B. Osobitná časť

K Čl. I
K bodu 1 
Predmetom úpravy je upresnenie práv a povinností povinných osôb spojených nielen so zabezpečovaním prevádzky informačných systémov verejnej správy,  ale spojených aj s ich vytváraním, rozvojom a využívaním.
K bodu 2 
Rozširujú sa definície pojmov na základe potrieb aplikačnej praxe v súvislosti s rozvojom informačných technológií, technologickej infraštruktúry a reflektujú na novo vznikajúce procesy a informačné toky medzi subjektmi, z čoho vznikla potreba zadefinovania nových pojmov a úpravy doteraz používaných.
Dopĺňa sa tiež v § 3 zoznam povinných osôb, ktoré vzhľadom na svoju vecnú pôsobnosť do zoznamu patria a v súčasnom znení zákona č. 275/2006 Z. z. nie sú zaradené. Niektoré nové inštitúcie spadajúce pod zákon vznikli až po prijatí zákona a bolo takisto potrebné na tento fakt zareagovať. Zároveň sa mení systematika zoradenia povinných osôb a rozčleňuje sa ich druhové členenie na nové skupiny, lepšie vyhovujúce potrebám sémantiky IT architektúry.
Ďalej sa nanovo definujú práva a povinnosti povinných osôb a správcu informačných systémov verejnej správy, vychádzajúc pri tom z pripravovanej štruktúry jednotného technologicky štandardizovaného systému elektronickej verejnej správy Slovenskej republiky, reflektujúc pritom i na Národnú koncepciu informatizácie verejnej správy a potrebu koncepčného prístupu k tvorbe a prevádzkovaniu informačných systémov verejnej správy. Zároveň dochádza k presunu niektorých povinností zo všeobecného okruhu povinných osôb na správcov, najmä v oblasti predkladania koncepcií rozvoja informačných systémov, čím sa výrazne zníži okruh primárne zodpovedných osôb, výrazne sa zníži administratívna záťaž pri reportingu povinných osôb voči ministerstvu a sprehľadní sa aj ich štruktúra. 
Vypracovať a aktualizovať koncepciu majú správcovia v súčinnosti s vecne príslušnými právnickými osobami v ich v zriaďovateľskej alebo zakladateľskej pôsobnosti a tieto im musia ako svojim zriaďovateľom alebo zakladateľom poskytovať súčinnosť.
Povinné osoby nahlasujú ministerstvu financií zmeny úsekov správy a im prislúchajúcich agend základného číselníka úsekov a agend verejnej správy. Správcom číselníka je ministerstvo financií. Základné číselníky zahŕňajú dôležitý zdroj údajov potrebný pri výkone správy. Budú záväzným zdroj údajov, ktoré by mali byť dostupné pri poskytovaní e-služieb verejnej správy. Číselníky predstavujú vzostupne alebo zostupne usporiadaný rad číselných znakov, písmen a ich kombinácií. Tieto znaky sú priradené k určitému verbálnemu popisu javu alebo procesu nejakou základnou spoločnou charakteristikou. Vo väčšine prípadov neexistuje medzi jednotlivými prvkami číselníka nadradenosť či podradenosť.
Ministerstvo a Úrad vlády Slovenskej republiky takisto vypracujú model štatistického zisťovania údajov o informačných systémoch verejnej správy.
Agenda je v zmysle Národnej koncepcie informatizácie verejnej správy konkrétna, vecná oblasť príslušného úseku správy, ktorú vybavuje povinná osoba v súlade s kompetenciami, podmienkami, postupmi a ustanoveniami, uvedenými v osobitných predpisoch. Úsek správy je konkrétna vecná oblasť, v ktorej kompetencie, úlohy a povinnosti povinných osôb ustanovujú osobité predpisy.
Povinné osoby ako nositelia informácie, ktorú občan potrebuje doložiť ku konaniu pred orgánom verejnej správy alebo orgánom verejnej moci, uvedenú informáciu zabezpečia z vlastného alebo iného informačného systému verejnej správy, ak to technické podmienky interoperability dovoľujú a orgán takouto informáciou disponuje. 
Povinnosť predkladať koncepcie rozvoja informačných systémov sa už nebude vzťahovať na právnické osoby v zriaďovateľskej a zakladateľskej pôsobnosti povinných osôb a hlavne už nie na celú samosprávu, ale iba na vyššie územné celky, čím sa výrazne zníži zaťaženie týchto povinných osôb a táto povinnosť sa tak bude vzťahovať iba na tie subjekty, ktoré reálne zabezpečujú komplexnú agendu elektronickej verejnej správy pre územne a organizačne väčšie celky a nie na (malé) obce ani na mestá či mestské časti. 
Povinnosť vypracúvať a aktualizovať koncepciu však majú naďalej a ministerstvo si ju môže vyžiadať napr. za účelom aktualizácie Národnej koncepcie resp. pri príprave iných strategických materiálov a pri kontrole funkcionality ich informačných systémov. Právo predkladať koncepcie však obciam ostáva a napr. predloženie koncepcie je nevyhnutným predpokladom pre podanie  žiadosti o čerpanie prostriedkov zo Štrukturálnych fondov EÚ v rámci Operačného programu Informatizácia spoločnosti. Rozhodnutie o schválení koncepcie nie je rozhodnutím v správnom konaní.
K bodu 3 
Nový paragraf § 3a ustanovuje koncepciu rozvoja informačných systémov verejnej správy ako základný stavebný prvok tvorby a rozvoja týchto informačných systémov a dopĺňa tak predchádzajúce vágne ustanovenie v pôvodnom § 3. Náležitosti koncepcie ustanovuje ministerstvo. Koncepcie sú naviazané na Národnú koncepciu rozvoja informatizácie verejnej správy, ktorú schvaľuje vláda svojim uznesením a ktorá nemá pevne stanovenú dobu platnosti, čo umožňuje bezprostredne reagovať na aktuálne trendy vývoja informatizácie vo svete. Koncepcie sa neschvaľujú v správnom konaní, nakoľko sa nerozhoduje o právach a právom chránených záujmoch. Proti rozhodnutiu o schválení koncepcie nie je prípustný opravný prostriedok.
 
