Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu 

Názov časti								     Strana č.

Úvod

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky..     1   
     
2. Základné definície a pojmy .......................................................      2

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia Kohézneho fondu a ich zodpovednosti .............................................................     4 
	3.1 	Riadiaci orgán ...........................................................................................        5
	3.2 	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom .................................        6
	3.3	Implementačný orgán ................................................................................	      7
3.4	Platobný orgán ...........................................................................................       8      
3.5	Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom ...............................       10
3.6	Monitorovací výbor pre Kohézny fond .....................................................      10 
3.7	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci .................................... 	    11
3.8	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva 
financií SR .................................................................................................      11
3.9	      Kontrolné útvary ministerstiev ..................................................................      11	
3.10 	Správy finančnej kontroly ..........................................................................      11
3.11	Útvary vnútorného auditu ministerstiev .....................................................      12

4. Financovanie z Kohézneho fondu ...............................................   13                                              

	4.1 	Podpora z Kohézneho fondu  .....................................................................      13
4.2	     Rozsah, forma a oprávnenosť podpory ......................................................      13   
4.3	     Obmedzenia pre využívanie prostriedkov z Kohézneho fondu .................      14
4.4	Finančné plánovanie ..................................................................................      14
4.5	Programové rozpočtovanie ........................................................................      15 
4.6	Rozpočtové záväzky ES a ich stanovenie ..................................................      15  
4.7	Systém informačných a finančných tokov .................................................      16
4.7.1	Toky žiadostí o platbu ....................................................................      16
4.7.2	Platby  z Európskej komisie .............................................. ............      16
4.7.3	Platby konečným prijímateľom ......................................................      19                 
4.7.4	Presuny finančných prostriedkov ...................................................      19 
4.8	Certifikácia ................................................................................................       20
4.9	Nezrovnalosti .............................................................................................       22
	4.9.1   Opravy financovania a vrátenie prostriedkov .................................      23
	4.9.2   Správy o nezrovnalostiach ...............................................................      24
4.10     Používanie mien a kurzové rozdiely ..........................................................      26
4.11 	Daň z pridanej hodnoty ..............................................................................      26
4.12	Zmluva s konečným prijímateľom ..............................................................     26
4.13 	Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia ........................................      27

5. Monitorovanie a elektronická výmena informácií......................    28

6. Finančná kontrola a vnútorný audit ............................................    29

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu ........................................................       30
6.2	Kontrola vzoriek projektov (minimálna 15 % kontrola celkových oprávnených nákladov schválených projektov)...............................................................       30
6.3	Následná finančná kontrola .......................................................................       32 
6.4	Prehlásenie o ukončení pomoci .................................................................       33
6.5	Vnútorný audit............................................................................................       34

Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu 

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentami, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, ktoré vyplývajú z nariadenia Rady č. 3906/89/EHS z 18.12.1989 ako aj jeho dodatku nariadenia Rady č. 1764/93/EHS
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4.10.1993
b)	Základné právne predpisy ES 
•	Šieste rozhodnutie Rady 77/388/EHS o harmonizácii zákonov členských štátov týkajúcich sa daní z obratu – spoločný systém dane z pridanej hodnoty
•	Finančné nariadenie č. 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 o všeobecnom rozpočte Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie Rady č. 90/610/EHS doplňujúce Finančné nariadenie č. 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 aplikovateľné na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie č. 93/3418/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu niektorých ustanovení Finančného nariadenia č. 77/1231/EHS z 21. decembra 1977
•	Nariadenie Rady č. 94/1164/ES zakladajúce Kohézny fond zo 16. mája 1994
•	Nariadenie Európskej komisie č. 94/1831/ES týkajúce sa porušenia predpisov a vrátenia súm neoprávnene vyplatených v súvislosti s financovaním Kohézneho fondu a organizácie informačného systému v tejto oblasti z 26. júla 1994
•	Nariadenie Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev z 18. decembra 1995
•	Nariadenie  Rady č. 96/2185/ES o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou za účelom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
•	Rozhodnutie Európskej komisie č. 96/455/ES z 25. júna 1996, týkajúce sa opatrení pre informovanie a zverejňovanie, ktoré budú musieť vykonávať členské štáty a Európska komisia v súvislosti s aktivitami Kohézneho fondu podľa nariadenia Rady (ER) č. 1164/ 94
•	Nariadenie Rady č. 99/1264/ES, ktoré mení a dopĺňa nariadenie Rady č. 94/1164/ES z 21. júna 1999
•	Nariadenie Rady č. 99/1265/ES, ktoré mení a dopĺňa prílohu II nariadenia Rady č. 94/1164/ES z 21. júna 1999 
•	Oznámenie Európskej komisie č. 99/C267/02/ES k štrukturálnym fondom a ich koordinácii s Kohéznym fondom z roku 1999
•	Nariadenie Rady č. 2001/762/ES, ktorým sa mení Finančné nariadenie č. 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 o všeobecnom rozpočte Európskych spoločenstiev ohľadne oddelenia funkcií vnútorného auditu od predbežnej finančnej kontroly zo dňa 9. apríla 2001
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2002/1386/ES, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie nariadenie Rady č. 94/1164/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci Kohézneho fondu a postupy pre vykonávanie finančných opráv    

