Systém finančného riadenia           štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu              na programové obdobie 2007 - 2013
1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003 

b)	Základné právne predpisy ES
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie  Rady  (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie Rady (ES) č. 1260/99
•	Návrh nariadenia Európskej komisie č. (ES) .../... ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. .../..., ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/96 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce fondy 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1783/1999
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 o Európskom sociálnom fonde, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1784/1999
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1084/2006, ktorým sa zriaďuje Kohézny fond a zrušuje nariadenie č. 1164/1994 
 
c)	Základné právne predpisy SR
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 583/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách územnej samosprávy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 611/2005 Z. z.
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z.
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol v znení vyhlášky Ministerstva financií SR č. 738/2004 Z. z., ktorou sa mení a dopĺňa vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 286/2002 Z. z ktorou sa ustanovujú podrobnosti o obsahu ročnej  správy o činnosti vnútorného audítora a o vykonávaní vnútorného auditu
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006  Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov

2. Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa rozumie: 
a)	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Centrálny koordinačný orgán – hlavný orgán zodpovedný za účinné riadenie a čerpanie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu s cieľom zabezpečiť koordináciu procesov riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v Slovenskej republike. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy centrálneho koordinačného orgánu Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
c)	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti  výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
d)	Certifikačný orgán - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikovania výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii (ďalej len „EK“). V podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb. Úlohy certifikačného orgánu plní Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
e)	Cieľ Konvergencia (ďalej len „cieľ 1) - cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov  a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25. 
f)	Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť (ďalej len „cieľ 2“) - cieľ ES umožňujúci podporu regiónov z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny s výnimkou najmenej rozvinutých regiónov.  
g)	Cieľ Európska územná spolupráca (ďalej len „cieľ 3“) - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja zameranú na cezhraničnú, nadnárodnú a  medziregionálnu spoluprácu.
h)	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. 
i)	Dohoda o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnou jednotkou - správna dohoda uzavretá medzi certifikačným orgánom a platobnou jednotkou, ktorá definuje úlohy a zodpovednosti certifikačného orgánu a platobnej jednotky pri finančnom riadení, správe a kontrole prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie a stanovuje zásady spolupráce pri plnení týchto úloh.
j)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie a územnej spolupráce.
k)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
l)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) - inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nesprávnym aktivitám, vrátane zneužitia úradnej moci v rámci inštitúcií EÚ. 
m)	Finančné inžinierstvo (inovatívne finančné nástroje) - aktivity definované čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorými sa môže prispievať predovšetkým na podporu malých a stredných podnikateľov, ako sú napr. fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, a na fondy mestského rozvoja, ako sú napr. investície do verejno-súkromných partnerstiev a iných projektov vrátane integrovaného plánu pre udržateľný mestský rozvoj. 
n)	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém, spravovaný a vyvíjaný centrálnym koordinačným orgánom v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným  orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečí evidenciu údajov o NSRR, všetkých operačných programoch, projektoch, overeniach, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 EK, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s Informačným systémom účtovníctva fondov (ISUF).
o)	Kohézny fond - finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HND na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za roky 2001 – 2003 je menšia ako 90 % priemeru EÚ 25. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
p)	Konečný užívateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej prijímateľ realizujúci národný projekt financovaný zo štrukturálnych fondov poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe podmienok určených zmluvou.
q)	Memorandum o porozumení pre operačné programy cieľa 3 - medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé operačné programy cieľa 3 zamerané na cezhraničnú spoluprácu, ktorá podrobne stanovuje úlohy, právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. 
r)	Monitorovací výbor pre operačný program - orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe a schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na základe vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť monitorovacieho výboru sa zasadnutí monitorovacieho výboru môže zúčastniť aj zástupca EK v pozícii poradcu. Zasadnutí výboru sa v pozícii poradcu môže zúčastniť aj zástupca EIB a Európskeho investičného fondu v prípade, ak tieto inštitúcie prispievajú na operačný program. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
s)	Národný monitorovací výbor - orgán zriadený centrálnym koordinačným orgánom po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených NSRR. Je zložený zo zástupcov jednotlivých riadiacich orgánov, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca centrálneho koordinačného orgánu.
t)	Národný projekt - osobitný typ projektu financovaný z ESF, ktorý realizuje vybraný prijímateľ za účelom dosiahnutia cieľov v oblasti aktívnej politiky zamestnanosti a vzdelávania. V prípade ERDF sa pod národným projektom rozumie osobitný typ projektu realizovaný vybraným prijímateľom, ktorého cieľom je podpora rozvoja znalostnej ekonomiky so špeciálnym zreteľom na posilnenie výskumno-vývojových aktivít celoslovenského významu, resp. významu pre rozvoj prislusneho regionu.
u)	Národný strategický referenčný rámec (ďalej len „NSRR“) - programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v nariadení Rady (ES) č. 1083/2006 a priority pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov. Tvorí referenčný nástroj na prípravu programovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre ciele 1 a 2, prípadne aj pre cieľ 3, ak sa tak členský štát rozhodne. V podmienkach SR sa NSRR vzťahuje na cieľ  1 a 2.
v)	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkoua.
w)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná prioritná os operačného programu tvorený skupinami tematicky príbuzných aktivít a ktorý umožňuje financovanie projektov. 
x)	Operácia (aktivita) - projekt alebo súbor projektov vybraných riadiacim orgánom príslušného operačného programu, alebo na jeho zodpovednosť podľa kritérií ustanovených monitorovacím výborom a ktorého vykonávanie jedným alebo viacerými prijímateľmi, ktorý umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, na ktoré sa vzťahuje.
y)	Operačný program - dokument predložený členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý určuje stratégiu rozvoja pomocou jednotného súboru priorít, ktorá sa má realizovať s pomocou fondu alebo v prípade cieľa 1 z Kohézneho fondu a ERDF. 
z)	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov a výdavkov prijímateľa, a ktoré boli vynaložené v rámci operácií vybraných na podporu v rámci operačných programov v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1083/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 a nariadením Rady (ES) č. 1084/2006. Oprávnené výdavky pre projekty generujúce príjem upravuje čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V podmienkach SR za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá Centrálny koordinačný orgán.
aa)	Orgán auditu - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu určený členským štátom pre každý operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu Ministerstvo financií SR.
bb)	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov zo štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou prijímateľovi. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
cc)	Pomoc „de minimis“ - pomoc, ktorá u podnikateľa neprekročí súhrnne v prepočte 100 000 EUR v priebehu troch po sebe nasledujúcich kalendárnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom spoločenstva o poskytnutí pomoci „de minimis“.
dd)	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu prijímateľovi z verejnej správy a prijímateľovi – súkromnej základnej a strednej škole (vrátane cirkevnej), formou zálohovej platby pre projekty financované z ESF, resp. pre všetky projekty zo všetkých fondov, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia, do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní prijímateľa o začatí realizácie.
ee)	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi z verejnej správy (okrem štátnych rozpočtových organizácií) a prijímateľovi – súkromnej základnej a strednej škole (vrátane cirkevnej) pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu, a prijímateľovi – mimovládnej organizácii pri projektoch financovaných z ERDF a ESF, z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje ERDF, Kohézneho fondu, ESF a spolufinancovania štátneho rozpočtu na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi v lehote splatnosti na základe predloženia neuhradených účtovných dokladov vystavených dodávateľom. 
ff)	Prehlásenie o overení - dokument vyplnený riadiacim orgánom/ sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované prijímateľom sú oprávnené.
gg)	Prijímateľ (Beneficiary) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie  projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu. 
hh)	Prioritná os - jedna z priorít stratégie v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich operácií (aktivít) s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
ii)	Programový manuál - dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre každý operačný program cieľa 1 a cieľa 2, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
jj)	Riadiaci orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. Riadiaci orgán je menovaný pre každý operačný program. V podmienkach SR určuje jednotlivé riadiace orgány vláda SR. 
kk)	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci “de minimis“ - dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na základe ktorých môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc „de minimis“ jednotlivým prijímateľom.
ll)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí certifikačného orgánu na sprostredkovateľský orgán pod certifikačným orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
mm)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
nn)	Sprostredkovateľský orgán pod certifikačným orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti certifikačného orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene certifikačného orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod certifikačným orgánom je v kompetencii certifikačného orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia o delegovaní právomocí.
oo)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti riadiaceho orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia o delegovaní právomocí. 
pp)	Strategické usmernenia Spoločenstva o Kohézii (Community Strategic Guidelines on Cohesion - ďalej len „CSG“) – strategický dokument na úrovni ES schválený Radou EÚ, ktorý pri zohľadnení ostatných príslušných politík ES vymedzuje rámec pre používanie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre každý z cieľov.
qq)	Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu - komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, prostredníctvom ktorých sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov a overovanie pri realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov  a Kohézneho fondu. 
rr)	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
ss)	Štátna pomoc - akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Spoločenstva.
tt)	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky ES využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja a Európsky sociálny fond.
uu)	Účtovný doklad - doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí prijímateľa o platbu a žiadostí prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje prehlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné  prehlásenie v znení „Ďalej prehlasujem, že originály dokumentácie tejto platby, definované na priloženom zozname, sú v držbe tohto subjektu, náležite opečiatkované, podpísané, prístupné na konzultovanie pre účely kontroly a sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve prijímateľa v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
vv)	Vedúci partner (Lead Partner) - organizácia, vystupujúca v mene projektového partnerstva pri operačnom programe cieľa 3.
ww)	Veľký projekt – projekt financovaný z ERDF alebo Kohézneho fondu definovaný v čl. 39 nariadenia Rady č. 2006/1083/ES, ktorého celkové náklady presahujú 25 mil. EUR v sektore životného prostredia a 50 mil. EUR v ostatných sektoroch. Schválenie veľkého projektu si vyžaduje samostatné rozhodnutie Európskej komisie.
xx)	Vlastné zdroje prijímateľa - finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja štátneho rozpočtu), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby. 
yy)	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn oprávnených výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
zz)	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku - podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu uzatvorená medzi riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
aaa)	Žiadosť o platbu - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a povinných príloh, na základe ktorého sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky štrukturálnych fondov/Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere.

3. Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	centrálny koordinačný orgán,
-	riadiace orgány, 
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	certifikačný orgán,
-	sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom (v prípade ich zriadenia),
-	platobné jednotky,
-	monitorovacie výbory.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	orgán auditu,
-	Centrálna harmonizačná jednotka,
-	centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu. 
3.1 	Centrálny koordinačný orgán
Funkcie centrálneho koordinačného orgánu  vykonáva pre všetky operačné programy Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
Centrálny koordinačný orgán vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
•	vypracovanie NSRR;
•	negociovanie s Európskou komisiou o NSRR;
•	koordináciu implementácie NSRR a ostatných operačných programov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu; 
•	vydávanie usmernení pre oblasť programovania, monitorovania a hodnotenia;
•	stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov;
•	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi pre oblasť programovania, monitorovania a hodnotenia;
•	vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond;
•	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR, na schválenie vláde SR a na schválenie Národnému monitorovaciemu výboru;
•	vypracovanie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný ministrom výstavby a regionálneho rozvoja, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim.  
3.2 	Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
Rozhodnutie o zriadení príslušných riadiacich a sprostredkovateľských orgánov vydáva vláda SR v nadväznosti na rozhodnutie o štruktúre operačných programov pre jednotlivé ciele. Každý riadiaci orgán  môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené splnomocnením o delegovaní právomocí, ktoré riadiaci orgán poskytne certifikačnému orgánu na informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje certifikačný orgán o dodatkoch k splnomocneniu o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektmi, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Jednotlivé riadiace orgány vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
•	vypracovanie operačného programu, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie programového manuálu k operačnému programu;
•	v relevantných prípadoch vypracovanie schém štátnej pomoci a schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu a orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie výročnej správy o implementácii pomoci certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 67 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
•	v relevantných prípadoch uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jeho predloženie certifikačnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	v relevantných prípadoch kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
•	právomoc detailnejšej úpravy pravidiel finančného riadenia vo vzťah k prijímateľom v súlade s týmto materiálom; 
•	prijímanie a schvaľovanie projektov prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	overovanie žiadosti prijímateľa o platbu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../..., súčasťou ktorého je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
-	administratívne overenie, 
-	overenie na mieste podľa potreby;
•	v rámci administratívneho overenia žiadosti prijímateľa o platbu:
-	formálne overenie, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecné overenie, ktoré zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematické overenie výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (overenie položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, overenie na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES  týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci overenia na mieste overenie najmä:
-	dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o ERDF, ESF a Kohéznom fonde;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	overenie na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../..., pri ktorom sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti prijímateľa o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu a ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu k    31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do             10. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných finančných kontrol riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných subjektami, okrem tých, ktoré vykonávajú kontrolu vzoriek operácií, certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a odstránenie príčin ich vzniku prijatých na základe následných finančných kontrol a systémových auditov vykonaných na riadiacom orgáne/sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia a splnenia;
•	informovanie certifikačného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov certifikačnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení certifikačného orgánu k finančnému riadeniu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	v relevantných prípadoch uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby prijímateľovi. 
3.3 	Certifikačný orgán a sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom
Funkcie certifikačného orgánu  vykonáva pre všetky operačné programy sekcia európskych záležitostí Ministerstva financií SR. 
Rozhodnutie o zriadení príslušných sprostredkovateľských orgánov pod certifikačným orgánom vydáva vláda SR v nadväznosti na návrh certifikačného orgánu. Certifikačný orgán môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom, ale celkovú zodpovednosť za certifikáciu nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené splnomocnením o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektmi, ktoré majú právnu subjektivitu. Predmetom splnomocnenia bude aj popis aktivít, ktoré realizuje sprostredkovateľský orgán pod certifikačným orgánom v mene certifikačného orgánu v rozsahu kompetencií certifikačného orgánu uvedených v tomto materiáli.  Sprostredkovateľský orgán pod certifikačným orgánom v rámci príslušného ministerstva musí byť organizačne oddelený tak, aby bola zabezpečená funkčná nezávislosť od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky. 
Certifikačný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu certifikačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
•	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
•	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom v oblasti finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
•	koordináciu a metodické usmerňovanie sprostredkovateľských orgánov pod certifikačným orgánom;
•	uzatvorenie dohody o spolupráci s platobnými jednotkami;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod certifikačným orgánom;
•	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
•	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
•	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach poradných výborov Európskej komisie - Výboru pre koordináciu fondov a Výboru podľa článku 147 Zmluvy v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
•	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacích výborov v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
•	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 a ich predkladanie ministrovi financií, príp. vláde SR na schválenie; 
•	poskytovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dopad;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii pre všetky operačné programy;
•	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	overenie súhrnnej žiadosti o platbu, súčasťou ktorého je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
-	administratívne overenie:
o	formálne overenie, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
o	vecné overenie, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
•	certifikačné overenie na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
-	boli vykonané overenia dodania spolufinacovaných tovarov, služieb a prác,
-	realizované výdavky sú reálne, 
-	sa postupovalo v súlade s právnymi predpismi ES a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
-	existuje podporná dokumentácia, 
-	sa uchováva a dodržiava audit trail.
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí na každej z certifikovaných úrovní okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt, vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti a informovanie Centrálneho kontaktného útvaru pre OLAF v SR, resp. aj orgánu auditu v prípade, že certifikačný orgán požiada orgán auditu o vykonanie následnej finančnej kontroly.
•	certifikáciu výkazu výdavkov Európskej komisii;
•	zostavenie a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii na základe  čiastkových výkazov výdavkov a mesačných zoznamov vykonaných platieb predložených platobnými jednotkami a overenia vybraných prehlásení o overení vypracovaných riadiacimi orgánmi alebo sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	zriadenie osobitných mimorozpočtových účtov pre prostriedky EÚ v Štátnej pokladnici za každý operačný program;
•	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty MF SR;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na účet príslušného ministerstva ako platobnej jednotky na základe súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
•	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov/sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom každý rok do konca apríla;
•	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
•	zriadenie mimorozpočtových účtov v Štátnej pokladnici slúžiacich na vyrovnávanie kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov;
•	vedenie knihy dlžníkov;
•	zostavenie a predloženie EK do 31. marca výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré majú byť vrátené, v členení podľa rokov začatia konania;  
•	koordináciu finančných tokov v oblasti nezrovnalostí;
•	finančné opravy prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na základe požiadaviek Európskej komisie;
•	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov za nezrovnalosti;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	vypracovanie a predkladanie Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť) a správ o zistených nezrovnalostiach;
•	spracovanie relevantných častí výročných správ o implementácii týkajúcich sa čerpanie prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre certifikačný orgán a platobné jednotky vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky (Informačného systému pre účtovanie fondov - ISUF);
•	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom odboru integrovanej podpory MF SR;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	sledovanie, či riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity a kontroly týchto orgánov;
•	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa.
V rámci cieľa 3 plní Ministerstvo financií SR funkciu certifikačného orgánu pre program cezhraničnej spolupráce SR - Česká republika. V prípade ostatných programov cezhraničnej, nadnárodnej a medziregionálnej spolupráce vystupuje ako certifikačný orgán partnerský štát. 

3.4	 Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu prijímateľovi. 
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva/agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu a orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
•	rozpočtovanie prostriedkov štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
•	predbežnú finančnú kontrolu žiadostí o platbu, ktorá zahŕňa formálne overenie dokumentov predložených riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, overenie súladu žiadostí s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritnú os a opatrenie;
•	prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie  prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;  
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov certifikačnému orgánu podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnou jednotkou;
•	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
•	predkladanie zoznamu vykonaných platieb certifikačnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 13a a 13b) za príslušný mesiac najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu na certifikačný orgán aj v prípade, že za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby; 
•	predkladanie zoznamu vrátených prostriedkov od prijímateľov certifikačnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 13c) najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca; 
•	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 15) certifikačnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných finančných kontrol platobnej jednotky vykonaných subjektami, okrem tých, ktoré vykonávajú kontrolu vzoriek operácií, certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a odstránenie príčin ich vzniku prijatých na základe následných finančných kontrol a systémových auditov vykonaných na platobnej jednotke a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia  a splnenia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby prijímateľovi. 

