutí informuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobnú jednotku.

b)	pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných výdavkov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Sprostredkovateľský orgán preveruje najmä reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. Zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom.
5.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje sprostredkovateľský orgán pod  riadiacim orgánom prehlásenie o overení a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. Zoznam výdavkov je zaslaný riadiacemu orgánu. 
6.	Originál žiadosti o platbu, originály, príp. overené kópie, zúčtovacích dokladov a originály výpisov z bankového účtu zostávajú uschované na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom. 
7.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  s rozdelením požadovanej čiastky podľa zdrojov (ES a štátny rozpočet) v pomere stanovenom pre projekt a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke. 
8.	Riadiaci orgán posúdi v stanovenej lehote zoznam výdavkov a v prípade nesúhlasu zmení rozhodnutie sprostredkovateľského orgánu týkajúce sa posúdenia oprávnenosti výdavkov. O tomto rozhodnutí informuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobnú jednotku.

Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Sektorového operačného programu Ľudské zdroje.

Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
Program Iniciatívy ES Slovenská republika – Česká republika
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Jednotného programového dokumentu NUTS II Bratislava Cieľ 2.

Program Iniciatívy ES Poľsko - Slovenská republika 
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Jednotného programového dokumentu    NUTS II Bratislava Cieľ 2 s výnimkou, že ako riadiaci orgán vystupuje národný orgán.

Program Iniciatívy ES Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Jednotného programového dokumentu    NUTS II Bratislava Cieľ 2 s výnimkou, že ako riadiaci orgán vystupuje národný orgán.

Program Iniciatívy ES Rakúsko - Slovenská republika 
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Jednotného programového dokumentu  Bratislava  Cieľ 2 s výnimkou, že ako riadiaci orgán vystupuje národný orgán.

Program Iniciatívy ES EQUAL
Aplikuje sa rovnaký postup ako v prípade Sektorového operačného programu Ľudské zdroje.

Prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu konečným prijímateľom
a1)  pri konečných prijímateľoch z verejného sektora (okrem ESF)
14.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu žiadosti konečného prijímateľa -  overuje súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom kapitoly, resp. rozpočtovej organizácie. Platobná jednotka schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu najneskôr do 5 pracovných dní od jej prijatia. Schválenie žiadosti zo strany platobnej jednotky je podmienené súhlasom riadiaceho orgánu o oprávnenosti výdavkov v prípade, že ten delegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom (okrem Sektorového operačného programu Poľnohospodárstvo o rozvoj vidieka). Riadiaci orgán sa vyjadrí k oprávnenosti výdavkov v rovnakej lehote ako platobná jednotka. V prípade neschválenia žiadosti konečného prijímateľa ju platobná jednotka vráti sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, resp. riadiacemu orgánu s odôvodnením neakceptovania. 
15.	Platobná jednotka v intervale trikrát do mesiaca vypracuje a predloží súhrnnú žiadosť za program na prostriedky EÚ za svoj úsek (príloha č. 10) spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha č. 11) na platobný orgán. Súhrnná žiadosť platobnej jednotky bude vystavená na čiastku rovnajúcu sa sume schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu na prostriedky EÚ za dané obdobie. 
16.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni - overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Rovnako overuje zostatok na osobitnom účte. Platobný orgán schváli alebo neschváli súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 5 pracovných dní od jej prijatia. Platobný orgán nie je kompetentný overovať oprávnenosť výdavkov.
17.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a následne vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu (komunikácia so Štátnou pokladnicou je znázornená v prílohe č. 4). Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet daného ministerstva, kde sa nachádza platobná jednotka, zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade s § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
18.	Pri využití inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004 akýkoľvek výdavok za prostriedky EÚ podlieha schváleniu platobného orgánu napriek tomu, že ešte nedisponuje prostriedkami na osobitnom účte.
19.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu vystaviť žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu v súlade s trojmesačným finančným plánom výdavkov. Platobná jednotka je povinná vystaviť žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu pre prevod prostriedkov EÚ konečným prijímateľom najneskôr do 3 pracovných dní od ich pripísania na príjmovom účte, resp. odo dňa schválenia súhrnnej žiadosti zo strany platobného orgánu v prípade využitia inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004. Platobná jednotka prevádza konečnému prijímateľovi prostriedky EÚ  prostredníctvom Štátnej pokladnice vo výške vyplatenej zo štátneho rozpočtu. 
V prípadoch, keď je konečným prijímateľom ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, sa realizuje rozpočtové opatrenie prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva ako platobnej jednotky, resp. navýšenia limitov výdavkov príslušného ústredného orgánu štátnej správy alebo rozpočtovej organizácie.
20.	V prípade prekročenia limitu prostriedkov určených na spolufinancovanie pre príslušný projekt alikvótna časť prvej refundácie z prostriedkov EÚ slúži na vykrytie výdavkov štátneho rozpočtu, dočasne použitých v rámci príslušného opatrenia (prvku) nad rámec schváleného spolufinancovania pre daný projekt.
21.	Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení a kópie zúčtovacích dokladov a žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
22.	Konečný prijímateľ po vyčerpaní disponibilných zdrojov opätovne požiada o preplatenie uskutočnených výdavkov zo zdrojov ES. Tento krok sa realizuje pri každej nasledujúcej žiadosti konečného prijímateľa v danom rozpočtovom roku. V prípade, že ide o viacročný projekt, v každom ďalšom rozpočtovom roku sa opätovne predfinancuje z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie projektu. V prípade nevyčerpania prostriedkov EÚ pre daný rok za príslušný projekt v stanovenom pomere sa v nasledujúcom roku dočerpá zostávajúca čiastka za prostriedky EÚ za predchádzajúci rok a následne sa opätovne predfinancuje z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie projektu.
23.	Konečnému prijímateľovi sa prostriedky EÚ refundujú do výšky max. 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt. Zostávajúcich 5 % si je konečný prijímateľ povinný uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. 
24.	Po ukončení projektu a uskutočnení príslušných kontrol mu bude uvedený zostatok refundovaný z prostriedkov ES.