c)	Základné právne predpisy SR
•	Zákon NR SR č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Zákon NR SR č. 278/1993 Z .z. o správe majetku štátu v znení neskorších predpisov
•	Zákon NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 254/1998 Z. z. o verejných prácach
•	Zákon č. 263/1999 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení zákona č. 150/2001 Z. z.
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 386/2002 Z. z.
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve

d)	Ostatné dokumenty 
•	Uznesenie vlády SR č. 240/2001 k Národnému plánu regionálneho rozvoja SR 
•	Uznesenie vlády SR č. 1154/2001 k Prioritným úlohám vlády SR vyplývajúcim z Pravidelnej správy Európskej komisie o pripravenosti Slovenskej republiky na členstvo v EÚ
•	Uznesenie vlády SR č. 15/2002 k Správe o príprave zavedenia štrukturálnych fondov EÚ na Ministerstve financií SR za rok 2001
•	Uznesenie vlády SR č. 133/2002 k návrhu rozhodnutia o finálnej podobe Národného plánu regionálneho rozvoja Slovenskej republiky (rozhodnutie medzi CSF a SPD)
•	Uznesenie vlády SR č. 606/2002 k Návrhu obsahového a organizačného zabezpečenia vypracovania Národného rozvojového plánu SR 
•	Uznesenie vlády SR č. 678/2002 k Správe o zabezpečení uzavretia kapitoly 21 – Regionálna politika a koordinácia štrukturálnych nástrojov

2. Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia Kohézneho fondu sa rozumie:
a)	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie pomoci z Kohézneho fondu na všetkých úrovniach.
b)	Certifikácia – potvrdenie správnosti a oprávnenosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly Kohézneho fondu.
c)	Finančný plán projektu Kohézneho fondu – plán obsahujúci celkové financovanie projektu počas trvania jeho realizácie podľa zdrojov financovania.
d)	Implementačný orgán – útvar zriadený na vecne príslušnom ministerstve (Ministerstvo životného prostredia SR) alebo na to určenom orgáne (Slovenská správa ciest, Železnice SR), ktorý je zodpovedný za implementáciu projektov Kohézneho fondu v zmysle platných pravidiel a predpisov EÚ a SR. V prípade, že implementačný orgán nie je konečným prijímateľom (MŽP SR), budú do implementácie projektov zahrnuté aj orgány a podniky, ktoré sa na nej podieľajú. 
e)	Iniciatívy ES – forma pomoci ES zo štrukturálnych fondov, ktorá sa týka cezhraničnej, transregionálnej a transnacionálnej spolupráce (INTERREG), hospodárskej a spoločenskej obnovy zaostalých  miest a mestských oblastí (URBAN), rozvoja vidieka (LEADER) alebo medzištátnej spolupráce na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce (EQUAL). 
f)	Kohézny fond – fond určený pre členské krajiny ES, u ktorých hodnota HDP na obyvateľa je nižšia ako 90 % priemeru ES. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
g)	Konečný prijímateľ - orgán, organizácia, právnická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu.  V prípade rezortu dopravy sú koneční prijímatelia zároveň implemetačnými orgánmi (Slovenská správa ciest, Železnice SR). Implementačný orgán v prípade rezortu životného prostredia môže delegovať svoju zodpovednosť za obstarávanie alebo iné záležitosti na konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ participuje na výberovom konaní v súlade s pravidlami ES. Vykonáva dohľad nad realizáciou projektu zhotoviteľom.
h)	Monitorovací výbor pre Kohézny fond – orgán zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii jednotlivých projektov Kohézneho fondu, ktorý je zložený zo zástupcov EK, riadiaceho orgánu, platobného orgánu, implementačných orgánov, sprostredkovateľkých orgánov, medzinárodných finančných a úverových inštitúcií a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca menovaný riadiacim orgánom.
i)	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne realizované v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme výdavkov konečného prijímateľa, a ktoré boli realizované v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES.
j)	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci (Winding-up Body) – nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci pre každý projekt financovaný z Kohézneho fondu, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. 
k)	Platobný orgán - orgán zodpovedný za príjem a prevod prostriedkov ES konečným prijímateľom a za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie.
l)	Riadiaci orgán - orgán zodpovedný za všeobecné riadenie a koordináciu operácií Kohézneho fondu na národnej úrovni.
m)	Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom – samostatný útvar zriadený na vecne príslušnom ministerstve (Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR) vykonávajúci určité úlohy delegované z platobného orgánu. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii platobného orgánu.
n)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – orgán zriadený ako samostatný útvar na vecne príslušnom ministerstve (Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR), ktorý zodpovedá za riadenie  Kohézneho fondu za príslušnú oblasť (doprava alebo životné prostredie) a vykonáva určité úlohy delegované z riadiaceho orgánu. Zodpovedá za posudzovanie, hodnotenie, výber a predkladanie projektov životného prostredia, resp. dopravnej infraštruktúry a vypracovanie finančných plánov pre projekty. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii riadiaceho orgánu.
o)	Štátna pokladnica – inštitúcia zabezpečujúca centralizáciu príjmov a realizáciu výdavkov štátneho rozpočtu, verejného rozpočtu a dennú likviditu štátneho rozpočtu. 
p)	Štrukturálne fondy – finančné nástroje ES (Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond – usmerňovacia sekcia - EAGGF, Európsky fond regionálneho rozvoja - ERDF, Európsky sociálny fond – ESF a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu - FIFG), ktoré prispievajú k dosiahnutiu cieľov štrukturálnej politiky Európskej únie. 
q)	Zmluva o delegovaní právomocí z platobného/riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod platobným/riadiacim orgánom – podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán. Písomná zmluva môže byť uzavretá len so subjektami, ktoré majú právnu subjektivitu. V prípade, ak zmluvné strany sú organizačnými zložkami toho istého ministerstva, zmluvu nahrádza rozhodnutie ministra, v rámci ktorého budú presne definované práva a povinnosti jednotlivých orgánov.
r)	Zmluva s konečným prijímateľom – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného z Kohézneho fondu v sektore životného prostredia, uzatvorená medzi implementačným orgánom a konečným prijímateľom, určujúca podmienky poskytnutia podpory ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán. 
s)	Zhotoviteľ - právnická alebo fyzická osoba, ktorá sa na základe zmluvy s konečným prijímateľom, resp. implementačným orgánom podieľa na realizácii projektu. 
t)	Zúčtovací doklad – doklad dokazujúci uskutočnenie výdavku, t.j. doklad o uskutočnení plnenia dodávky stavby, tovaru alebo služby a o jeho zaplatení zo strany konečného prijímateľa. 

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia Kohézneho fondu a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia Kohézneho fondu sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	Riadiaci orgán, 
-	Platobný orgán,
-	Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim alebo platobným orgánom,
-	Implementačné orgány
-	Monitorovací výbor pre Kohézny fond,
-	Orgán vydávajúci prehlásenia o ukončení pomoci,
-	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR,
-	Kontrolné útvary príslušných ministerstiev, 
-	Správy finančnej kontroly,
-	Útvary vnútorného auditu príslušných ministerstiev.

Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov z Kohézneho fondu je prísne oddelenie implementačnej a platobnej funkcie. 