3.5 Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre každý operačný program najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia EK o schválení operačného programu. 
Monitorovacie výbory pre operačné programy sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu  zodpovedné za nasledovné úlohy:
•	prerokovanie a schvaľovanie kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po rozhodnutí EK o schválení operačného programu, ako aj schvaľovanie zmien týchto kritérií;
•	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov operačného programu na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom;
•	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, najmä dosiahnutia cieľov stanovených pre každú prioritnú os a v rámci priebežného hodnotenia;
•	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečných správ o implementácii, ktoré sú predložené Európskej komisii;
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami;
•	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania operačného programu.
V podmienkach SR sa zároveň zriaďuje Národný monitorovací výbor pre NSRR, ktorého zodpovednosťou je z pohľadu finančného riadenia predovšetkým schvaľovanie zmien v NSRR spadajúcich do jeho právomocí vrátane presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1, resp. cieľa 2.
3.6 Orgán auditu
V súlade s čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je členský štát povinný pre každý operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán, ako aj orgány zapojené do systému auditu operačných programov musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského pod riadiacim orgánom, certifikačného orgánu, sprostredkovateľského orgánu po certifikačným orgánom a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa vrámci výkonu auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR - odbor finančnej kontroly prostriedkov EÚ pre všetky operačné programy. 
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
•	zabezpečenie, aby sa overovania vykonávali s cieľom overiť účinnosť fungovania systému riadenia a kontroly operačného programu;
•	zabezpečenie, aby sa overovania operácií vykonávali na vhodnej vzorke, aby sa overili vykázané výdavky;
•	predloženie Európskej komisii stratégie auditu do deviatich mesiacov od schválenia operačného programu, ktorá sa zaoberá subjektmi vykonávajúcimi kontroly a audity uvedené v predchádzajúcich dvoch odsekoch, použitou metódou, metódou výberu vzorky na kontroly operácií a orientačným plánom kontrol a auditov s cieľom zabezpečiť, aby sa kontrole a auditu podrobili hlavné subjekty, a aby boli audity počas celého programového obdobia rozvrhnuté rovnomerne.
V SR  sa uplatňuje spoločný systém pre viaceré operačné programy, preto orgán auditu predkladá jednu stratégiu auditu.
•	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
-	predloženie Európskej komisii výročnej kontrolnej správy, ktorá obsahuje zistenia auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12-mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku, v súlade so stratégiou auditu operačného programu a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej kontrolnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene e);
-	na základe kontrol a auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú EK, sú správne, a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
-	predloženie v prípadoch stanovených v článku 88 všeobecného nariadenia, vyhlásenia o čiastočnom ukončení, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
•	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
•	spoluprácu s Centrálnym kontraktným útvarom OLAF pre SR v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov ES;
•	informovanie certifikačného orgánu o kontrolách vzoriek operácií;
•	informovanie certifikačného orgánu o kontrolných zisteniach a identifikovaných nezrovnalostiach z vykonaných vzorkových kontrol vrátane kontrol.
Orgán auditu má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných  v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu. 
Subjekty zapojené do procesu implementácie,  finančnej kontroly a auditu sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie audit a predkladať výsledné materiály z vykonaných kontrol a auditov.
Sekcia verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR je zároveň odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správ finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými  kontrolnými orgánmi.
Sekcia verejnej vnútornej finančnej kontroly zasiela vydané rozhodnutia v správnom konaní vrátane rozhodnutí správ finančnej kontroly certifikačnému orgánu za prostriedky operačných programov.
3.7 Centrálna harmonizačná jednotka 
Funkcie Centrálnej harmonizačnej jednotky plní odbor metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu v rámci sekcie verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR. 
Centrálna harmonizačná jednotka zabezpečuje predovšetkým:
•	prípravu a harmonizáciu legislatívy v oblasti finančnej kontroly a vnútorného auditu vo väzbe na legislatívu EÚ;
•	vypracovanie metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu v súlade s medzinárodne uznávanými štandardmi a skúsenosťami z praxe;
•	vykonávanie metodického dohľadu a metodické usmerňovanie a harmonizovanie vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu.
3.8 Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR 
Funkcie Centrálneho kontaktného útvaru OLAF pre SR plní sekcia kontroly Úradu vlády SR. 
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
•	rozhodovanie o kontrolných zisteniach ako o nezrovnalostiach na národnej úrovni;
•	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od certifikačného orgánu a jej predkladanie OLAF-u pri Európskej komisii prostredníctvom Informačného systému AFIS (Anti Fraud Information System). Túto správu zasiela v kópii na certifikačný orgán.

4. Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 	Podpora zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov v rámci cieľa 1 a 2 má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy ES. V zmysle uznesenia vlády SR      č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:
Tabuľka č. 1:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky ES

Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	Trnavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj	
	Stredné Slovensko 	Žilinský samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj	
	Východné Slovensko	Prešovský samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj	
2	Bratislavský kraj	Bratislavský samosprávny kraj	
Možnosť získať prostriedky z Kohézneho fondu ma celý región NUTS I, tzn. celé územie Slovenskej republiky.
Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu realizované v rámci operačných programov na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou, s výnimkou veľkých projektov. 
Možnosť získať prostriedky z ERDF v rámci cieľa 3 majú regióny NUTS III.
Pomoc Európskych spoločenstiev sa vykonáva prostredníctvom nasledovných fondov:
-	ERDF 
-	ESF 
-	Kohézny fond 
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3, ESF k dosiahnutiu cieľov 1 a 2 a Kohézny fond k dosiahnutiu cieľa 1.  
Finančné rozdelenie pre cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v článku 19 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a miera nezamestnanosti.
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci cieľa 2 je založená na kritériách stanovených v článku 20 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, miera nezamestnanosti, miera zamestnanosti a hustota obyvateľstva. 
Pri cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených v článku 21 nariadenia Rady    (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, a to oprávnené obyvateľstvo. 
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa jednotlivých cieľov, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi a operačnými programami je vo výlučnej kompetencii SR.  
4.2     Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v  programovom období 2007 - 2013 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty pre prijímateľov vrátane veľkých projektov je ohraničené odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od     1. januára 2007 do 31. decembra 2015. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti;
•	jednotlivé operačné programy môžu byť financované len z jedného fondu s výnimkou ERDF a Kohézneho fondu, ktoré musia byť súčasťou spoločných operačných programov dopravnej infraštruktúry a životného prostredia, vrátane veľkých projektov;
•	operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu obsahujú samostatnú prioritnú os pre každý z fondov;
•	financovanie z ERDF a ESF sa môže dopĺňať do výšky 10 % každej prioritnej osi operačného programu, pri činnostiach patriacich do rozsahu pôsobnosti pomoci z iného fondu za predpokladu, že tieto činnosti sú potrebné na uspokojivú realizáciu operácie/projektu a sú s ňou priamo spojené.
4.3  Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre NSRR a operačné programy. Rozhodnutie k NSRR, ktoré prijíma Európska komisia pred alebo po schválení operačných programov, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na operačné programy. Rozhodnutie na operačný program, ktoré prijíma Európska komisia najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na prioritné osi.
Rozhodnutia k veľkým projektom prijíma Európska komisia v súlade čl. 41 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 jednotlivo, a to najneskôr do 3 mesiacov predloženia akceptovateľnej žiadosti zo strany riadiaceho orgánu. 
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dopad na finančný plán a vyžaduje si  nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme EK po dohode s členským štátom najneskôr do troch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu.  
Akékoľvek presuny v rámci operačných programov, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej prioritnej osi z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné. 
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si  nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi. 
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov príslušných operačných programov za jednotlivé roky, sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci operačného programu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom operačnom programe za ten istý rok, keďže celkový rozpočtový záväzok daného roka za príslušný cieľ nemôže byť znížený. 
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Presuny medzi prioritnými osami operačného programu alebo operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať len za príslušný rok alebo na budúce roky. To znamená, že takéto presuny nemožno realizovať retroaktívne. 
V rámci celkovej sumy národných zdrojov je možný presun prostriedkov medzi verejnými a súkromnými zdrojmi a naopak bez zmeny rozhodnutia EK.
Akékoľvek presuny medzi prioritnými osami operačného programu možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. decembra roku aktuálneho záväzku.
Akékoľvek presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku. 
Presuny finančných prostriedkov môžu rovnako zahrnovať alokovanie výkonnostnej rezervy a národnej  rezervy pre mimoriadne prípady uvedených v čl. 50 a 51 nariadenia Rady (ES)       č. 1083/2006.
Zmeny, resp. nové rozhodnutie k operačným programom si nevyžaduje nové rozhodnutie k NSRR.

4.4 Záväzky a platby z ES  
4.4.1 Záväzky 
4.4.1.1 Záväzky  vo vzťahu k operačným programom 
Príspevok ES poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období,  sú prijímané každoročne pre každý cieľ a operačný program. Pre operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu sa prijíma záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý záväzok sa prijme pred tým, ako Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému operačnému programu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2007 - 2010 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+3 do troch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na  ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z EK sú uvedené v časti 4.4.2) do konca tretieho roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2011 - 2013 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, na  ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z EK sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre    rok n na daný operačný program:
-	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“;
-	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným zo strany prijímateľov, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane certifikačného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok pre rok 2013, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31.decembra 2016 formou žiadosti o záverečnú platbu. 
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na:
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrňujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované  pred 31. decembrom roku „n+3“, resp. „n+2“. Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+3“, resp. „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období „n+3“, resp. „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu; 
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej EK do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF Európskej komisii; 
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, no ktorej úhradu EK prerušila  alebo pozastavila 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ v súlade s článkami 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia  sa uplatní na tú časť rozpočtového záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite; 
-	tú časť rozpočtového záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu záväzku tvoria aj veľké projekty a schémy štátnej pomoci. Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie v čase prijatia rozhodnutia EK k veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce danému veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci. Lehota na automatické zrušenie záväzku pre veľké projekty a schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia EK k uvedenému projektu, resp. schéme štátnej pomoci. 