a2)  pri konečných prijímateľoch z verejného sektora financovaných z ESF
11.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu žiadosti konečného prijímateľa -  overuje súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom kapitoly. Platobná jednotka schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu najneskôr do 5 pracovných dní od jej prijatia. Schválenie žiadosti zo strany platobnej jednotky je podmienené súhlasom riadiaceho orgánu o oprávnenosti výdavkov v prípade, že ten delegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Riadiaci orgán sa vyjadrí k oprávnenosti výdavkov v rovnakej lehote ako platobná jednotka. V prípade neschválenia žiadosti konečného prijímateľa ju platobná jednotka vráti sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, resp. riadiacemu orgánu s odôvodnením neakceptovania. 
12.	Platobná jednotka v intervale trikrát do mesiaca vypracuje a predloží súhrnnú žiadosť za program na prostriedky EÚ za svoj úsek spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha č. 11) na platobný orgán. Súhrnná žiadosť platobnej jednotky bude vystavená na čiastku rovnajúcu sa sume schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu na prostriedky EÚ za dané obdobie.
13.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni - overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Rovnako overuje zostatok na osobitnom účte. Platobný orgán schváli alebo neschváli súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 5 pracovných dní od jej prijatia. Platobný orgán nie je kompetentný overovať oprávnenosť výdavkov.
14.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a následne vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu. Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet daného ministerstva, kde sa nachádza platobná jednotka, zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade s § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
15.	Pri využití inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004 akýkoľvek výdavok za prostriedky EÚ podlieha schváleniu platobného orgánu napriek tomu, že ešte nedisponuje prostriedkami na osobitnom účte.
16.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu vystaviť žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu v súlade s trojmesačným finančným plánom výdavkov. Platobná jednotka je povinná vystaviť žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu pre prevod prostriedkov EÚ konečným prijímateľom najneskôr do 3 pracovných dní od ich pripísania na príjmovom účte, resp. odo dňa schválenia súhrnnej žiadosti zo strany platobného orgánu v prípade využitia inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004. Platobná jednotka prevádza konečnému prijímateľovi prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice vo výške vyplatenej zo štátneho rozpočtu formou zálohovej platby.
V prípadoch, keď je konečným prijímateľom ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, sa realizuje rozpočtové opatrenie prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva ako platobnej jednotky, resp. navýšenia limitov výdavkov príslušného ústredného orgánu štátnej správy alebo rozpočtovej organizácie.
17.	Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení a kópie zúčtovacích dokladov a žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
18.	Konečný prijímateľ po vyčerpaní disponibilných zdrojov opätovne požiada o preplatenie uskutočnených výdavkov zo zdrojov ES. Tento krok sa realizuje pri každej nasledujúcej žiadosti konečného prijímateľa v danom rozpočtovom roku. V prípade, že ide o viacročný projekt, v každom ďalšom rozpočtovom roku sa opätovne poskytuje zálohová platba z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie projektu. V prípade nevyčerpania prostriedkov EÚ pre daný rok za príslušný projekt v stanovenom pomere sa v nasledujúcom roku dočerpá zostávajúca čiastka za prostriedky EÚ za predchádzajúci rok a následne sa opätovne poskytuje zálohová platba z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie projektu.
19.	Konečnému prijímateľovi sa prostriedky EÚ refundujú do výšky max. 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt. Zostávajúcich 5 % si je konečný prijímateľ povinný uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. 
20.	Po ukončení projektu a uskutočnení príslušných kontrol mu bude uvedený zostatok refundovaný z prostriedkov ES.

b)  pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora (vrátane ESF)
9.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu žiadosti konečného prijímateľa -  overuje súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom kapitoly, resp. rozpočtovej organizácie. Platobná jednotka schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu najneskôr do 5 pracovných dní od jej prijatia. Schválenie žiadosti zo strany platobnej jednotky je podmienené súhlasom riadiaceho orgánu o oprávnenosti výdavkov v prípade, že ten delegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom (okrem Sektorového operačného programu Poľnohospodárstvo o rozvoj vidieka). Riadiaci orgán sa vyjadrí k oprávnenosti výdavkov v rovnakej lehote ako platobná jednotka. V prípade neschválenia žiadosti konečného prijímateľa ju platobná jednotka vráti sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, resp. riadiacemu orgánu s odôvodnením neakceptovania. 
10.	Platobná jednotka v intervale trikrát do mesiaca vypracuje a predloží súhrnnú žiadosť za program na prostriedky EÚ za svoj úsek spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha č. 11) na platobný orgán. Súhrnná žiadosť platobnej jednotky bude vystavená na čiastku rovnajúcu sa sume schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu na prostriedky EÚ za dané obdobie. 
11.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni - overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Rovnako overuje zostatok na osobitnom účte. Platobný orgán schváli alebo neschváli súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 5 pracovných dní od jej prijatia. Platobný orgán nie je kompetentný overovať oprávnenosť výdavkov.
12.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a následne vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu. Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet daného ministerstva, kde sa nachádza platobná jednotka, zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade s § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
13.	Pri využití inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004 akýkoľvek výdavok za prostriedky EÚ podlieha schváleniu platobného orgánu napriek tomu, že ešte nedisponuje prostriedkami na osobitnom účte.
14.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu vystaviť žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu súčasne pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade s trojmesačným finančným plánom výdavkov. Platobná jednotka je povinná vystaviť žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu pre prevod prostriedkov EÚ konečným prijímateľom najneskôr do 3 pracovných dní od ich pripísania na príjmovom účte, resp. odo dňa schválenia súhrnnej žiadosti zo strany platobného orgánu v prípade využitia inštitútu dočasného časového nesúladu medzi príjmami a výdavkami štátneho rozpočtu v roku 2004.
15.	Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení a kópie zúčtovacích dokladov a žiadosti konečného prijímateľa o platbu.

Program Iniciatívy ES INTERREG IIIB CADSES
Z dôvodu vyššie uvedených skutočností v časti 4.5 sú kompetencie národného orgánu a platobnej jednotky obmedzené len na schvaľovanie, kontrolu, poskytovanie a riadenie prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečných prijímateľov (projektových partnerov) zo SR. Podrobné pravidlá pre poskytovanie a finančné riadenie prostriedkov štátneho rozpočtu pre tento program vypracuje Ministerstvo životného prostredia v súlade s uznesením k tomuto materiálu. 
Nakoľko prostriedky EÚ nie sú prevádzané cez osobitný účet MF SR, platobný orgán SR neplní vo vzťahu ku konečným prijímateľom v rámci tohto programu žiadne úlohy. Finančné prostriedky EÚ v súlade s princípom „vedúceho partnera“ prevádza platobný orgán pre program priamo konečnému prijímateľovi ako vedúcemu partnerovi, ktorý ich následne prevádza ostatným konečným prijímateľom ako projektovým partnerom. 
Pre vyplácanie prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečných prijímateľov (projektových partnerov) zo SR platí nasledovný mechanizmus:

a)  pri konečných prijímateľoch z verejného sektora 
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejného sektora sa uskutočňuje vo forme predfinancovania zo štátneho rozpočtu.
1.	Konečný prijímateľ (projektový partner) zo SR v intervale 3-x za mesiac môže predkladať účtovné doklady po ich obdržaní od dodávateľa národnému orgánu.
2.	Národný orgán, v spolupráci s konečným prijímateľom (projektovým partnerom) zo SR v rámci lehoty splatnosti záväzku dodávateľovi overí dodávku tovarov alebo služieb (vykonanie predbežnej kontroly).
3.	Národný orgán zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom (projektovým partnerom) zo SR.
4.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje národný orgán prehlásenie o overení. 
5.	Národný orgán priebežne zasiela kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení zo strany národného orgánu, vykoná predbežnú finančnú kontrolu a najneskôr do 5 pracovných dní od prijatia účtovných dokladov vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu v súlade s trojmesačným finančným plánom. Platobná jednotka prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky konečnému prijímateľovi (projektovému partnerovi) zo SR z rozpočtovaných výdavkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vo výške schválenej platby. V prípadoch, keď je konečným prijímateľom (projektový partner) zo SR ústredný orgán štátnej správy alebo rozpočtová organizácia, sa realizuje rozpočtové opatrenie prostredníctvom viazania prostriedkov v rozpočte ministerstva ako platobnej jednotky, resp. navýšenia limitov výdavkov príslušného ústredného orgánu štátnej správy alebo rozpočtovej organizácie.
7.	V prípade, že čiastka presahuje sumu vyčlenenú na príslušný projekt zo štátneho rozpočtu pre daný rozpočtový rok, chýbajúca čiastka sa dočasne použije z rozpočtu daného opatrenia (prvku z hľadiska programového rozpočtovania). Za predpokladu, že dôjde k prípadu, že prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu v rámci príslušného opatrenia (prvku) budú z tohto titulu v danom roku vyčerpané, potrebná suma sa použije z vyčlenenej rezervy na spolufinancovanie z kapitoly VPS.
8.	Kroky uvedené v bodoch 1.- 7. sa opakujú, pokým suma predplatených záväzkov nedosiahne čiastku vyčlenenú na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu pre príslušný projekt v súlade so zmluvou s konečným prijímateľom o financovaní projektu zo štátneho rozpočtu uzavretou medzi národným orgánom a konečným prijímateľom (projektovým partnerom) zo SR a jej finančným plánom.