3.1 	Riadiaci orgán
Za riadiaci orgán pre Kohézny fond bolo uznesením vlády SR č. 678/2002 určené Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR. 
Riadiaci orgán pre Kohézny fond je zodpovedný predovšetkým za nasledujúce úlohy:
•	vypracovanie strategického programovacieho dokumentu pre Kohézny fond;
•	koordináciu súladu pomoci z Kohézneho fondu s politikami ES a pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	koordináciu projektov v rámci Kohézneho fondu pripravovaných jednotlivými rezortmi - tvorba vhodnej rovnováhy medzi projektmi dopravnej infraštruktúry a životného prostredia;
•	zabezpečenie dôkladného hodnotenia projektov pred rozhodnutím EK o poskytnutí pomoci, aby socio-ekonomický prínos projektov odpovedal vynaloženým zdrojom; 
•	zhromažďovanie finančných a štatistických informácií o vykonávaní pomoci pre ukazovatele monitorovania, hodnotenia a odovzdávanie týchto údajov v súlade s dohodnutými mechanizmami medzi členskými štátmi a Európskou komisiou, vrátane počítačových systémov umožňujúcich výmenu dát;
•	poskytovanie potrebných informácií ES, realizovanie opatrení na primeranú propagáciu ES a Kohézneho fondu;
•	zabezpečovanie informovania verejnosti o aktivitách, súvisiacich s pomocou ES z Kohézneho fondu;
•	dohľad nad projektmi, realizovanými príslušnými orgánmi pre  zabezpečenie ich vysokej kvality;
•	určenie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
•	zabezpečenie správnosti vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi projektmi, ich predkladanie na schválenie Monitorovaciemu výboru pre Kohézny fond, následne na vyjadrenie Ministerstvu financií a na schválenie vláde SR v prípade, že ide o presuny prostriedkov medzi kapitolami Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR;
•	 monitorovanie implementácie projektov a vykonávanie ostatných činností v súvislosti s monitorovaním;
•	monitorovanie činnosti implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
•	predkladanie záverečných správ Európskej komisii, po ich schválení Monitorovacím výborom pre Kohézny fond;
•	predkladanie výročných správ o dosiahnutom pokroku jednotlivých projektov Európskej komisii, po ich schválení Monitorovacím výborom pre Kohézny fond;
•	zabezpečovanie finančnej kontroly prostriedkov Kohézneho fondu a prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu;
•	overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov na každej úrovni implementačného systému;
•	overenie a predkladanie výkazov výdavkov od implementačného orgánu, správ o certifikácii a odhadu čerpania očakávaných výdavkov na základe podkladov od implementačných orgánov platobnému orgánu;
•	predkladanie ním schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu sprostredkovateľským orgánom pod platobným orgánom; 
•	uchovávanie a dodržiavanie audit trailu na každej úrovni riadenia Kohézneho fondu;
•	predsedanie rokovaniam Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond;
•	predkladanie potrebných informácií k štvrťročným „Správam o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ a „Správam o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ platobnému orgánu na základe podkladov získaných od implementačných orgánov;
•	okamžité informovanie platobného orgánu o zistených nezrovnalostiach;
•	organizovanie hodnotenia po realizácii pomoci. 

Riadiaci orgán môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a implementačné orgány. Delegovanie právomocí musí byť upravené zmluvou o delegovaní právomocí, ktorú riadiaci orgán poskytne platobnému orgánu pre informáciu.  Celková zodpovednosť za zabezpečenie správnosti operácií však naďalej zostáva na riadiacom orgáne. 

3.2 Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
Sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom sú útvary zriadené v rámci organizačnej štruktúry Ministerstva životného prostredia SR za sektor životného prostredia a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR za sektor dopravy. Za Ministerstvo životného prostredia SR vykonáva túto funkciu odbor sektorového koordinátora zahraničnej pomoci ako samostatný útvar priamo podriadený vedúcemu úradu. Funkciu sprostredkovateľského orgánu v rámci Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR zabezpečuje odbor zahraničnej pomoci. 
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú zodpovedné predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	definovanie cieľov a priorít investícií pre stanovené programovacie obdobie, vrátane finančného plánu pre dané obdobie;
•	evidenciu všetkých projektov, ktoré sú iniciované, posudzované alebo prijímané na danom ministerstve;
•	programovanie, posudzovanie a odporúčanie projektov Európskej komisii;
•	spracovanie a spravovanie jednotnej bázy všetkých projektov, vedenie databázy zdrojov financovania projektov a databázy kritérií zdrojov financovania projektov;
•	predkladanie návrhov projektov riadiacemu orgánu;
•	kvalitu predkladaných projektov do vlády SR a EK;
•	zabezpečenie analýzy nákladov a výnosov pripravovaných projektov, vrátane priamych a nepriamych vplyvov na zamestnanosť;
•	vypracovanie finančných plánov projektov v spolupráci s konečným prijímateľom;
•	poskytovanie informácií o ekonomickej výhodnosti pripravovaných projektov a ich hospodárskych a sociálnych prínosov v strednodobom horizonte, ktoré musia byť úmerné použitým zdrojom;
•	zabezpečenie spolufinancovania projektov zo štátneho rozpočtu;
•	overovanie spolufinancovania projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a ostatných národných zdrojov;
•	overovanie súladu projektu s národnými pravidlami a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí;
•	zabezpečenie súladu projektu s národnou stratégiou v danej oblasti;
•	zabezpečenie publicity o príležitostiach, ktoré pomoc ES ponúka pre prípadných konečných príjemcov;
•	informovanie verejnosti o príslušnej pomoci ES a o jej výsledkoch na svojom úseku;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond.