4.4.1.2 Záväzky  vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s  prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.   
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú pravidlo n+2, resp. n+3 na jednotlivé projekty, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva, resp. tri roky.  
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na daný operačný program  . Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov ES na príslušný operačný program platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2008 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2007 a 2008, nie však z roku 2009).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre operačný program, tzn. že na:  
-	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať aj zo záväzku roku 2008 a 2009,
-	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať zo záväzku roku 2007 (v prípade, že nie je dočerpaný), 2008 aj  2009  ,
-	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať zo záväzku roku 2007 (v prípade, že nie je dočerpaný), 2008 aj 2009 za predpokladu rešpektovania pravidla n+3 vo vzťahu k operačnému programu.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty plynie odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od  1. januára 2007 do 31. decembra 2015. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES nestanovuje, či  oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci operačného programu je v právomoci riadiaceho orgánu. 

4.4.2 Platby z Európskej komisie 
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle článku 83 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006. V zmysle tohto článku sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z EK realizované pre každý programový dokument jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s príslušným operačným programom. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje EK podľa pomeru stanoveného v príslušnom rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre daný operačný program na úrovni prioritných osí k celkovým oprávneným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov. 
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v tlačenej forme.
Zálohová platba z EK 
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu z EK, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V článku 82 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 sa uvádza, že zálohová platba zo štrukturálnych fondov poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených na daný operačný program. Zálohová platba z Kohézneho fondu predstavuje 10,5 % z celkových záväzkov ES vyčlenených na daný operačný program.
Zálohová platba na operačný program je rozdelená na tri rozpočtové roky:
-	2 % z príspevku štrukturálneho fondu v roku 2007, 3 % v roku 2008 a 2 % v roku 2009;
-	2,5 % z príspevku Kohézneho fondu v roku 2007, 4 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009.
Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci náklady na rozbehnutie operačných programov.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 24 mesiacov od poskytnutia prvej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených článkom 71 ods. 2 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006, tzn., že výrok audítora v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a EK k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, že výrok audítora obsahuje výhrady, EK prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii. 
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. Čo sa týka projektov realizovaných v rámci schém štátnej pomoci alebo schém de minimis deklarované výdavky zodpovedajúce nenávratnému finančnému príspevku musia byť v čase predloženia žiadosti o platbu Európskej komisii aj preplatené prijímateľom. 
Na základe vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam prijímateľov o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam platobnej jednotky o platbu zo strany certifikačného orgánu.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu zo strany certifikačného orgánu.
Výdavky na veľké projekty definované čl. 39 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 môžu byť zahrnuté do výkazu výdavkov len za predpokladu, že boli schválené rozhodnutím Európskej komisie. 
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva (nepriame formy pomoci) podľa čl. 44 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 a konkrétne o fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, výdavky zahrnuté do žiadosti o priebežnú platbu Európskej komisii zodpovedajú výdavkom zaplateným pri založení takýchto fondov alebo príspevkom do nich. 
Úroky získané v rámci operačných programov z platieb na aktivity finančného inžinierstva budú použité na financovanie projektov mestského rozvoja v prípade fondov mestského rozvoja alebo pre malé a stredné podniky v ostatných prípadoch. Zdroje vrátené do operácie z investovania alebo tie, ktoré zostali po zaplatení všetkých záruk, sa opätovne využijú pre rozvoj malých a stredných podnikov alebo v prospech projektov mestského rozvoja.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o implementácii schválenú monitorovacím výborom;  
c)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle článku 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov, ktoré predkladá certifikačný orgán. 
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný operačný program. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva certifikačný orgán. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku „n“, ako aj súm vrátených počas roka za každý z fondov, najneskôr do konca februára roku „n+1“.
Záverečná platba z EK
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že 
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
-	žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov zo strany certifikačného orgánu;
-	záverečnú správu o implementácii operačného programu zo strany riadiaceho orgánu;
-	vyhlásenie o ukončení pomoci zo strany orgánu auditu. 
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle článku 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslanie ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne Európska komisia zruší časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva sa oprávnené výdavky deklarované v rámci žiadosti o záverečnú platbu na rozdiel od výdavkov deklarovaných v rámci žiadostí o priebežnú platbu určia na základe:
-	skutočne vyplatených platieb z mestských rozvojových fondov na investície do verejno-súkromných partnerstiev alebo iné projekty v rámci integrovaného plánu mestského rozvoja,
-	platieb na investívie do malých a stredných podnikov z príslušných fondov,
-	alebo poskytnutých záruk z príslušných fondov rizikového kapitálu, záručných fondov a pôžičkových fondov spolu, 
-	alebo sumy oprávnených nákladov na riadenie. 
V súlade s tým sa upravia zodpovedajúce výkazy výdavkov. 
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu v termíne do 45 dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o implementácii a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, že uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ EK nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná.

4.5  Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu 
Finančné prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na  použitie  účelovo   určených  prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých   Slovenskej   republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu,  sa v štátnom  rozpočte v dotknutých ministerstvách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku  v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V súlade § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ  a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky a nepoužitých výdavkov prijímateľov – štátnych rozpočtových organizácií), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne najneskôr do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.

Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu  sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam programových dokumentov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov (ISUF). Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný samostatným usmernením MF SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom o rozpočtových pravidlách a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.

Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona               č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Certifikačný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán - platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ (okrem cieľa 3) platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8). 
Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie  v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  
4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie,
-	štátne príspevkové organizácie,
-	verejné vysoké školy,
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení zákona č. 215/2004 Z.z..
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie,
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy::
-	iné právnické osoby,
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú prijímateľom poskytované systémom predfinancovania, zálohových platieb alebo refundácie.
Pre prijímateľov zo súkromného sektora sa uplatňuje systém refundácie (časť 4.8.4). Pre prijímateľov zo sektora verejnej správy sa systém refundácie uplatňuje v prípade rozhodnutia riadiaceho orgánu po dohode s prijímateľom a v prípade záverečných platieb pri uplatnených systémoch predfinancovania, resp. zálohových platieb (s výnimkou systému zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie).
Systém predfinancovania sú oprávnení využiť prijímatelia zo sektora verejnej správy, okrem štátnych rozpočtových organizácii, a prijímatelia - súkromné základné a stredné školy (vrátane cirkevných), pre projekty financované z ERDF a Kohézneho fondu  a prijímatelia – mimovládne organizácie, pre projekty financované z ERDF a ESF (časť 4.8.1). 
Systém zálohových platieb sú oprávnení využiť pre projekty financované z ESF prijímatelia zo sektora verejnej správy a súkromné základné a stredné školy (vrátane cirkevných) (časť 4.8.2).
Pre projekty prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie sa využíva pre všetky fondy systém zálohových platieb (časť 4.8.3).
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u  prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formulár žiadosti prijímateľa o platbu spolu s pokynmi na ich vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b. Súčasťou každej žiadosti o platbu je podporná dokumentácie, rozsah ktorej stanovuje príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Prevod prostriedkov systémom refundácie podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Prevod prostriedkov systémom predfinancovania a zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v SKK len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, tzn., že musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v jednom pomere schválenom na projekt. 
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona  č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici  a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – ostatné subjekty verejnej  správy (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejnej správy) a subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
Pre prijímateľov spravujúcich fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy sa prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu platobnou jednotkou vyplácajú pri zriaďovaní týchto fondov po splnení náležitých podmienok definovaných čl. 43 - 46 nariadenia EK (ES) č. .../... na základe žiadosti o platbu.

4.5.4 Platby vo vzťahu prijímateľ - dodávateľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady dodávateľovi súvisiace s realizáciou projektu v zmysle časti 4.8. V prípade, že dodávateľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 - 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady faktoringovej spoločnosti, a to v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.  
V prípade, že prijímateľ poskytuje preddavky dodávateľovi, riadi sa podmienkami uvedenými v § 19 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.

4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od prijímateľa 
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu, ktoré platobná jednotka poskytla prijímateľovi sa uskutočňuje v nasledovných prípadoch: 
•	prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu,
•	prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z titulu mylnej platby,
•	prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), na základe ktorých mu vyplýva povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - v zmysle časti  4.10,   
•	a iných (napr. prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu).
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v zmysle zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 16. 
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ zasiela oznámenie o vrátení finančných prostriedkov do 7 pracovných dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravy rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vrátení finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 17. Prílohou oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, že finančné prostriedky vrátil prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly platobnej jednotke, prílohou formuláru oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je vytlačený ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 5 pracovných dní kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
V prípade, že oznámenie o vrátení finančných prostriedkov nie je doručené do 30 kalendárnych dní od úhrady dlžnej čiastky na účet subjektu zapojeného do implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov vystaví subjekt, ktorému boli prostriedky pripísané na účet, resp. bol upravený rozpočet a zašle ho riadiacemu orgánu/ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
V prípade, že prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu, alikvótny podiel prostriedkov za zdroj EÚ je v zmysle čl. 55 nariadenia Rady 
č. 2006/1083/ES príjmom osobitného účtu Ministerstva financií SR a tieto prostriedky je možné využiť na ďalšie financovanie programu. Alikvótny podiel prostriedkov za zdroj štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vráti prijímateľ v súlade § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov na účet platobnej jednotky, pričom finančné prostriedky platobná jednotka odvedie do príjmov štátneho rozpočtu. 
Špecifikácia účtov, na ktoré prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia je uvedený v prílohe 18.  