b)  pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora 
Vyplácanie konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR zo súkromného sektora z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je založené na úhrade skutočne vynaložených a oprávnených výdavkoch, ktoré sú potvrdené zúčtovacími dokladmi. 
1.	Konečný prijímateľ (projektový partner) zo SR predkladá žiadosť o platbu v SKK národnému orgánu. 
2.	Konečný prijímateľ (projektový partner) zo SR predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj originály zúčtovacích dokladov, kópiu výpisu z bankového účtu, ktorý potvrdzuje uhradenie faktúry a zoznam výdavkov. Žiadosť o platbu vrátane všetkých predložených dokladov musí byť v súlade s finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom o financovaní projektu zo štátneho rozpočtu uzavretou medzi národným orgánom a konečným prijímateľom (projektovým partnerom) zo SR. 
3.	Národný orgán následne vykoná formálnu kontrolu žiadosti o platbu, pri ktorej overí kompletnosť a správnosť žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Národný orgán preveruje najmä reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinancovaných stavieb, tovarov a služieb a spolufinancovanie projektov z národných zdrojov. 
5.	Národný orgán zároveň overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Rovnako overuje, či nárokované výdavky konečného prijímateľa zodpovedajú finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom (projektovým partnerom) zo SR.
6.	Po vykonaní príslušných kontrol vypracuje národný orgán prehlásenie o overení a doplní zoznam výdavkov od konečného prijímateľa o posúdenie oprávnenosti výdavkov. 
7.	Originál žiadosti o platbu, originály zúčtovacích dokladov, kópie výpisov z bankového účtu a zoznam výdavkov zostávajú uschované na národnom orgáne.
8.	Národný orgán priebežne zasiela schválené kópie žiadostí konečných prijímateľov  (projektových partnerov) zo SR a kópie zúčtovacích dokladov spolu s prehlásením o overení platobnej jednotke.
9.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu žiadosti konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR -  overuje súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom kapitoly. Platobná jednotka schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR o platbu najneskôr do 5 pracovných dní od jej prijatia. V prípade neschválenia žiadosti konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR ju platobná jednotka vráti národnému orgánu, s odôvodnením neakceptovania. 
10.	Platobná jednotka ihneď po schválení žiadosti konečného prijímateľa (projektového partnera) zo SR vystaví žiadosť o vstup do záväzku a žiadosť o realizáciu platby na Štátnu pokladnicu pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade s trojmesačným finančným plánom výdavkov. 

Program Iniciatívy ES INTERREG IIIC Východná zóna
Postup uvedený pre program INTERREG IIIB CADSES bude modifikovaný na podmienky Iniciatívy Spoločenstva INTERREG IIIC.

4.8 	Certifikácia 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje oddelenie certifikácie v rámci platobného orgánu, ktoré je funkčne nezávislé od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. Výkon certifikácie nie je možné delegovať na iné subjekty. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pred zaslaním žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý platobný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. 
Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady 99/1260/ES, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa zásad vhodnej správy finančných prostriedkov,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 28 nariadenia Rady 99/1260/ES.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle nariadenia EK 2000/1685/ES doložené prijatými zúčtovacími dokladmi;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 

Pre účely certifikácie platobný orgán overuje vnútorné postupy riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek najmä prostredníctvom nasledovných činností:
1.	zúčastňuje sa kontrol  využívania prostriedkov zo štrukturálnych fondov vykonávaných sekciou kontrolnou MF SR;
2.	využíva správy o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami;
3.	využíva správy o výsledkoch auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje kontrolu súladu čiastkových výkazov výdavkov s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom a platobných jednotkách;
5.	zúčastňuje sa výberových konaní na projekty v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Platobný orgán sa zúčastňuje kontrol  využívania prostriedkov zo štrukturálnych fondov (ako súčasť kontroly vzoriek – minimálnej 5 % kontroly) vykonávaných sekciou kontrolnou MF SR. Cieľom týchto kontrol je 
-	overenie aplikovania a účinnosti vnútorných postupov riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek v praxi zodpovedných za schvaľovanie a deklarovanie výdavkov,  
-	overenie dodržiavania audit trailov, 
-	overenie dodržiavania právnych predpisov ES a SR, 
-	uskutočnenie hĺbkovej kontroly u konečných prijímateľov, ktorá sa sústreďuje na fyzickú a finančnú realizáciu projektov. 

k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre platobný orgán aj správy o minimálnych 5 % kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami. Tieto subjekty sú povinné zasielať tieto správy sekcii kontrolnej MF SR, vrátane plánu kontrol na nasledovné obdobie, ktorá ich následne zasiela platobnému orgánu.

k bodu 3. 
Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušneho generálneho riaditeľstva EK, platobnému orgánu.

k bodu 4.
Platobný orgán je v rámci svojich kompetencií kedykoľvek oprávnený uskutočniť náhodnú kontrolu súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom a platobných jednotkách. Súčasťou takejto kontroly je overenie, či 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia so zúčtovacími dokladmi, 
-	výdavky zahrnujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach konečných prijímateľov o platbu,
-	k príslušným žiadostiam konečných prijímateľov o platbu existuje výpis z bankového účtu a zoznam výdavkov
k bodu 5.
Za účelom uistenia sa o dodržiavaní pravidiel výberu projektov je platobný orgán  oprávnený zúčastňovať sa výberových konaní na projekty v úlohe pozorovateľa v prípade, že o výbere  projektov rozhoduje výberová komisia. 
Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie výberových konaní, povinné vopred o nich informovať platobný orgán.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  

4.9 	Nezrovnalosti
Za nezrovnalosť sa v súlade s nariadením Rady č. 95/2988/ES považuje poškodenie alebo možné poškodenie rozpočtu ES. Nezrovnalosť možno odhaliť na základe následnej alebo predbežnej kontroly. Za moment jej odhalenia sa považuje až podpis kontrolnej správy, resp. správy o zistenej nezrovnalosti. Každá z týchto správ je príslušným orgánom zasielaná sekcií kontrolnej MF SR, ktorá ich následne zasiela platobnému orgánu.
Platobný orgán po obdržaní kontrolnej správy vypracovanej na základe následnej kontroly vykoná zápis v knihe dlžníkov a informuje Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR o nezrovnalosti informuje v nasledujúcej správe o nezrovnalostiach OLAF (v prípade, že čiastka prevyšuje 4 000 EUR). 
V prípade predbežnej kontroly sa za nezrovnalosť, ktorú je potrebné oznamovať EK, považuje len tá, pri ktorej je preukázaný jasný úmysel podvodu (napr. falošná faktúra). Takúto nezrovnalosť môže odhaliť orgán zúčastňujúci sa predbežnej kontroly žiadostí konečných prijímateľov o platbu (sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán, platobná jednotka). V prípade zistenia uvedenej nezrovnalosti je potrebné informovať bezodkladne platobný orgán formou správy o zistenej nezrovnalosti.
Platobný orgán po obdržaní správy o zistenej nezrovnalosti informuje Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR o nezrovnalosti informuje v nasledujúcej správe o nezrovnalostiach OLAF (v prípade, že čiastka prevyšuje 4 000 EUR). 