3.3 Implementačný orgán
Výkonom funkcie implementačných orgánov boli poverené súčasné implementačné agentúry pre predvstupový program ISPA. Za sektor dopravy bude túto činnosť vykonávať Slovenská správa ciest a Železnice Slovenskej republiky, za sektor životného prostredia Implementačná agentúra environmentálnych investičných projektov ako samostatná organizačná zložka v rámci Ministerstva životného prostredia SR. 
Implementačné orgány sú zodpovedné predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	riadne, administratívne a technické riadenie a monitorovanie projektov, ktoré realizujú v spolupráci s konečným prijímateľom; 
•	uzatváranie zmlúv s konečným prijímateľom o financovaní projektu (neplatí v prípade projektov  dopravnej infraštruktúry);
•	organizovanie výberových konaní;
•	vykonávanie predbežnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa kontrolu žiadostí o platbu, súlad žiadostí s  finančným plánom, kontrolu oprávnenosti výdavkov a  overovanie faktúr preplatených zo strany konečného prijímateľa;
•	vykonávanie priebežnej kontroly počas realizácie projektu;
•	predkladanie žiadostí o platbu konečných prijímateľov riadiacemu orgánu;
•	vyplnenie a predkladanie výkazu výdavkov a správ o certifikácii na svojej úrovni riadiacemu orgánu;
•	podávanie informácií riadiacemu orgánu o dosiahnutom finančnom a fyzickom pokroku pri realizácii projektu, aby ten mohol následne predkladať platobnému orgánu žiadosti o platbu v súlade s finančným plánom projektu;
•	monitorovanie implementácie projektov u konečných prijímateľov (neplatí v prípade projektov dopravného sektora);
•	prehlásenie riadiacemu orgánu, že poskytnuté informácie sú úplné a preukazné, t.j. správne, podložené originálmi dokumentov implementačného orgánu;
•	zamedzenie výskytu nezrovnalostí a za svoj úsek a zo strany konečných prijímateľov a podniknutie krokov smerujúcich k ich odstráneniu;
•	realizáciu projektov smerujúcu k ich úspešnému ukončeniu;
•	predkladanie správ o implementácii jednotlivých projektov riadiacemu orgánu, ktoré sú podkladom pre vypracovanie každoročnej monitorovacej správy;
•	vypracovanie výročných správ o dosiahnutom pokroku jednotlivých projektov a ich predkladanie riadiacemu orgánu;
•	vypracovanie záverečných správ o ukončení projektov a ich predkladanie riadiacemu orgánu;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond;
•	predkladanie potrebných informácií k štvrťročným „Správam o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ a „Správam o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ riadiacemu orgánu;
•	okamžité informovanie platobného orgánu o zistených nezrovnalostiach. 

3.4 	Platobný orgán
Funkciou platobného orgánu bolo v zmysle uznesenia vlády SR č. 133 z 13. februára 2002 poverené Ministerstvo financií SR. V rámci MF SR zabezpečuje túto funkciu oddelenie ISPA a Kohézneho fondu v rámci útvaru Národného fondu.
Platobný orgán je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	koordináciu prípravy všetkých pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	zostavovanie žiadostí o platbu Európskej komisii na základe žiadostí predložených riadiacim orgánom;
•	zostavovanie, certifikácia a predloženie  výkazu výdavkov Európskej komisii na základe riadiacim orgánom potvrdených a predložených výkazov výdavkov na úrovni programu a správ o certifikácii vypracovaných a schválených riadiacim orgánom;
•	pred  certifikáciou získanie uistenia, že:
-	postupy riadiaceho orgánu, implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom zabezpečujú, aby výkaz výdavkov zahŕňal výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti,
-	boli vykonané kontroly dodávok spolufinacovaných stavieb, tovarov a služieb, 
-	nárokované výdavky sú reálne, 
-	postupovalo sa v súlade s predpismi ES, 
-	existuje podporná dokumentácia, 
-	uchováva a dodržiava sa audit trail;
•	zostavovanie a predloženie aktualizovaných predpovedí výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe predpovedí vypracovaných riadiacim orgánom v spolupráci s implementačnými orgánmi;
•	zabezpečenie vypracovania audit trailu na každej úrovni  riadenia Kohézneho fondu;
•	vedenie knihy dlžníkov;
•	vykonávanie finančnej kontroly;
•	vrátenie neoprávnene použitých platieb Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	predkladanie „Bezodkladnej správy o nezrovnalostiach“ Európskej komisii;
•	predkladanie štvrťročnej „Správy o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ Európskej komisii;
•	predkladanie štvrťročnej „Správy o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ Európskej komisii;
•	predkladanie osobitnej „Správy o výške nevymožených čiastok“ Európskej komisii;
•	metodické riadenie sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctvo a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR.