K bodom 4 až 10
Spresňujú sa povinnosti a kompetencie ministerstva vzhľadom na novo definované pojmy v zákone. Výkonom niektorých technických činností súvisiacich s realizáciou kontrolných právomocí môže ministerstvo poveriť inú právnickú osobu podľa osobitných predpisov (napr. Správu finančnej kontroly a pod.). Po dohode s ministerstvom môžu štandardy informačných systémov verejnej správy vydávajú aj povinné osoby, ktoré vydávajú štandardy na základe osobitných predpisov, napr. zdravotnícke štandardy, štandardy pre elektronický podpis, štandardy pre  geografický informačný systém.
Ministerstvo riadi a koordinuje informačnú bezpečnosť informačných systémov verejnej správy s výnimkou systémov kybernetického priestor, ak tak ustanoví osobitný predpis, ktorým by mal byť návrh zákona o kybernetickom priestore v gescii Národného bezpečnostného úradu. 
K bodom 11 až 13
Dopĺňa sa nová funkcia podania cez elektronickú podateľňu ústredného portálu ako centrálneho komunikačného bodu verejnosti s verejnou správou ako ekvivalent podania prostredníctvom elektronickej podateľne jednotlivých úradov, čím sa napĺňa jedna z nosných úloh ústredného portálu ako kľúčového prvku eGovernmentu. Úrad vlády SR sa definuje ako správca Govnetu.
K bodom 14 až 18
V oblasti informačných systémov sa pri štandardoch upresňuje ich vecný rozsah vzhľadom na novo zavádzané a spresnené definície a vypúšťajú sa duplicitné ustanovenia. Pôsobnosť štandardov sa rozširuje aj na spoločné moduly.
K bodom 19 až 21
Odpisy a výstupy sa vydávajú na požiadanie všetkých oprávnených osôb, ktoré majú právny nárok spojený s požadovaným úkonom, ako je to i v súčasnosti podľa príslušných predpisov. Pokiaľ sa nevyžaduje preukazovanie právneho nároku v zmysle osobitných predpisov, jeho preukazovanie sa ani podľa tohto zákona nevyžaduje. 
Integrované obslužné miesto vykonáva činnosti osvedčujúcej osoby. Povinnosť osvedčujúcej osoby na vydávanie výstupov je viazaná na technické možnosti pre takúto činnosť, pričom osvedčujúcou osobou ostáva subjekt bez ohľadu na tieto technické možnosti, čo jej dáva právo na zaradenie do systému, akonáhle ich bude spĺňať. 
 