4.9.1 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Po zistení nezrovnalosti vzťahu k prostriedkom EÚ zo strany príslušných orgánov SR alebo zo strany EK je Slovenská republika povinná vykonať opravy financovania. V podmienkach SR tieto opravy vykonáva platobný orgán. Spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov alebo jeho časti. Pri zrušení príspevku ES alebo jeho časti sa zohľadní povaha a závažnosť nezrovnalosti a s tým súvisiaca finančná strata.
Čiastka podliehajúca oprave financovania bude vyčíslená, ak je to možné, na základe jednotlivých prípadov a bude sa rovnať neoprávnene použitej alebo nevyužitej čiastke v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, kedy nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určuje na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah a finančné dôsledky zistenej nezrovnalosti.
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní neoprávnene použitých prostriedkov dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku ES v rámci štrukturálnych fondov.
V prípade, ak sú nezrovnalosti zistené a napravené Slovenskou republikou, neoprávnene použité finančné prostriedky nepredstavujú stratu SR, ale sa môžu znovu použiť na iné operácie. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa môžu tieto finančné prostriedky znovu použiť na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
Opravy financovania sa môžu uskutočniť odpočítaním neoprávnene použitých alebo nevyužitých finančných prostriedkov EÚ prostriedkov od nasledovnej žiadosti o platbu ES. 
Ak nie je možné odpočítanie neoprávnene použitých finančných prostriedkov EÚ od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu (splatná čiastka prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutočňuje platobný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania.
Úroková miera pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Neoprávnene použité finančné prostriedky v podmienkach SR vymáha príslušná správa finančnej kontroly v súlade s § 47 a § 55f zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov, príp. Ministerstvo financií SR.
Subjekt, ktorý neoprávnene použil prostriedky poskytnuté na základe medzinárodných zmlúv uzatvorených po dni nadobudnutia platnosti zmluvy o pristúpení SR k ES a k EÚ, je povinný neoprávnene použitú sumu týchto prostriedkov, vrátane penále, vrátiť. Neoprávnene použité prostriedky EÚ sú príjmom osobitného účtu MF SR pre príslušný programový dokument (príloha č. 7). 
Subjekt, ktorý neoprávnene použil prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, je povinný neoprávnene použitú sumu týchto prostriedkov, vrátane penále, vrátiť na účet príslušného ministerstva ako platobnej jednotky v súlade § 47 a § 55f zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov. 

4.9.2 Správy o nezrovnalostiach
Platobný orgán zodpovedá za zhromažďovanie údajov potrebných pre vypracovanie správ o nezrovnalostiach, ktoré vypracuje a predkladá Európskej komisii (OLAF) Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. 
Bezodkladná správa o nezrovnalostiach – správa poskytuje informácie o nezrovnalostiach, ktoré sa môžu prejaviť mimo územia SR, alebo je podozrenie zo spáchania trestného činu. Táto správa sa predkladá Európskej komisii bezodkladne po zistení nezrovnalosti. Všetky orgány participujúce na riadení a realizácii štrukturálnych fondov v prípade výskytu tejto nezrovnalosti sú povinné bezodkladne informovať platobný orgán.   
Správa o nezrovnalostiach sa predkladá Európskej komisii 4 krát ročne, a to vždy do konca druhého mesiaca nasledujúceho po konci štvrťroku.
Správa o nezrovnalostiach obsahuje nasledovné údaje:
-	informácie o nezrovnalostiach, ktoré sú predmetom prvotného administratívneho alebo právneho prešetrenia
-	informácie o nápravných opatreniach vykonaných na odstránenie nezrovnalosti identifikovaných v rámci predchádzajúcich správ o nezrovnalostiach. Správa zároveň obsahuje všetky dôležité zmeny, ktoré boli zapríčinené nezrovnalosťou a jej súčasťou je aj výkaz čiastok, ktoré boli vrátené. V prílohe štvrtej štvrťročnej správy sa uvádza výkaz výdavkov plánovaných na vrátenie. 
-	Informácie o čiastkach, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť alebo sa nepredpokladá ich úplné vymoženie, a o príčinách, ktoré neumožnia vymáhanie požadovanej čiastky. V správe je potrebné uviesť dôvody, prečo má predmetnú čiastku znášať ES alebo Slovenská republika. Táto správa musí byť dostatočne podrobná, aby mohla podľa nej EK rozhodnúť, kto bude znášať finančné následky. 
Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4 000 EUR predkladá Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR OLAF-u na Európskej komisii výlučne na žiadosť OLAF-u.  