Platobný orgán deleguje výkon niektorých  svojich funkcií na sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom. Rozsah týchto právomocí je stanovený v zmluve o delegovaní právomocí. Celková zodpovednosť za delegované právomoci  zostáva na platobnom orgáne. Platobný orgán nemôže na sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom delegovať certifikáciu výdavkov Európskej komisii, predkladanie žiadosti o platbu z EK a príjem prostriedkov z EK.

3.5 Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom
Funkciu sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom budú vykonávať samostatné útvary v rámci rezortných ministerstiev – Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR. 
Úlohy a zodpovednosti sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom, ktoré môžu byť delegované z platobného orgánu:
•	zabezpečenie prevodu prostriedkov ES a prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom; 
•	vrátenie neoprávnene použitých prostriedkov ES platobnému orgánu, vrátane úrokov z omeškania;
•	predkladanie potrebných informácií k štvrťročným „Správam o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ a „Správam o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ riadiacemu orgánu;
•	okamžité informovanie platobného orgánu o zistených nezrovnalostiach; 
•	vykonávanie predbežnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa kontrolu žiadostí o platbu, súlad žiadostí s finančným plánom a kontrolu požadovaných dokumentov predložených riadiacim orgánom (kópie zúčtovacích dokladov a iná podporná dokumentácia);
•	vykonávanie priebežnej kontroly počas realizácie projektu;
•	vyplnenie a predkladanie výkazu výdavkov a správ o certifikácii na svojej úrovni platobnému orgánu;
•	predkladanie súhrnných žiadostí o platbu platobnému orgánu;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctvo a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR;
•	mesačné predkladanie kópie výpisu zo svojho výdavkového účtu platobnému orgánu.     

3.6 	Monitorovací výbor pre Kohézny fond
Monitorovací výbor pre Kohézny fond zriaďuje riadiaci orgán po dohode s príslušnými sprostredkovateľskými orgánmi a ostatnými partnermi. 
Monitorovací výbor pre Kohézny fond je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	monitorovanie plnenia realizácie projektov; 
•	predkladanie správ o dosiahnutom pokroku jednotlivých projektov Európskej komisii v lehote troch mesiacov od konca každého celého roka doby implementácie; 
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu obsahu rozhodnutia Európskej komisie o príspevku z Kohézneho fondu;
•	navrhovanie riadiacemu orgánu akejkoľvek úpravy alebo preskúmania pomoci;
•	schvaľovanie realokácie prostriedkov medzi projektmi.

3.7 	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci
Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci z Kohézneho fondu pre jednotlivé projekty, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, implementačných orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobným orgánom a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Vzhľadom k tomu, že Najvyšší kontrolný úrad SR najlepšie spĺňa požiadavky na zabezpečenie takejto činnosti (má skúsenosti v aplikácii štandardov INTOSAI, s certifikáciou pre program SAPARD), bude vypracovávať a vydávať prehlásenia o ukončení pomoci z Kohézneho fondu. 

3.8	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR
Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu zriadený na Ministerstve financií SR v priamej riadiacej pôsobnosti štátneho tajomníka je centrálnou metodickou jednotkou pre finančnú kontrolu a vnútorný audit. Útvar je zodpovedný najmä za:
•	metodické usmerňovanie finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledku finančných kontrol a ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a na ich základe vypracovávanie ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol a vnútorného auditu a jej predloženie vláde SR;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy finančných kontrolórov a vnútorných audítorov;
•	plnenie úloh kontaktného orgánu s EK za oblasť finančnej kontroly, vnútorného auditu a ďalších úloh vyplývajúcich z medzinárodných dohôd.

3.9 	Kontrolné útvary ministerstiev 
Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú platobný orgán, riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány a implementačné orgány, zodpovedajú za nasledovné úlohy:
•	vykonávanie kontroly vzoriek operácií a projektov (minimálnej 15 % kontroly celkových oprávnených výdavkov schválených projektov) pred ukončením pomoci zohľadňujúc rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR a EÚ;
•	vykonávanie následnej finančnej kontroly;
•	kontrolu dodržiavania všeobecne záväzných právnych predpisov pri vykonávaní finančnej kontroly;
•	kontrolu dodržiavania zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorú vykonáva kontrolný útvar MF SR.