4.6 Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
­	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ Európskej komisii v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúcim všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde;
­	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde v článku 76 stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý operačný program. Uvedený odhad sa Európskej komisii  zasiela  každý rok do konca apríla pre daný rozpočtový rok („n“) a pre rok nasledujúci („n+1“), pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
­	finančných plánov operačných programov;
­	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
­	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
­	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
­	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
­	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
­	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu operačných programov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
­	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zbytok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
­	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých prioritných osí, opatrení, príp. podopatrení;
­	odhad pre posledný rok („n+2“) čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok („n“) v rámci pravidla n+2 by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok („n“) a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov („n“ a „n+1“) s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
­	vo vzťahu k odhadom očakávaných výdavkov na EK je certifikačný orgán povinný vychádzať z celkového objemu finančných prostriedkov zahrnutých do žiadosti o platbu na EK v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii, ktoré je potrebné v predkladanom odhade zahrnúť pre rok „n“ (akékoľvek výdavky zahrnuté v žiadostiach o platbu predložených Európskej komisii po 31.októbri sa zahrnujú do odhadov pre nasledovný rok);
­	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať  Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok.  A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
­	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok („n+1“).
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly ako aj prijímateľmi. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov opatrení operačného programu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 12a, 12b a 12c) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. Príloha 12a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 12b sa vyplňuje na úrovni prioritných osí a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 12c tvorí súčet predchádzajúcich dvoch príloh 12a a 12b, aj v členení podľa jednotlivých zdrojov financovania. Údaje na roky „n“ a „n+1“ sú členené podľa jednotlivých štvrťrokov.
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 12c) certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 10. pracovného dňa po skončení štvrťroku, t. j. v tomto prípade v mesiaci apríl. Vyplnené prílohy 12a a 12b si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.	V prípade, že pre príslušný operačný program je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a prioritných osí. V prípade nesúladu má certifikačný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Certifikačný orgán rovnako zohľadní žiadosti o platbu predložené EK v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadov očakávaných výdavkov EK. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v prílohe XIX nariadenia EK (ES) č. .../... v termíne najneskôr do 30. apríla.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohách 12a, 12b a 12c aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (prílohy 12d, 12e a 12f) a k 30.9. (prílohy 12g, 12h, 12i) roku „n“. Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom tieto spracúvajú obdobným postupom ako 12a, 12b a 12c v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 12f, resp. 12i certifikačnému orgánu v uvedených termínoch. Vyplnené prílohy 12d a 12e, resp. 12g a 12h si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohách 12g, 12h a 12i aktualizujú k 31.12. roku „n“ (prílohy 12j, 12k a 12l). Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohy 12j – 12l obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 12l certifikačnému orgánu v uvedenom termíne. Vyplnené prílohy 12j a 12k si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 

4.7 Systém účtov  
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty certifikačného orgánu 
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre certifikačný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý operačný program, pre programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu otvára samostatne účty pre každý z fondov;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tieto účty slúžia najmä na:
o	prijatie finančných prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba z EK) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, resp. rozpočtovej organizácie, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom); 
o	prevod prostriedkov na účet EK v prípade, že suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účty sú vedené v EUR;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty operačného programu, pre ktorý je daný účet otvorený;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú uhrádzané z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR otvára pre certifikačný orgán osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vedený v SKK. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom správ finančnej kontroly, resp. MF SR. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov ŠF nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR rovnako otvára pre certifikačný orgán vyrovnávacie účty pre jednotlivé fondy vedené v SKK. Tieto účty slúžia na úhradu nákladov na vyrovnávanie  vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.   

2. Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtové výdavkové účty pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorých sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účty sú vedené v SKK a slúžia na úhradu prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu prijímateľom;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové príjmové účty vedené v Štátnej pokladnici, ktoré sa využívajú na príjem:
o	prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
o	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky;
o	výnosov z účtov prijímateľov;
o	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvoreného z projektu;
o	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky  a v súlade so  zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a úhrada nákladov (napr.  bankové poplatky) je zabezpečovaná príslušnou rozpočtovou kapitolou; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo ŠR), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt. 

3. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet slúži na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou rozpočtového opatrenia;
•	samostatný výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na refundáciu realizovaných výdavkov pri uplatnení systému refundácie;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v SKK.

4. Účet (účty) prijímateľa - štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento bežný účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie; 
•	účet je vedený v SKK;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

5. Účet (účty) prijímateľa - VÚC
•	bežný účet pre príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 9a zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;  
•	účet v Štátnej pokladnici/komerčnej banke na realizáciu výdavkov prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR;
•	účet je vedený v SKK;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

6. Účet prijímateľa - obec
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;  
•	účet/účty sú vedené v SKK. V rámci systému refundácie v prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov prijímateľa pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si prijímateľ môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

7. Účet prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
Základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu v pôsobnosti obcí a  VÚC a ich rozpočtových organizácií je povinnosť realizácie prostredníctvom rozpočtu obce a rozpočtu VÚC. Ak sú prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti obce alebo VÚC, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t.j. rozpočtu obce alebo VÚC.
a)	rozpočtová organizácia:
•	v prípade, že zriaďovateľ VÚC uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, bežný účet na presun prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR, ktoré následne presúva na výdavkové účty rozpočtovej organizácie;
•	v prípade, že rozpočtová organizácia uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP,  mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do rozpočtu zriaďovateľa;
•	účet/účty sú vedené v SKK; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si prijímateľ môže otvoriť v Štátnej pokladnici/komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

b)	príspevková organizácia:
•	v prípade, že príspevková organizácia nepožaduje príspevok od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, že príspevková organizácia požaduje príspevok od zriaďovateľa,  bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do rozpočtu zriaďovateľa;
•	účet/účty sú vedené v SKK; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si prijímateľ môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

8. Účet prijímateľa - súkromný sektor a mimovládna organizácia
•	prijímateľ je povinný prijímať prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektu na jeden účet; 
•	prijímateľ môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	účet/účty sú vedené v SKK. V prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	prijímateľ môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	úroky vzniknuté na účte/účtoch sú príjmom prijímateľa.