4.10 	Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia
Podľa čl. 34 ods. 1 písm. e) nariadenia Rady 99/1260/ES  je potrebné, aby subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a vykonávaní pomoci, viedli samostatný účtovný systém, alebo používali vhodné kódové označenie účtov pre všetky transakcie týkajúce sa pomoci. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je platobný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní  zabezpečiť jednotný  postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám  Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a realizácii štrukturálnych fondov predložiť EK všetky požadované účtovné záznamy do 10 dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Vzhľadom na to, že prostriedky zo štrukturálnych fondov  sa budú realizovať prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré budú účtovať o použití prostriedkov  zo štrukturálnych fondov  a prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, budú  platobný  orgán a platobné jednotky, ktoré budú mať v rozpočte adekvátne výdavky.
Účtovníctvo platobného orgánu a platobných jednotiek bude súčasťou integrovaného informačného systému účtovného, finančného a ekonomického riadenia prostriedkov EÚ fondov, ktorý sa v súčasnosti pripravuje na MF SR a ktorý MF SR dodá platobnému orgánu a jednotlivým platobným jednotkám. Systém bude založený na uzatvorenom finančnom okruhu, v ktorom budú organizačne začlenení všetci koneční prijímatelia jednotlivých hierarchických úrovní. Finančné prostriedky budú členené z hľadiska ich pôvodu, t. j. prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo národných zdrojov a tiež podľa jednotlivých fondov. Systém taktiež umožní jednoznačnú väzbu v rozhodujúcich prvkoch pre potreby IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy. Z pohľadu časového harmonogramu bude systém k dispozícii v rozsahu prezentačného prototypu v novembri 2003, v rozsahu minimálnej funkčnej verzie v decembri 2003 a úplná verzia najneskôr k 30. aprílu 2004.
Platobný orgán a platobné jednotky  vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci účtovníctva príslušnej účtovnej jednotky – ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, v ktorom budú osobitne   zaznamenávať a vykazovať všetky operácie týkajúce sa podpory zo štrukturálnych fondov, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Platobný orgán a platobné jednotky  vedú svoje účtovníctvo v elektronickej forme. Účtovné záznamy vedené v elektronickej forme, ako aj v písomnej podobe musia byť dostatočne chránené pred ich možným zneužitím alebo poškodením.
Tieto subjekty zabezpečia  osobitné  sledovanie transakcií súvisiacich so štrukturálnymi fondmi, za ktoré zodpovedajú, a to  v rámci   účtovníctva  príslušného ministerstva. Príjem platieb z Európskej komisie bude predmetom účtovníctva platobného orgánu na MF SR, zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu bude predmetom účtovníctva príslušnej platobnej jednotky ako účtovnej jednotky, ktorá bude mať v rozpočte adekvátne výdavky. Využije sa vhodné analytické členenie účtov. 
Na účely zostavenia finančných výkazov podľa národných požiadaviek (najmä podľa zákona o rozpočtových pravidlách), ako aj požiadaviek podľa nariadení ES  sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa rozpočtového programovania a členenie podľa číselníka kódov opatrení, operačných programov a programových dokumentov, iniciatív ES a ostatných programov v rámci podpory ES.
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa podpory zo štrukturálnych fondov u konečného prijímateľa zabezpečuje riadiaci orgán v zmluve s konečným prijímateľom. 
Koneční prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa podpory zo štrukturálnych fondov. Platby vykonané konečnými prijímateľmi sa dokladujú zúčtovacími dokladmi. Koneční prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.
Platobný orgán a platobné jednotky musia zaviesť systém finančného výkazníctva, ktorý zabezpečí pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný zo štrukturálnych fondov. Tento systém umožňuje monitorovať pokrok dosiahnutý pri realizácii projektu a uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a národného spolufinancovania a predstavuje základ pre vypracovanie žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek musí pokrývať všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zoznamom oprávnených výdavkov, vrátane všetkých zmlúv a dohôd potrebných pre realizáciu projektu bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s účtovníctvom a dokumentáciou finančného hospodárenia, ktoré vedú.
Článok 38 ods. 6 nariadenia Rady č. 99/1260/ES požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby EK, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každú pomoc za obdobie 3 rokov nasledujúcich po záverečnej platbe EK, pokiaľ nie je dohodnuté inak v bilaterálnej administratívnej dohode. V podmienkach SR sa uvedené obdobie stanovuje na 5 rokov v súlade s § 35 zákona NR SR č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve.
V súlade s nariadením EK č. 2002/2355/ES z 27. decembra 2002 doplňujúcim nariadenie EK č. 2001/438/ES, ktoré upravuje problematiku uchovávania podporných dokumentov platí, že: 
a) Podporné dokumenty týkajúce sa výdavkov a kontrol podľa článku 38 ods.6 nariadenia Rady č. 99/1260/ES zahŕňajú
-	dokumenty týkajúce sa jednotlivých realizovaných a deklarovaných výdavkov, ako aj platieb v rámci pomoci, a ktoré sú potrebné pre adekvátny audit trail. Tieto dokumenty zahŕňajú aj podklady, ktoré dokazujú skutočné dodanie tovarov a služieb v rámci spolufinancovaných operácií; 
-	správy a podklady ku kontrolám vykonaných na základe článkov 4, 9, 10 a 15 tohto nariadenia EK č. 438/2001.
Platobný orgán a platobné jednotky musia uchovávať dokumentáciu počas celej predpísanej doby. 
b) Doklady musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na  všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov.	Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:	
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk); 
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.

Postup certifikovania zhody dokladov sa uchováva na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov. Tento postup musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre prípad auditu. V prípade, že existujú doklady len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané doklady sú v súlade s národnými predpismi a sú dôveryhodné v prípade auditu.  
V súvislosti s informačnými a finančnými tokmi, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov vyhotovuje príslušný doklad v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje dodávateľ v dvoch origináloch, pričom jeden archivuje konečný prijímateľ a druhý sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp riadiaci orgán v prípade, že ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Podrobnosti k archivácii originálov a kópií dokladov sú uvedené v rámci časti 4.7 tohto materiálu. 

4.11 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Finančný plán príslušného programu je uvedený v EUR.
Zmluvy s konečným prijímateľom sa uzatvárajú v SKK.
Platobný orgán obdrží prostriedky EÚ na osobitný účet Ministerstva financií SR pre daný program vedený v SKK (okrem osobitného účtu pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika, ktorý je vedený v EUR). Prevody z tohto účtu na účet Platobnej jednotky pre zdroje EÚ sa uskutočňujú v SKK.
Pri konverzii finančných prostriedkov z EUR na SKK sa použije kurz NBS platný v deň pripísania prostriedkov EÚ na osobitný účet MF SR.
Žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa musia predkladať na EK v EUR.
Výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR.
Oprávnené výdavky, ktoré už boli uhradené konečnými prijímateľmi, a ktoré sa pri príprave výkazu výdavkov prepočítavajú z SKK na EUR, sa prepočítajú výmenným kurzom Európskej centrálnej banky platným v predposledný pracovný deň EK v mesiaci predchádzajúcemu mesiac, počas ktorého bola transakcia (t. j. prevod prostriedkov EÚ na účet konečného prijímateľa) zaúčtovaná na platobnej jednotke.
Kurzové rozdiely vznikajúce rozdielom medzi kurzom Európskej centrálnej banky a NBS sú výdavkom (ECB kurz EUR/SKK > NBS kurz EUR/SKK) alebo príjmom (NBS kurz EUR/SKK > ECB kurz EUR/SKK) štátneho rozpočtu. Kurzové rozdiely účtuje platobný orgán.

4.12   Daň z pridanej hodnoty
Dňom vstupu SR do EÚ nadobudne účinnosť nový zákon o DPH a uplatňovanie dane z pridanej hodnoty bude plne v súlade s platnými právnymi predpismi ES. Nový zákon o DPH sa pripravuje na základe 6. smernice Rady č. 77/388/EHS, ktorá je základnou smernicou upravujúcou uplatňovanie dane z pridanej hodnoty v EÚ a všeobecne neupravuje a neumožňuje vrátenie DPH v rámci projektov zahraničnej pomoci.  Oprávnenosť výdavku za DPH sa bude posudzovať v súlade s príslušným nariadením Európskej komisie.
Vo vzťahu k štrukturálnym fondom  otázku oprávnenosti výdavku za  DPH upravuje pravidlo 7. nariadenia Európskej komisie č. 2003/1145/ES doplňujúceho nariadenie Európskej komisie 2000/1685/ES vzťahujúce sa na pravidlá oprávnenosti pre spolufinancovanie zo štrukturálnych fondov.
V súlade s týmto nariadením platí, že:
1.	DPH sa nepovažuje za oprávnený výdavok okrem prípadu, keď je DPH originálne a definitívne znášaná konečným prijímateľom alebo konečným užívateľom v rámci schémy štátnej pomoci, v súlade s článkom 87 Zmluvy o EÚ a v prípade pomoci zo štrukturálnych fondov zabezpečenej orgánmi menovanými Slovenskou republikou. DPH, ktorá je nárokovateľná na vrátenie akýmkoľvek spôsobom, nemôže byť považovaná za oprávnený výdavok, dokonca ani ak nie je skutočne znovunadobudnutá konečným prijímateľom alebo konečným užívateľom. Nezohľadňuje sa verejné alebo súkromné postavenie konečného prijímateľa alebo konečného užívateľa pomoci pre určenie, či je DPH považovaná za oprávnený alebo neoprávnený výdavok pri aplikácii ustanovení  tohto ustanovenia;
2.	DPH, ktorá nie je nárokovateľná na vrátenie konečným prijímateľom alebo konečným užívateľom na základe aplikácie špecifických národných pravidiel, bude považovaná za oprávnený výdavok tam, kde sú takéto pravidlá plne v súlade s šiestou smernicou Rady EC č. 77/388/EEC(1) k DPH,
3.	kde konečný prijímateľ alebo konečný užívateľ podlieha paušálnej („flat-rate“) schéme v zmysle hlavy XIV článku 24 smernice Rady 77/388/EEC, zaplatená DPH je považovaná za nárokovateľnú na vrátenie pre účely uvedené v bode 1.,
4.	spolufinancovanie ES nesmie presiahnuť celkové oprávnené výdavky okrem DPH, bez toho, aby boli dotknuté ustanovenia článku 29 ods. 6 nariadenia Rady 99/1260/ES.
Z uvedeného nariadenia vyplýva, v prípade, ak konečný prijímateľ je platiteľom DPH a DPH je nárokovateľná na vrátenie, nie je oprávneným výdavkom a nezahŕňa sa do základu pre výpočet pomeru spolufinancovania.