3.10 Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly sú rozpočtové organizácie so sídlom v Bratislave, Zvolene a Košiciach s pôsobnosťou v územných obvodoch v jednotlivých krajoch SR. V zmysle zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov sú v rozsahu svojej pôsobnosti samostatnými kontrolnými orgánmi, ktoré:
•	vykonávajú následnú finančnú kontrolu:
-	v štátnych rozpočtových organizáciách a v štátnych príspevkových organizáciách,
-	prostriedkov štátneho rozpočtu a prostriedkov štátnych fondov poskytnutých obciam, iným právnickým osobám a fyzickým osobám,
-	prostriedkov Európskych spoločenstiev (vrátane prostriedkov z Kohézneho fondu) a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv;
•	vymáhajú odvody a penále za neoprávnené použitie alebo zadržanie prostriedkov štátneho rozpočtu, štátnych fondov, Európskych spoločenstiev (vrátane prostriedkov z Kohézneho fondu) a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv“;
•	spoluprácujú s Európskou komisiou a Účtovným dvorom Európskych spoločenstiev pri plnení záväzkov vyplývajúcich z medzinárodnej zmluvy;
•	vykonávajú kontroly vzoriek operácií a projektov (minimálnej 15 % kontroly celkových oprávnených výdavkov schválených projektov) pred ukončením pomoci zohľadňujúc rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR a EÚ.

3.11 	Útvary vnútorného auditu ministerstiev 
Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú platobný orgán, riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány a implementačné orgány, zodpovedajú za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vykonávanie vnútorného auditu všetkých činností auditovaného subjektu, najmä tých, s ktorými sú vzhľadom na ich charakter, rozsah a spôsob realizácie spojené riziká; 
•	po vykonaní vnútorného auditu vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu, ktoré obsahujú najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom a odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov;
•	odovzdanie správ o vykonaní vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a vedúcemu príslušného ústredného orgánu.  Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho  riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá útvar vnútorného auditu správu o vykonaní vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.
Vnútorný audítor je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy a v rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. Postavenie vnútorného audítora je nezávislé, pretože pri výkone svojej činnosti je viazaný len ústavou, zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. Vnútorného audítora Ministerstva financií SR vymenováva a odvoláva minister financií a vnútorného audítora iného ústredného orgánu vo všeobecnosti vymenováva a odvoláva vedúci tohto ústredného orgánu po prerokovaní s ministrom financií. Vnútorná kontrola a vnútorný audit sú na sebe organizačne nezávislé, avšak v záujme plnenia cieľov a zámerov ústredného orgánu  navzájom spolupracujú.

4. Financovanie z Kohézneho fondu

4.1 	Podpora z Kohézneho fondu
Podpora z Kohézneho fondu zahŕňa projekty, etapy projektu, ktoré sú technicky a finančne nezávislé, skupiny projektov alebo schémy projektov životného prostredia a dopravnej infraštruktúry. Podpora zahrňuje projekty, ktoré sledujú dosiahnutie cieľov stanovených v Zmluve o Európskej únii pre oblasť životného prostredia a transeurópskych dopravných infraštrukturálnych sietí v členských štátoch s HDP na obyvateľa nižším ako 90 % priemeru ES. Z Kohézneho fondu sa môžu financovať aj predbežné a technické štúdie, štúdie uskutočniteľnosti projektu a projekty odbornej pomoci.
Podpora bude poskytnutá pre:
•	projekty životného prostredia umožňujúce dosiahnuť súlad s požiadavkami právnych predpisov ES v oblasti životného prostredia a prioritami určenými pre politiku ochrany životného prostredia ES v oblasti životného prostredia a trvalo udržateľného rozvoja;
•	projekty dopravnej infraštruktúry všeobecného záujmu, ktoré presadzujú trvalo udržateľné spôsoby mobility, najmä tie, ktoré spadajú do rámca pokynov prijatých v Rozhodnutí Komisie č. 1692/96/ES o rozvoji transeurópskej dopravnej siete.
Podpora môže byť poskytnutá aj pre:
•	predbežné štúdie súvisiace s vhodnými projektmi, vrátane tých, ktoré sú nevyhnutné na ich implementáciu
•	opatrenia odbornej pomoci, vrátane propagačných a informačných akcií, najmä:
-	horizontálne projekty ako komparatívne štúdie na hodnotenie vplyvov pomoci ES,
-	projekty a štúdie, ktoré prispievajú k posudzovaniu, monitorovaniu, dozoru a hodnoteniu alebo kontrole projektov a k posilneniu a zabezpečeniu koordinácie a súladu s Partnerstvom pre vstup,
-	projekty a štúdie na zabezpečenie efektívneho riadenia a implementácie projektov a na prijatie potrebných úprav.
Zodpovednosť za konečný výber projektov a stanovenie výšky jeho financovania prislúcha Európskej komisii, ktorá každý projekt schvaľuje prijatím zvláštneho rozhodnutia.