4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej   republiky

4.8.1 Systém predfinancovania
Vyplácanie prijímateľa z verejnej správy, okrem štátnych rozpočtových organizácií, a prijímateľa – súkromnej základnej a strednej školy (vrátane cirkevnej), pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu a prijímateľa – mimovládnej organizácie, pri projektoch financovaných z ERDF a ESF sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže prijímateľ kombinovať s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v rámci jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Prijímateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Predfinancovanie je prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe ním predložených nezaplatených účtovných dokladov.  
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Prijímateľ v  stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich obdržaní od dodávateľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, že súčasťou výdavkov prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou predloží aj overené kópie príslušných účtovných dokladov s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie v súlade s článkom podľa čl. 60 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../..., ktoré zahrňuje administratívne overenie a  overenie na mieste v prípade potreby. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci lehoty splatnosti záväzku dodávateľovi vykoná vecné overenie - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
5.	Po uskutočnení overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 9b) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti prijímateľa o platbu.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti  prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje overenie dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálne overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti prijímateľa o platbu zadá platobné príkazy na úhradu  prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.  
7.	Prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od pripísania prostriedkov na jeho účte, previesť prostriedky dodávateľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi samotný prijímateľ.
8.	Po poskytnutí predfinancovania je prijímateľ povinný celú výšku následne (najneskôr do 15 dní od pripísania týchto prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár na zúčtovanie predfinancovania (žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 4a a 4b). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť a prehlásenie o overení (príloha 9a) platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania. 
10.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 10), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha 11) v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnými jednotkami predkladá certifikačnému orgánu. 
11.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie a  overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
12.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 12. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie
14.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
15.	Prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
16.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3. a 4. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 9a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku. 
17.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 6. a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží certifikačnému orgánu. 
18.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 11. 
19.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 12.
20.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas certifikačnému orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenie na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí prijímateľa o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka uchováva originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.2 Systém zálohových platieb 
Vyplácanie prijímateľa z verejnej správy, okrem štátnych rozpočtových organizácií, a prijímateľa – súkromnej základnej a strednej školy (vrátane cirkevnej), pri projektoch financovaných z ESF sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Prijímateľ a konečný užívateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky 40 % z relevantnej časti  rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu, pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 16. tejto časti).
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe prehlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohy. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu nepresahuje  12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu prvého roka projektu zodpovedajúcemu  podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška  zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12-		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku 
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj prehlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie, ktoré zahrňuje administratívne overenie a v prípade potreby overenie na mieste. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia žiadosti. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci vecného overenia overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
5.	Po uskutočnení overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 9b) na platobnú jednotku v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti prijímateľa o platbu.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti  prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje overenie dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálne overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti prijímateľa o platbu zadá platobné príkazy na úhradu  prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
7.	Prijímateľ po poskytnutí zálohovej platby je povinný túto zálohovú platbu priebežne minimálne v dvojmesačnom intervale zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nezúčtovania tejto čiastky alebo jej časti je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy (žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a pokyny na jej vyplnenie – prílohy 5a a 5b) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. V prípade, že za príslušné obdobie prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá  žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby s uvedením nulového čerpania. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom predkladá aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis  originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa) potvrdzujúci uhradenie účtovných dokladov.
8.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 3.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná vecné overenie v súlade s čl. 60 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../... - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či zúčtovaná čiastka zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overení matematickej správnosti sa overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby spolu s prehlásením o overení (príloha 9a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby.
10.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnými jednotkami predkladá certifikačnému orgánu. 
11.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
12.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Prijímateľ je po vyčerpaní a zúčtovaní minimálne 40 % zálohovej platby oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z prvej zálohovej platby. 
14.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 7., t.  z. že prijímateľ je povinný priebežne, minimálne v  dvojmesačnom intervale zúčtovávať poskytnuté prostriedky na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy. 
15.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
16.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených nákladov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
17.	Prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
18.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3. a 9. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 9a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti prijímateľa o platbu. 
19.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu do 10 pracovných dní a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží certifikačnému orgánu. 
20.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 11. 
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. 
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby, avšak jedna žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby sa nesmie viazať na poskytnutie viacerých zálohových platieb. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi.
Platobná jednotka poskytuje zálohové platby prijímateľom na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba prijímateľom aj zúčtuje. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí prijímateľa o platbu, originál prehlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka uchováva originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
Vyplácanie prijímateľa - štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z ERDF, ESF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Prijímateľ realizujúci národný projekt môže tieto prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Prijímateľ a konečný užívateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky 40 % z relevantnej časti  rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe prehlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohy. 
Pri systéme zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa postupuje nasledovným spôsobom:  
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu nepresahuje  12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu prvého roka projektu zodpovedajúcemu  podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška  zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12-		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku 
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj prehlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie, ktoré zahrňuje administratívne overenie a v prípade potreby overenie na mieste. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia žiadosti. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci vecného overenia overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
5.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 9b) na platobnú jednotku v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti prijímateľa o platbu.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti  prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje overenie dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálne overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti prijímateľa o platbu zabezpečí prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
7.	Prijímateľ po poskytnutí zálohovej platby je povinný túto zálohovú platbu priebežne minimálne v dvojmesačnom intervale zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nezúčtovania tejto čiastky alebo jej časti je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy (žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a pokyny na jej vyplnenie – prílohy 5a a 5b) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. V prípade, že za príslušné obdobie prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá  žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby s uvedením nulového čerpania. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis  originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa. V prípade, že prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa) potvrdzujúci uhradenie účtovných dokladov. 
8.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 3.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná vecné overenie v súlade s čl. 60 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../... - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či zúčtovaná čiastka zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby spolu s prehlásením o overení (príloha 9a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby.
10.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnými jednotkami predkladá certifikačnému orgánu. 
11.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
12.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Prijímateľ je po vyčerpaní a zúčtovaní minimálne 40 % zálohovej platby oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z prvej zálohovej platby. 
14.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 7., t.  z. že prijímateľ je povinný priebežne, minimálne v  dvojmesačnom intervale zúčtovávať poskytnuté prostriedky na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy. 
15.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu ukončenia projektu. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať celý zostatok, a to najneskôr do 3 mesiacov od ukončenia projektu.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby, avšak jedna žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby sa nesmie viazať na poskytnutie viacerých zálohových platieb. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi.
Presun prostriedkov pre prijímateľov realizuje platobná jednotka zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o zálohovú platbu. 
Zálohové platby prijímateľovi poskytuje platobná jednotka z podpoložky ekonomickej klasifikácie 637 033. Po schválení žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby platobná jednotka prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí prijímateľa o platbu, originál prehlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka uchováva originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.4 Systém refundácie 
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany prijímateľa, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet schváleného na projekt. 
V prípade, že prijímateľ poskytuje preddavky dodávateľovi, ktoré sú mu priebežne refundované platobnou jednotkou, riadi sa podmienkami uvedenými v § 19 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ rovnako pri všetkých programoch. 
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, a výpisu z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá ním overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára prijímateľa. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu podľa čl. 60 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia EK (ES) č. .../..., ktoré zahrňuje administratívne overenie a v prípade potreby overenie na mieste. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná vecné overenie - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
6.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná do 10 pracovných dní predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrňuje overenie dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálne overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. V prípade schválenia žiadosti prijímateľa o platbu platobní jednotka zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi certifikačným orgánom a platobnou jednotkou predkladá certifikačnému orgánu.
8.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
9.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
10.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí prijímateľa o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka uchováva originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.5 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
Za nasledovné typy výdavkov predkladá prijímateľ v rámci programov financovaných z ESF spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch);
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu;
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).
Pri tzv. národných projektoch ESF predkladá prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom. 
Pri projektoch v rámci programov, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zabezpečuje matematické overenie výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti prijímateľa o platbu platobná jednotka.

4.9 	Certifikácia 
4.9.1 Systém certifikácie bez delegovania právomocí
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. XII nariadenia EK (ES) č. .../... je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú pracovníci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od akýchkoľvek iných činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii (certifikácia výkazu výdavkov Európskej komisii). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii vykoná certifikačný orgán certifikáciu vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, príp. prijímateľov, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu. 
Na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu je certifikačný orgán oprávnený uskutočniť certifikáciu výdavkov pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežnú certifikáciu uskutočňuje certifikačný orgán v prípade, ak z rizikovej analýzy predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu vyplynie rozhodnutie o jej výkone. Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. Ak z výsledku rizikovej analýzy nevyplynie požiadavka na priebežnú certifikáciu, v takom prípade sú výdavky v predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu zahrnuté do výberu vzorky pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii.
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č.1083/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 32 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 56 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi,
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie,
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 61 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	zohľadňuje správy o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami;
3.	zohľadňuje správy o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov;
6.	je oprávnený sa zúčastňovať zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. Cieľom je posúdenie súladu týchto manuálov s právnymi predpismi ES a SR.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
 
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) o výsledku následnej finančnej kontroly týkajúce sa kontrol vzoriek operácií. O týchto správach orgán auditu informuje certifikačný orgán. Kontrolované subjekty (riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.

k bodu 3. 
Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného a externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva EK, certifikačnému orgánu. Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného operačného programu. Súčasťou overenia je, či: 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia so účtovnými dokladmi, 
-	výdavky zahrňujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach prijímateľov o platbu, 
-	k príslušným žiadostiam prijímateľov o platbu existuje výpis z bankového účtu,
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou,
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.

k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu Európskej komisii pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť. 

k bodu 6.
Certifikačný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v operačnom programe a postupmi riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Certifikátori sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Zo zasadnutia komisie na výber projektov vypracuje certifikátor správu. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie.   
Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať certifikačný orgán, a to písomne minimálne 5 pracovných dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto  komisií certifikačnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu.

V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom certifikačný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu. 
V oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej  nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, má certifikačný orgán právomoc pozastaviť platby pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje Centrálny kontaktný útvar pre OLAF v SR a orgán auditu.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
4.9.2 Systém certifikácie pri delegovaní časti  právomocí na sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. XII nariadenia EK (ES) č. .../... je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňujú pracovníci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od akýchkoľvek iných činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii (certifikácia výkazu výdavkov Európskej komisii). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii vykoná certifikačný orgán certifikáciu vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, príp. prijímateľov, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu. 
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 32 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 56 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi,
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie,
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
V nadväznosti na vyššie uvedené práva a povinnosti certifikačný orgán môže delegovať vybrané úlohy na sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom. Rezorty, na ktorých budú zriadené sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom, zabezpečia:
•	kvalitné administratívne kapacity,
•	adekvátne technické vybavenie,
•	kontrolu 4 očí, 
•	zastupiteľnosť, 
•	nezávislosť sprostredkovateľského orgánu pod certifikačným orgánom od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky zo strany rezortov v rámci ich organizačnej štruktúry. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 61 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	zohľadňuje správy o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami;
3.	zohľadňuje správy o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov;
6.	je oprávnený sa zúčastňovať zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. Cieľom je posúdenie súladu týchto manuálov s právnymi predpismi ES a SR.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
 
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) o výsledku následnej finančnej kontroly týkajúce sa kontrol vzoriek operácií. O týchto správach orgán auditu informuje certifikačný orgán. Kontrolované subjekty (riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.

k bodu 3. 
Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného a externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva EK, certifikačnému orgánu. Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného operačného programu. Súčasťou overenia je, či: 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia so účtovnými dokladmi, 
-	výdavky zahrňujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach prijímateľov o platbu, 
-	k príslušným žiadostiam prijímateľov o platbu existuje výpis z bankového účtu,
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou,
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.

k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu Európskej komisii pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť. 

k bodu 6.
Certifikačný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v operačnom programe a postupmi riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Certifikátori sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Zo zasadnutia komisie na výber projektov vypracuje certifikátor správu. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie.   
Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať certifikačný orgán, resp. sprostredkovateľský orgán pod certifikačným orgánom, a to písomne minimálne 5 pracovných dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto  komisií certifikačnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu.

V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom certifikačný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu. 
V oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej  nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, má certifikačný orgán právomoc pozastaviť platby pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje Centrálny kontaktný útvar pre OLAF v SR a orgán auditu.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V nadväznosti na vyššie uvedené úlohy bude rozdelenie úloh medzi certifikačný orgán a sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom nasledovné:
Primárnou úlohou certifikačného orgánu bude najmä:
•	vypracovanie a certifikovanie výkazu výdavkov Európskej komisii;
•	zasielanie žiadosti o priebežnú/záverečnú platbu Európskej komisii;
•	metodické riadenie sprostredkovateľských orgánov pod certifikačným orgánom;
•	overovanie na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii; 
•	overovanie zabezpečenia delegovaných právomocí na  sprostredkovateľské orgány pod certifikačným orgánom; 
•	účasť sa na vybraných zasadnutiach komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa;
•	posudzovanie vybraných vnútorných manuálov riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a súlad postupov relevantných orgánov s týmito manuálmi;
•	zohľadňovanie správ o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektmi;
•	zohľadňovanie správ o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu na riadiacich orgánoch/sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom a platobných jednotkách;
•	zohľadňovanie informácií o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov.
Primárnou úlohou sprostredkovateľských orgánov pod certifikačným orgánom bude najmä:
•	uskutočňovanie certifikačných overovaní na vybraných úrovniach finančného riadenia vrátane prijímateľa v rámci predkladaných súhrnných žiadostí o platbu;
•	predkladanie relevantných výstupov z certifikačného overovania na certifikačný orgán;
•	účasť na všetkých zasadnutiach komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa; 
•	posudzovanie vybraných vnútorných manuálov riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a súlad postupov relevantných orgánov s týmito manuálmi;
•	nesenie zodpovednosti v rámci delegovaných úloh na svojej úrovni;
•	zohľadňovanie správ o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami;
•	zohľadňovanie správ o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu na riadiacich orgánoch/sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom a platobných jednotkách; 
•	zohľadňovanie informácií o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov. 