5.  Monitorovanie a elektronická výmena informácií 

Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov je vybudovanie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy, ktorý bude slúžiť na sledovanie stavu čerpania prostriedkov na úrovni jednotlivých štrukturálnych fondov, operačných programov, jednotných programových dokumentov, opatrení a projektov.

IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, monitorovania, finančného riadenia a bude spĺňať nasledovné požiadavky:

-	prepojenie s informačným systémom Štátnej pokladnice, Rozpočtovým informačným systémom a integrovaným informačným systémom účtovného, finančného a ekonomického riadenia prostriedkov EÚ fondov,
-	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismy ES a SR (a to najmä nariadenie Rady 99/1260/ES, nariadenie EK 2001/2001/438/ES a zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajovv informačných systémoch,
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra,
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach,
-	elektronickú výmenu údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.

Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy sa vybuduje v DataCentre, ktoré bude prevádzkovateľom celého systému a začlení sa do spoločnej komunikačno – technologickej infraštruktúry.

6. Kontrola a audit
V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnutých Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv.
Vykonávanie finančnej kontroly štrukturálnych fondov vychádza z legislatívy Slovenskej republiky a legislatívy ES. Zároveň zohľadňuje poznatky získané z prístupu jednotlivých členských štátov EÚ k riešeniu problematiky finančnej kontroly a doporučenia jednotlivých generálnych riaditeľstiev Európskej komisie.
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu
Kontrolu fyzickej realizácie projektu v súlade s čl. 4 nariadenia Rady 2001/438/ES uskutočňuje:

1.	konečný prijímateľ
Konečný prijímateľ je povinný pred prevodom prostriedkov dodávateľovi vykonať vecnú a formálnu kontrolu každého účtovného dokladu. 

2.	riadiaci orgán, resp. sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
V prípade, ak sa na realizácii projektu podieľa sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, je za výkon kontroly fyzickej realizácie projektu zodpovedný tento  sprostredkovateľský orgán. Riadiaci orgán sa musí presvedčiť, či sprostredkovateľský orgán tieto kontroly v potrebnom rozsahu vykonáva. 
Riadiaci orgán pre CSF vydá usmernenie týkajúce sa výkonu kontroly fyzickej realizácie projektov.