K bodu 22
Zavádza sa osobitné ustanovenie popisujúce fungovanie integrovaného obslužného miesta (IOM), ktoré zahŕňa povinné osoby, ako aj notárov a držiteľov poštovej licencie na univerzálnu poštovú službu. Integrované obslužného miesta v súčasnosti platný zákon pozná, iba ich nijako nenazýva. Podľa zákona vykonávajú funkciu miesta jednotného kontaktu občanov a podnikateľov s verejnou správou, čo je moderný trend elektronickej verejnej správy, s cieľom priblíženia verejnej správy občanom a podnikateľom a znížiť náklady spojené s vybavovaním administratívne agendy. 
Rozširuje sa okruh IOM o držiteľov poštovej licencie na univerzálnu poštovú službu, čo je európsky trend rozširovania počtu tzv. jednotných obslužných miest a ich približovaniu verejnosti prostredníctvom certifikovaných poskytovateľov služieb, čím sa zároveň zníži objem agendy úradov a tým aj neúmerné čakacie lehoty na vybavenie. Novým prvkom je možnosť prostredníctvom integrovaného obslužného miesta uskutočniť aj podanie orgánom verejnej moci a verejnej správy, nielen žiadať elektronické výstupy z informačného systému verejnej správy, čím dochádza k obojstrannej komunikácii občanov a podnikateľov s verejnou správou, čo je trend modernej verejnej správy vo svete.
 
K bodu 23
Upravujú sa pokuty za porušenie zákona v súlade s princípom zníženia spodnej hranice a  zvýšenia hornej hranice pokút a spresňujú sa odkazy na porušenia jednotlivých hmotnoprávnych ustanovení z dôvodu ich presunov a doplnení o nové ustanovenia. Vzhľadom na nadobudnutie účinnosti zákona po 1. januári 2009 sa zmenila menová jednotka zo slovenských korún na euro.
 
K bodu 24
Vkladajú sa prechodné ustanovenia k úpravám účinným od 1. januára 2010. Na povinné osoby, ktoré už existujú ale ktoré neboli povinnými osobami podľa doterajšieho zákona, sa povinnosti vypracovať a predložiť koncepciu a zosúladenie so štandardmi ISVS vzťahujú od 1. októbra 2010. 
Povinné osoby zriadené alebo založené až po nadobudnutí účinnosti tohto zákona sú povinné predložiť koncepciu do šiestich mesiacov od svojho zriadenia alebo založenia.
Konanie o uložení pokuty podľa doterajších predpisov sa ukončí podľa tohto zákona. 
 
K bodu 25
Dopĺňa sa splnomocnenie pre ministerstvo na vydanie vykonávacieho predpisu pre štandardy, pre registráciu prevádzkovateľov integrovaných obslužných miest,  pre zriaďovanie a prevádzku integrovaných obslužných miest, pre obsah a spôsob predkladania zmien úsekov a agend do základného číselníka úsekov a agend verejnej správy a pre obsah a spôsob predkladania informácií do centrálneho metainformačného systému verejnej správy. 
Zároveň sa ministerstvo splnomocňuje vydať úplné znenie všeobecne záväzného právneho predpisu v Zbierke zákonov SR. 
 
K Čl. II 
Ako motivačný faktor pre používanie elektronických prostriedkov sa pre verejnosť zavádza 50% zľava zo správnych poplatkov za úkony a konania, ak sa vykonávajú na základe návrhu podaného elektronickými prostriedkami a podpísaného elektronickým podpisom alebo sú vykonané prostredníctvom IOM a platba za ne je zrealizovaná prostredníctvom ústredného portálu verejnej správy, pričom sa považuje za zrealizovanú nie okamihom zadania príkazu na platbu, ale až okamihom jej odpísania z účtu žiadateľa.
 
K Čl. III
Vypúšťa sa kompetencia ministerstva vnútra v oblasti automatizovaného informačného systému miestnej štátnej správy, nakoľko takýto systém už neexistuje.
 
K Čl. IV
Dáva sa splnomocňovacie ustanovenie pre predsedu Národnej rady Slovenskej republiky na vydanie úplného znenia zákona č. 275/2006 Z. z. v znení neskorších predpisov.
 
K Čl. V
Účinnosť zákona sa navrhuje 1. januára 2010, okrem povinnosti zverejňovať informácie o informačných systémoch verejnej správy prostredníctvom centrálneho metainformačného systému verejnej správy a okrem výmeny informácií medzi informačnými systémami verejnej správy, z dôvodu nevyhnutnej časovej rezervy na technologické prispôsobenie svojich informačných systémov podmienkam zákona. Táto lehota sa predlžuje na 1. januára 2011.