4.10 	Nezrovnalosti
V súlade s čl. 2 nariadenia   Rady (ES) č. 1083/2006 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou“.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, tzn. vrátane úrovne prijímateľa, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu.
Podmienkou vzniku nezrovnalosti je porušenie právnych predpisov ES alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov ES alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy ES.  
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie finančnej  disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Z pohľadu národnej legislatívy nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak.

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením EK (ES) č. .../... ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého administratívneho vyšetrovania a/alebo súdneho konania,
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu,
-	nezrovnalosti, u ktorých sa predpokladajú následky mimo územia SR,
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu,
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR,
Detailná typológia nezrovnalostí je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu alebo iný subjekt konajúci v zodpovednosti orgánu auditu. 
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť odhaliť Najvyšší kontrolný úrad SR a Európska komisia. 
V prípade, že nezrovnalosť zistí samotný prijímateľ, bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny, kontrolný orgán je povinný v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu príslušnej správe finančnej kontroly. 
Za moment zistenia nezrovnalosti sa považuje podpísanie oficiálneho dokumentu alebo prerokovanie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly/overenia (viď nižšie).
Zistenie nezrovnalosti sa oficiálne zdokumentuje:
I.	Podpísaním správy o zistenej nezrovnalosti 
II.	Prerokovaním správy o výsledku následnej finančnej kontroly vykonanej kontrolným orgánom
III.	Prerokovaním správy o výsledku systémového auditu 
IV.	Prerokovaním protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR
V.	Podpísaním správy z auditu EK 
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne, resp. do 6 týždňov od skončenia štvrťroku zasiela na Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. 
O zistených nezrovnalostiach informuje Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF na Európskej komisii (v prípade, že suma nezrovnalosti prevyšuje 10 000 EUR) v súlade s nariadením EK (ES) č. .../.... Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR OLAF-u na Európskej komisii výlučne na jeho žiadosť. 

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Opravy financovania pri zistení nezrovnalosti prostriedkov EÚ vykonáva v podmienkach SR certifikačný orgán v súlade s čl. 98 - 100 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006. Opravy financovania spočívajú  v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu alebo jeho časti.
Čiastka podliehajúca oprave financovania sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov a zodpovedajúcej sume vo výške porušenia finančnej disciplíny v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah finančných dôsledkov zistenej nezrovnalosti.
V prípade, ak nezrovnalosti zistí a napraví Slovenská republika, alebo ak nezrovnalosti zistí EK a následne došlo k dohode medzi SR a EK, finančné prostriedky zodpovedajúce výške nezrovnalosti nepredstavujú stratu pre SR, ale prostriedky sú použité na iné operácie. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa tieto finančné prostriedky znovu použijú na operácie/prioritné osi, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, príp. Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný postupovať v súlade so  zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a popisom schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v prílohe 18a a 18b.
V prípade, ak členský štát zistí nezrovnalosť a následne je vykonaná náprava, vrátené prostriedky môžu byť opätovne použité na operačný program s výnimkou tých operácií, ktorých sa finančná oprava týkala. 
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku ES.
Opravy financovania sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu EK. 
Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu Európskej komisii (napr. splatná čiastka prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania.
Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym konaním. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, že súdne konanie bolo neúspešné.

4.11	Účtovníctvo
Podľa čl. 60 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde je potrebné, aby subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a implementovaní operácií, viedli samostatný účtovný systém, alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa operácií pri dodržaní národných pravidiel pre účtovníctvo. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a implementácii štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v súlade s čl. 14 nariadenia EK (ES) č. .../... predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 15 pracovných dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektami, ktoré účtujú o použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú  certifikačný  orgán a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie operácií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov (ďalej iba „systém ISUF“). Systém ISUF je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom modulov:
•	PS - systém riadenia projektov
(založenie projektu, evidencia údajov o projekte, aktualizácia projektu, aktualizácia rozpočtu projektu, kontrola disponibility rozpočtu projektu - finančného plánu projektu, zmeny rozpočtu projektu, evidencia dokumentov projektu, evidencia štatistických ukazovateľov, vyhodnocovanie realizácie projektu a finančných ukazovateľov projektu)
•	MM - materiálové hospodárstvo 
(založenie zmlúv, evidencia zmlúv, kmeňové údaje o dodávateľoch, kmeňové údaje o odberateľoch, založenie žiadostí o platbu, evidencia žiadostí o platbu,  predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu vrátane kontroly dostupnosti zdrojov rozpočtu projektu a zdrojov štátneho rozpočtu, údržba dokumentu)
•	IM - investičný manažment 
(založenie programovej štruktúry, aktualizácia programovej štruktúry, vypracovanie rozpočtu programu, pridelenie rozpočtu programu na projekty, zmeny rozpočtu programu, rozpočtovanie a sledovanie výdavkov na projektoch, sledovanie projektov priradených k programovej štruktúre, vyhodnotenie rozpočtu programu, sledovanie rozpočtu oproti skutočnému čerpaniu prostriedkov)
•	FI - finančné účtovníctvo
(otvorenie a uzavretie účtovných období, kmeňové záznamy k účtovej osnove, účtom, odberateľom (platobná jednotka), dodávateľom (certifikačný orgán), účtovanie žiadostí o platbu prijímateľa, účtovanie súhrnnej žiadosti o platbu, účtovanie žiadostí o platbu Európskej komisii, spracovanie platobných príkazov, spracovanie bankového výpisu, spracovanie účtovných operácií vo vzťahu k nezrovnalostiam, účtovanie úrokov, dane z prijatých úrokov, aktualizácia kurzovej tabuľky, denná, mesačná, štvrťročná a ročná uzávierka, spracovanie finančných a účtovných výkazov)
•	FM - riadenie rozpočtu
(rozpis schváleného rozpočtu, údržba kmeňových dát ekonomickej a funkčnej klasifikácie, rozpočtovanie, viazanie, rezervácie a uvoľňovanie prostriedkov vo vzťahu k prostriedkom schváleného a upraveného štátneho rozpočtu, presuny prostriedkov na základe spracovávania rozpočtových opatrení / platobných príkazov, kontrola na rozpočet v rámci účtovného dokladu vo vzťahu k predpokladanému výdavku – kontrola disponibility na objektoch rozpočtu, finančné výkazníctvo a reporting v tlačovej  a elektronickej forme, statické a dynamické výkazy)
Spracovanie účtovných operácií a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa zákona č. zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) súvisiacich s  finančným tokom prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje systém ISUF a  je špecifikované v dokumentácii používateľov informačného systému účtovníctva fondov ISUF.  
Každá úroveň programovej štruktúry (program, prioritná os, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje prijímateľa. Systém ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, IT Monitorovací systém pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačný systém Štátnej pokladnice. 
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh  a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát a ich pravidelného zálohovania.
Finančné prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné operačné programy certifikačného orgánu na základe zálohovej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky. 
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu u  prijímateľa zabezpečuje riadiaci orgán v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002  Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Platby vykonané prijímateľmi sa dokladujú účtovnými dokladmi. Prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.

4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon               č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) a nariadeniami ES sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, certifikačného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Článok 90 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Dvor audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každý operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach SR uvedené obdobie sa stanovuje na 10 rokov po ukončení príslušného projektu/operácie.
V súlade s čl. 18 nariadenia EK (ES) č. .../.. platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:	
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk); 
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.

Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, že existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade s národnými predpismi a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly.  
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vyhotovuje príslušný doklad v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje dodávateľ minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp riadiaci orgán v prípade, že ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. V prípade, že povaha účtovného dokladu umožňuje vyhotoviť len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a fotokópiu originálu účtovného dokladu uchováva sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp riadiaci orgán v prípade, že ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.13 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení ES a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2007 - 2013 vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného operačného programu je uvedený v EUR; 
•	finančný plán programového manuálu je uvedený v EUR;
•	rozhodnutia EK k jednotlivým operačným programom, ročné rozpočtové záväzky a platby z EK sú vyjadrené a realizované v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa predkladajú Európskej komisii v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR;
•	sumy vyjadrené vo výročnej alebo záverečnej správe o implementácii musia byť vyjadrené v EUR;
•	zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v SKK;
•	platby prijímateľovi sa realizujú v mene SKK;
•	prijímateľ môže uhrádzať výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK,  príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Kurzové rozdiely vznikajú pri konverzii z meny EUR na menu SKK a naopak a z dôvodu existencie dvoch výmenných kurzov používaných pri prepočte jednotlivých súm. Pre účely výkazníctva pre Európsku komisiu v súlade s čl. 81 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán používa mesačný kurz EK platný v tom mesiaci, v ktorom certifikačný orgán výdavok zaznamenal v účtovníctve, resp. v ktorom boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu certifikačného orgánu. Tento kurz EK elektronicky zverejňuje každý mesiac. Pre prepočet súm z meny EUR na menu SKK a naopak v momente ich prevodu Štátna pokladnica používa príslušné kurzy Štátnej pokladnice platné v deň prevodu.
V rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely na viacerých úrovniach a v rôznych špecifických prípadoch. Legislatíva ES stanovuje použitie kurzu pre účely  kurzových prepočtov v rámci ustanovenia čl. 81 nariadenia  Rady (ES) č. 1083/2006, ktoré na národnej úrovni zodpovedajú kurzovým prepočtom realizovaným na úrovni certifikačného orgánu.
1. Kurzová strata/zisk pri prevode prostriedkov z účtu certifikačného orgánu na účet platobnej jednotky
Platobná jednotka predkladá dvakrát mesačne certifikačnému orgánu súhrnnú žiadosť o platbu na schválenie. Po schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačný orgán prevedie zo svojho mimorozpočtového účtu vedeného v mene EUR finančné prostriedky na účet platobnej jednotky formou platobného príkazu vystaveného v SKK s použitím príslušného mesačného kurzu EK. Zároveň však Štátna pokladnica vyjadrí čiastku uvedenú na platobnom príkaze v mene EUR podľa aktuálneho kurzu Štátnej pokladnice platného v deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri úhrade súhrnných žiadostí o platbu v dôsledku rozdielu medzi kurzom EK a kurzom Štátnej pokladnice platnými v deň prevodu, sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný fond. Kurzové rozdiely eviduje certifikačný orgán v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF.
2. Kurzová strata/zisk pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu prijímateľa 
V súlade s čl. 36 nariadenia EK (ES) č. .../... je SR povinná v rámci pravidelných štvrťročných správ o nezrovnalostiach predkladaných na OLAF Európskej komisii hlásiť nezrovnalosti, ktorých dopad na rozpočet Európskych spoločenstiev je vyšší ako 10 000 EUR. Zároveň je SR povinná zohľadniť  zistené nezrovnalosti s finančným dopadom v žiadosti o platbu Európskej komisii. Členské štáty, ktoré ku dňu zistenia nezrovnalosti neprijali EUR ako menu, musia konvertovať čiastky dotknutých výdavkov z národnej meny na EUR. Táto čiastka bude konvertovaná na EUR s použitím mesačného kurzu EK platný v tom mesiaci, v ktorom bol alebo by bol výdavok zaevidovaný v účtovníctve certifikačného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu certifikačného orgánu.      
3. Kurzová strata/zisk pri prevode prostriedkov z účtu prijímateľa
V prípade, že prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK. Prípadné kurzové rozdiely vzniknuté v dôsledku prevodu zo svojho účtu znáša prijímateľ.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu,
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.

4.14  Pravidlá pre operačné programy cieľa 3
Pre projekty projektových partnerstiev v rámci operačných programov cieľa 3 platia špecifiká stanovené nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006. Pre tieto programy je vždy zriadený jediný certifikačný orgán, ktorý zabezpečuje prevod finančných prostriedkov ERDF priamo vedúcim partnerom projektov. Vedúci partneri projektových partnerstiev sú ďalej zodpovední za ďalší prevod prostriedkov ERDF svojim projektovým partnerom (vrátane zahraničných). 

4.14.1 Operačný program SR - Česká republika 
Pre prijímateľov (vedúcich partnerov) v rámci programu cezhraničnej spolupráce SR - Česká republika, pri ktorom ako jedinom vystupuje SR ako riadiaci a certifikačný orgán, platia nasledovné zásady:
Projekty alebo operácie v rámci operačného programu zahrňujú prijímateľov (partnerov) z oboch štátov, ktorí na projekte spolupracujú aspoň v dvoch činnostiach z nasledujúcich: spoločná príprava, spoločná realizácia, spoločný personál a spoločné financovanie. Jeden z prijímateľov projektu je určený za vedúceho partnera projektu, ktorý v mene celého projektového partnerstva vystupuje.  
Zmluvy s vedúcimi partnermi uzatvára riadiaci orgán s finančným plnením v EUR. Každá zmluva obsahuje finančný plán projektu v EUR vrátane čiastkových finančných plánov na úrovni jednotlivých partnerov. 
Prevod finančných prostriedkov ERDF z mimorozpočtového účtu pre operačný program vedeného v Štátnej pokladnici v mene EUR zabezpečuje certifikačný orgán priamo vedúcim partnerom v EUR. 
Prostriedky ERDF poskytuje vedúcim partnerom zo SR alebo ČR certifikačný orgán v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany partnerstva,     tzn. že jednotliví partneri sú povinní realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie budú vedúcemu partnerovi pri jednotlivých platbách refundované certifikačným orgánom v pomernej výške. Teda pre účely preplácania výdavkov za podiel ERDF: 
-	vedúci partner predkladá v mene projektového partnerstva žiadosť o platbu (špecifický formulár žiadosti o platbu na prostriedky ERDF odsúhlasený v rámci Memoranda o porozumení, ktorý nie je súčasťou tohto materiálu) na refundáciu vlastných výdavkov a výdavkov partnera/ov v EUR riadiacemu orgánu na overenie a schválenie podľa čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES)č. 1080/2006; 
-	overenie výdavkov deklarovaných vedúcimi partnermi, resp. partnermi projektu podľa čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 zabezpečuje každý štát (riadiaci orgán za SR, resp. príslušný národný orgán za ČR) jednotlivo za tie aktivity, ktoré sa vykonávajú na jeho území. Tzn., že
o	partner projektu z ČR je oprávnený deklarovať svoje výdavky vedúcemu partnerovi zo SR až po overení a schválení príslušným národným orgánom ČR, ktoré potvrdí prehlásením o overení (špecifický formulár odsúhlasený v rámci Memoranda o porozumení, ktorý nie je súčasťou tohto materiálu). Vedúci partner zo SR následne predkladá v mene projektového partnerstva žiadosť o platbu riadiacemu orgánu;
o	vedúci partner projektu z ČR je oprávnený predložiť žiadosť o platbu v mene projektového partnerstva riadiacemu orgánu za podmienky, že jeho výdavky (príp. výdavky iných partnerov z ČR) boli overené a schválené príslušným národným orgánom ČR;
o	partner projektu zo SR deklaruje svoje výdavky vedúcemu partnerovi z ČR, ktorý po overení a schválení jeho vlastných výdavkov príslušným národným orgánom ČR následne predkladá v mene projektového partnerstva žiadosť o platbu riadiacemu orgánu. Riadiaci orgán následne overí výdavky deklarované partnerom zo SR;
-	riadiaci orgán po schválení žiadosti vedúceho partnera zo SR alebo ČR o platbu postúpi túto žiadosť spolu s prehlásením o overení certifikačnému orgánu.
V prípade vedúci partner, resp. partneri projektu uhrádzajú svoje výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v tejto mene sú certifikačným orgánom preplácané v EUR. Pri použití výmenného kurzu postupujú jednotliví vedúci partneri zo SR, resp. slovenskí partneri v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Teda:
-	pri prevode peňažných prostriedkov v EUR z účtu ktoréhokoľvek slovenského partnera zriadeného v SKK na účet dodávateľa zriadeného v EUR použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu partnera, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi, zahrnie vedúci partner do žiadosti o platbu,
-	prevode peňažných prostriedkov v SKK z účtu ktoréhokoľvek slovenského partnera zriadeného v EUR na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu partnera, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi, zahrnie vedúci partner do žiadosti o platbu,
-	pri prevode peňažných prostriedkov v SKK z účtu ktoréhokoľvek slovenského partnera zriadeného v SKK na účet dodávateľa zriadeného v SKK použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi, zahrnie vedúci partner do žiadosti o platbu,
Prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi zo SR zabezpečuje platobná jednotka v EUR z výdavkového účtu pred, najneskôr súčasne s prevodom prostriedkov ERDF certifikačným orgánom. Riadiaci orgán v spolupráci s platobnou jednotkou rozhodujú o spôsobe a forme prevodu prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vrátane určenia formuláru žiadosti o platbu. Vedúci partner je zodpovedný za ich ďalší prevod svojim projektovým (zo SR) partnerom  v prípade ich existencie. Platobná jednotka rovnako zabezpečuje prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie hlavným projektovým partnerom zo SR (v prípade, že ich je viac ako jeden), ktorí sú súčasťou partnerstiev s vedúcim partnerom z ČR. 
V rámci programu cezhraničnej spolupráce cieľa 3 SR - Česká republika sa s výnimkou vyššie uvedených špecifík postupuje za obdobných podmienok ako je uvedené v relevantných častiach materiálu. 

4.14.2 Ostatné operačné programy cieľa 3 
Prevod finančných prostriedkov ERDF v rámci ostatných operačných programov cieľa 3 zabezpečuje certifikačný orgán partnerskej krajiny priamo vedúcim partnerom bez zapojenia certifikačného orgánu Slovenskej republiky alebo platobnej jednotky. 
Prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. partnerom zo SR zabezpečuje platobná jednotka obdobným spôsobom ako v prípade Operačného programu SR - ČR.

5.  Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je vybudovanie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond, ktorý má slúžiť na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení, kontrole a audite štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci ES vrátane čerpania prostriedkov ES a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré jednotlivé subjekty zodpovedajú.
IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia, následnej finančnej kontroly a vnútorného auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
-	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
-	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie EK (ES) č. .../... a zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov);
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
-	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.