6.2 	Minimálna 5 % kontrola celkových oprávnených nákladov operačného programu, SPD alebo CIP
Za zabezpečenie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu, SPD alebo CIP pred ukončením pomoci zodpovedá sekcia kontrolná MF SR.  
Minimálnu 5 % kontrolu štrukturálnych fondov uskutočňuje sekcia kontrolná MF SR prostredníctvom kontrolných útvarov príslušných ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, a územne príslušných správ finančnej kontroly. 
Útvar vykonávajúci minimálnu 5 % kontrolu operácií a projektov musí byť organizačne oddelený od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky a výkonu platieb na platobnom orgáne. 
Vykonanie analýzy rizík a následný výber vzoriek zabezpečuje sekcia kontrolná MF SR pri zostavovaní plánu kontrol na príslušné obdobie a na základe informácií získaných aj od kontrolných útvarov príslušných ministerstiev a správ finančnej kontroly.
Minimálna 5 % kontrola vychádza z nasledovných zásad:
1.	kontrolný útvar je povinný dôkladne voliť techniky zhromažďovania údajov a vzoriek;
2.	pred minimálnou 5 % kontrolou operácií sa zvažuje najmä:
a)	počet a relatívna veľkosť položiek,
b)	význam položiek a inherentné riziko chyby v týchto položkách,
c)	relevantnosť a spoľahlivosť dokladov získaných alternatívnymi previerkami a postupy a relatívne náklady a časová náročnosť jednotlivých metód.
3.	kontrolovaná vzorka musí byť reprezentatívna;
4.	vzorka môže byť štatistická alebo neštatistická
a)	k štatistickému výberu vzoriek sa použijú metódy náhodného výberu a teória pravdepodobnosti,
b)	pri neštatistickom výbere vzoriek sa odporúča použitie metód náhodného výberu na zvýšenie pravdepodobnosti, že vzorka je pre daný okruh údajov reprezentatívna,
c)	pri neštatistickom výbere vzoriek je potrebné dôkladne zvážiť primeranosť základu pre vyvodenie záverov o hospodárení.
5.	výber vzoriek sa uskutočňuje v štyroch fázach:
a)	plánovanie vzoriek,
b)	výber položiek na testovanie,
c)	testovanie,
d)	vyhodnotenie výsledkov.
6.	všetky rozhodnutia v priebehu výberu vzoriek musia byť zdokumentované v súlade s podrobnými metodickými postupmi;
7.	uskutočnené kontroly vzoriek pred ukončením pomoci musia pokrývať minimálne      5 % celkových oprávnených výdavkov daného operačného programu alebo SPD, odporúča sa však hranica 7 – 10 %;
8.	pri minimálnej 5 % kontrole sa uplatňuje zásadne kombinácia rôznych druhov a veľkostí operácií a projektov pre zaistenie potrebnej reprezentatívnosti;
9.	minimálne 5 % kontroly zohľadňujú známe rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR alebo EU;
10.	minimálne 5 % kontroly berú do úvahy koncentráciu operácií u niektorých sprostredkovateľských orgánov alebo konečných prijímateľov tak, aby u hlavných sprostredkovateľských orgánov a konečných prijímateľov bola uskutočnená aspoň jedna kontrola pred ukončením pomoci;
11.	minimálne 5 % kontroly sa organizujú a koordinujú takým spôsobom, aby bolo zabezpečené rovnomerné rozloženie kontrol v celom období čerpaní prostriedkov. V tejto súvislosti spracuje sekcia kontrolná MF SR podrobný plán kontrol;
12.	každá kontrolovaná činnosť sa posudzuje z hľadiska:
a)	súladu s právnymi predpismi,
b)	vecnej správnosti,
c)	hospodárnosti,
d)	efektívnosti,
e)	účinnosti.
13.	minimálne 5 % kontroly slúžia na overenie:
a)	uplatnenia a účinnosti riadiacich a kontrolných systémov,
b)	súladu dostatočného množstva účtovných záznamov s pripojenými dokumentmi uschovávanými u sprostredkovateľských orgánov, konečných prijímateľov a u ďalších subjektov alebo firiem, kde sa operácia realizuje,
c)	existencie vyhovujúcej podpornej dokumentácie pre audit so zameraním na finančné toky (audit trail),
d)	či povaha a termíny realizácie pri dostatočnom množstve výdavkových položiek vyhovujú ustanoveniam ES a zodpovedajú schváleným ukazovateľom operácie alebo projektu a skutočne vykonaným prácam a činnostiam,
e)	či skutočné využitie alebo plánované využitie operácie je v súlade s popisom využitia uvedeným v žiadosti o spolufinancovaní ES,
f)	či sú finančné príspevky ES v rámci limitov stanovených článkom 29 nariadenia Rady č. 99/1260/ES a či sa preplácajú konečným prijímateľom bez akýchkoľvek zrážok alebo neodôvodnených omeškaní,
g)	či bolo skutočne poskytnuté príslušné národné spolufinancovanie,
h)	či spolufinancované operácie a projekty sú realizované v súlade s pravidlami a politikami ES.
14.	pri kontrole a vypracovávaní správ o kontrolných zisteniach sa postupuje podľa základných pravidiel následnej finančnej kontroly obsiahnutých v zákone č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
15.	správy o vykonávaných kontrolách vzoriek sa uschovávajú najmenej 10 rokov po prevedení záverečnej platby Európskou komisiou;
16.	organizovanie kontrol vzoriek zabezpečuje sekcia kontrolná MF SR, ktorá  zodpovedá za organizovanie, riadenie a zaistenie primeranosti a účinnosti kontroly;
17.	kontrolné orgány vykonávajúce minimálne 5 % kontroly spolupracujú v prípade vyžiadania s kontrolnými orgánmi EK, s orgánmi Európskeho účtovného dvora alebo inými určenými zmocnencami, ak tak stanoví vyhlásená medzinárodná zmluva, ktorou je SR viazaná. V rámci spolupráce sú povinné poskytovať informácie o predmete, účele a výsledku kontrol;
18.	správy o vykonaných kontrolách musia obsahovať úplný popis kontrolných zistení, označenie všeobecne záväzných právnych predpisov, ktoré boli porušené, dokladov a písomností preukazujúcich správnosť kontrolných zistení. Ak zistené nedostatky sú systémovej povahy a predstavujú tak riziko pre ďalšie operácie realizované rovnakým konečným prijímateľom alebo spravované rovnakým sprostredkovateľským orgánom, sú kontrolné orgány povinné uložiť kontrolovanému subjektu prijať opatrenia na nápravu nedostatkov a odstrániť príčiny ich vzniku. Kontrolné útvary sú povinné oznámiť podozrenie z trestnej činnosti orgánom činným v trestnom konaní a iné skutočnosti orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.
Podrobnosti k vykonávaniu minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov sú obsiahnuté v Postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, ktoré vypracovalo MF SR.
6.3 	Následná finančná kontrola
Za vykonávanie následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami EÚ (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov) sú okrem tých, ktoré vykonávajú minimálnu 5 % kontrolu celkových oprávnených výdavkov na príslušné programové dokumenty, kompetentné kontrolné orgány, ktorým kontrolná pôsobnosť vyplýva z osobitných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv. 
Následnú finančnú kontrolu prostriedkov ES (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov), ktorá sa nezapočítava do minimálnej 5 % kontroly  celkových oprávnených výdavkov na príslušné programové dokumenty, na financovanie projektov na základe medzinárodných môžu vykonávať:
-	Najvyšší kontrolný úrad SR,
-	kontrolné orgány EÚ.
Následnou finančnou kontrolou sa overuje:
-	objektívny stav kontrolovaných skutočností a ich súlad so všeobecne záväznými právnymi predpismi a vnútornými aktmi riadenia so zameraním na dodržiavanie hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri hospodárení s verejnými prostriedkami,
-	vykonanie predbežnej finančnej kontroly, ktorou sa overuje každá pripravovaná finančná operácia,
-	vykonanie priebežnej finančnej kontroly, ktorou sa overujú finančné operácie vybrané príslušným vedúcim zamestnancom,
-	splnenie opatrení prijatých na nápravu nedostatkov zistených finančnou kontrolou a odstránenie príčin ich vzniku.
6.4 	Kontrola poskytovania štátnej pomoci
Úrad pre štátnu pomoc je v súlade so zákonom č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov oprávnený u poskytovateľa štátnej pomoci (príslušného ministerstva ako riadiaceho orgánu, resp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom) kontrolovať poskytnutie štátnej pomoci. Na tento účel je úrad oprávnený overiť si potrebné skutočnosti aj u konečného užívateľa (príjemcu štátnej pomoci). 
Ak Úrad pre štátnu pomoc zistí, že štátna pomoc sa poskytuje v rozpore so zákonom alebo inými všeobecne záväznými právnymi predpismi vzťahujúcimi sa na štátnu pomoc, oznámi túto skutočnosť poskytovateľovi štátnej pomoci (príslušnému ministerstvu ako riadiacemu orgánu, resp. sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom), ktorý je povinný okamžite pozastaviť ďalšie vyplácanie poskytovania štátnej pomoci. 
Rozhodnutie o tom, že štátna pomoc sa poskytla neoprávnene, vydáva Úrad pre štátnu pomoc. Na toto rozhodovanie sa vzťahujú všeobecné predpisy o správnom konaní. V rozhodnutí úrad rozhodne aj o vrátení neoprávnene poskytnutej štátnej pomoci a o zaplatení penále. Vrátenie neoprávnene poskytnutej štátnej pomoci vymáha poskytovateľ (príslušné ministerstvo ako riadiaci orgán, resp. sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom) 
Za neoprávnene poskytnutú štátnu pomoc sa považuje tá, ktorá bola poskytnutá pre schválením jej poskytnutia Úradom pre štátnu pomoc alebo poskytnutá napriek jej neschváleniu.

6.5 	Ukončenie pomoci zo štrukturálnych fondov
Vystavenie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov je nutnou podmienkou pre zaslanie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Toto prehlásenie sa vystavuje pri ukončení programového obdobia.
Vystavovanie prehlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním tohto prehlásenia realizuje svoju činnosť v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardmi;
2.	riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány poskytujú orgánu vydávajúcemu prehlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci;
3.	prehlásenie je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby;
4.	orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny a príslušné transakcie sú zákonné a správne;
5.	súčasťou prehlásenia je správa obsahujúca všetky odpovedajúce údaje, z ktorých prehlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým má orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci prístup;
6.	v prípade existencie závažných nedostatkov v riadení alebo kontrole alebo značný výskyt zistených nezrovnalostí neumožnia poskytnúť celkovú záruku platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného overenia výdavkov, v prehlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
7.	v prípade, že existujú vážne prekážky pre vypracovaní prehlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho prehlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení;
8.	ak je následne EK prehlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.
Podrobnosti k vykonávaniu prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov budú rozpracované v manuáli Najvyššieho kontrolného úradu do konca decembra 2003.

6.6   Audit
Nakoľko zapojenie do riadenia štrukturálnych fondov zahŕňa veľké množstvo subjektov, výkon auditu môžu zabezpečovať viaceré orgány, ktoré zahrňujú:
-	Európsky dvor audítorov (externý audit Európskej komisie)
-	audit príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie
-	súkromné audítorské firmy
-	útvary vnútorného auditu príslušných ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky
Európsky dvor audítorov je nezávislou inštitúciou, ktorej úlohou je podporovať Európsky parlament a Radu Európskej únie pri vykonávaní ich právomocí v oblasti kontroly realizácie rozpočtu. V rámci svojej činnosti dvor vo vzťahu k štrukturálnym fondom vykonáva systémový a finančný audit v inštitúciách Európskej komisie, ako aj v členských štátoch na orgánoch zodpovedných za realizáciu pomoci z ES.  
K najdôležitejším úlohám Európskeho dvoru audítorov patrí preverenie:
a)	účtov všetkých príjmov a výdavkov ES;
b)	či výdavky boli prijaté a realizované zákonným spôsobom;
c)	či finančné riadenie je správne.
Každé z generálnych riaditeľstiev Európskej komisie zodpovedné za riadenie štrukturálnych fondov má zriadený útvar auditu. Hlavným cieľom auditov realizovaných útvarmi auditu generálnych riaditeľstiev Európskej komisie je určiť:
a)	do akej miery má členský štát vytvoriť vhodné riadiace a kontrolné systémy a do akej miery tieto systémy spĺňajú požiadavky na správnosť a zákonnosť operácií;
b)	správnosť deklarovaných výdavkov Európskej komisii;
c)	výšku neoprávnených výdavkov v prípadoch, keď sa dokázalo, že riadiace a kontrolné systému členského štátu sú nevhodné
Za účelom vykonania externého auditu môže ktorýkoľvek subjekt zúčastňujúci sa finančného riadeniaštrukturálnych fondov, vrátane konečného prijímateľa, kontrahovať súkromnú audítorskú firmu. Externý audit týchto subjektov môže vykonať súkromná audítorská firma zo SR alebo zo zahraničia. 
Vnútorný audit v podmienkach SR v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov vykonávajú útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky.
Vnútorným auditom sa hodnotí: 
a)	systém vedenia účtovníctva a jeho organizačné zabezpečenie;
b)	či dodržiavanie predpisov ES sa kontroluje predtým, ako je schválená príslušná platba konečnému prijímateľovi;
c)	či údaje v účtovnej závierke auditovaného subjektu zodpovedajú skutočnému stavu majetku a záväzkov, zdrojov financovania a hospodárenia s majetkom;
d)	dodržiavanie rozpočtu auditovaného subjektu;
e)	dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov pri finančnom riadení a iných činnostiach auditovaného subjektu a úroveň vykonávania finančného riadenia auditovaného subjektu;
f)	miera hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri využívaní materiálnych, finančných a ľudských zdrojov v rámci plnenia úloh auditovaného subjektu;
g)	či postupy finančného riadenia auditovaného subjektu sú efektívne a účinné pri odhaľovaní a náprave nedostatkov v jeho činnosti;
h)	súlad finančných operácií so všeobecne záväznými právnymi predpismi, vnútornými aktmi riadenia a dodržiavanie hospodárnosti, efektívností a účinnosti pri ich vykonávaní;
i)	metodické postupy auditovaného subjektu a ich dodržiavanie;
j)	systém organizácie a riadenia činnosti všetkých realizačných štruktúr programu a ich informačné a účtovné systémy;
k)	či sú riadne vedené dokumenty týkajúce sa vykonaných administratívnych a fyzických kontrol;
l)	či je zabezpečené vykonávanie finančných kontrol v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z.  o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
m)	správnosť spôsobu a metódy vykonávania finančných kontrol;
n)	účinnosť systému technickej a finančnej kontroly;
o)	primeranosť softvérového vybavenia auditovaného subjektu a stupeň jeho zabezpečenia;
p)	primeranosť a úplnosť informácií, ktoré informačný systém auditovaného subjektu obsahuje vzhľadom na povahu a rozsah jeho činností;
q)	uschovávanie a zabezpečenie dokumentácie vedenej auditovaným subjektom.    
Prehľady zistení v podobe ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a o výsledku finančných kontrol budú sprístupnené Európskej komisii.
Podrobnosti k vykonávaniu vnútorného auditu sú obsiahnuté v Príručke pre vykonávanie vnútorného auditu vypracovanej MF SR.
Auditovaný subjekt, v prípade, že ide o riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, alebo platobnú jednotku,  predkladá správy o výsledku vnútorného auditu a správy o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom EK platobnému orgánu.  

Obsah

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky........................	1	
2. Základné definície a pojmy..............................................................................	2	
3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov  
    a ich zodpovednosti..........................................................................................	
7	
	3.1  Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom..	7	
	3.1.1 Rámec podpory Spoločenstva..........................................................	11	
	3.1.2 Sektorový operačný program Priemysel a služby............................	12	
	3.1.3 Operačný program Základná infraštruktúra ..................................	14	
	3.1.4 Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	16	
	3.1.5 Sektorový operačný program Ľudské zdroje....................................	18	
	3.1.6 Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 2............	20	
	3.1.7 Jednotný programový dokument NUTS II Cieľ 3.............................	22	
	3.1.8 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA.........................................	24	
	3.1.8.1 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika..............................................................................................	
24	
	3.1.8.2 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika...............................................................................................	
25	
	3.1.8.3 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika – Ukrajina..............................................................................	
27	
	3.1.8.4 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika..............................................................................................	
28	
	3.1.9  Program Iniciatívy ES INTERREG IIIB CADSES...........................	29	
	3.1.10 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIC Východná zóna...............	30	
	3.1.11 Program Iniciatívy ES EQUAL......................................................	32	
	3.2  Platobný orgán..........................................................................................	33	
	3.3  Platobné jednotky......................................................................................	34	
	3.4  Monitorovacie výbory...............................................................................	36	
	3.5  Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych       fondov..............................................................................................................	
37	
	3.6 Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR ......................................................................................................	
37	
	3.7  Sekcia kontrolná Ministerstva financií SR................................................	38	
	3.8  Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov.....................................	
38	
	3.9  Správy finančnej kontroly.........................................................................	39	
	3.10 Centrálny kontaktný orgán OLAF pre SR ..............................................	40	
	3.11 Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov.........................	
40	
	3.12 Úrad pre štátnu pomoc ............................................................................	41	
4. Financovanie zo štrukturálnych fondov...........................................................	41	
	4.1  Podpora zo štrukturálnych fondov ...........................................................	41	
	4.2  Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov.......	42	
	4.3  Finančné plánovanie vo vzťahu k štátnej pokladnici................................	43	
	4.4  Programové rozpočtovanie........................................................................	44	
	4.5  Záväzky a platby z ES...............................................................................	46	
	4.5.1 Záväzky a platby vo vzťahu k Európskej komisii.............................	46	
	4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán – platobná jednotka....................	49	
	4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka – konečný prijímateľ...............	49	
	4.6  Systém účtov.............................................................................................	50	
	4.7  Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky...........................................................................................................	
53	
	4.8  Certifikácia................................................................................................	69	
	4.9  Nezrovnalosti.............................................................................................	71	
	4.9.1 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov...................................	72	
	4.9.2 Správy o nezrovnalostiach.................................................................	73	
	4.10 Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia .....................................	73	
	4.11 Používanie mien a kurzové rozdiely.........................................................	76	
	4.12 Daň z pridanej hodnoty............................................................................	76	
5. Monitorovanie a elektronická výmena informácií...........................................	77	
6. Kontrola a vnútorný audit................................................................................	77	
          	6.1 Kontrola fyzickej realizácie projektu.........................................................	78	
          	6.2 Minimálna 5 % kontrola celkových oprávnených nákladov operačného programu, SPD alebo CIP................................................................................	
78	
          	6.3 Následná finančná kontrola........................................................................	81	
          	6.4 Kontrola poskytovania štátnej pomoci.......................................................	81	
          	6.5 Ukončenie pomoci zo štrukturálnych fondov.............................................	82	
          	6.6 Audit...........................................................................................................	82