4.2 Rozsah, forma a oprávnenosť podpory	
Indikatívna alokácia z celkových zdrojov fondu pre jednotlivé členské štáty sa stanovuje na základe presných a objektívnych kritérií, najmä počtu obyvateľov, HDP na obyvateľa a s ohľadom na zvýšenie národnej prosperity, ktorá sa dosiahla v predchádzajúcom období, ako aj s ohľadom na rozlohu. Pritom je potrebné vziať do úvahy aj ďalšie socio-ekonomické ukazovatele, ako napr. nedostatočnú dopravnú infraštruktúru.
Rozsah financovania zo zdrojov ES môže dosiahnuť 80 - 85 % verejných alebo ekvivalentných výdavkov, vrátane výdavkov orgánov, ktorých aktivity sa realizujú v rámci administratívneho alebo právneho rámca, prostredníctvom ktorého sa považujú za ekvivalentné verejným orgánom. Od roku 2000 možno túto výšku znížiť s cieľom zohľadniť, v spolupráci s členským štátom, odhadované výnosy z projektov a uplatnenie princípu „znečisťovateľ platí“. 
Európska komisia podporuje úsilie členských štátov o čo najvyšší účinok prostriedkov Kohézneho fondu tým, že podporuje väčšie využitie súkromných zdrojov financovania zo strany konečného prijímateľa.
Ak je pomoc poskytnutá pre projekt prinášajúci výrazný čistý zisk, Európska komisia v spolupráci s členským štátom stanoví výšku podpory s prihliadnutím k zisku. Projektom prinášajúcim zisk sa rozumie:
-	infraštruktúry, z využívania ktorej vyplývajú poplatky hradené priamo konečnému prijímateľovi,
-	produktívne investície v oblasti ochrany životného prostredia.
Predbežné štúdie a projekty technickej podpory sa môžu financovať výnimočne až do výšky 100 % celkových nákladov.

4.3 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov z Kohézneho fondu
Pri financovaní z Kohézneho fondu musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové náklady každého projektu nemajú byť v princípe nižšie ako 10 mil. EUR. V riadne zdôvodnených prípadoch, berúc do úvahy osobitné okolnosti, môžu byť celkové náklady na projekty nižšie ako 10 mil. EUR;
•	celková národná alokácia z Kohézneho fondu musí byť rovnomerne rozdelená medzi rezorty životného prostredia a dopravy; 
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu a Kohézneho fondu;
•	podpora pre opatrenia odbornej pomoci nesmie prekročiť 0,5 % z príspevku Kohézneho fondu;
•	súčet kombinovanej pomoci z Kohézneho fondu a inej pomoci ES (tých, okrem štrukturálnych fondov, iniciatív ES a záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu) poskytnutej pre projekt nesmú presiahnuť 90 % celkových výdavkov na projekt.

4.4 	Finančné plánovanie
Prostriedky ES z Kohézneho fondu sú alokované na základe finančných plánov pre každý projekt. Za vypracovanie finančných plánov pre jednotlivé projekty sú zodpovedné príslušné sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom v spolupráci s konečnými prijímateľmi. 
Projekty financované z Kohézneho fondu sa vzhľadom na svoj rozsah realizujú počas viacerých rokov. V tejto súvislosti plní veľmi dôležitú úlohu finančné plánovanie, ktoré musí zabezpečiť, aby mohol byť projekt financovaný priebežne počas celej doby jeho realizácie.
Finančný plán projektu je vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom v spolupráci s konečným prijímateľom a je súčasťou zmluvy s konečným prijímateľom. Kontrolu dodržiavania finančného plánu zabezpečuje implementačný orgán a riadiaci orgán. Jedno vyhotovenie finančného plánu sa predkladá platobnému orgánu.

4.5     Programové rozpočtovanie 
Prostriedky Kohézneho fondu sú rozpočtované účelovo v rozpočte príslušného ministerstva (Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR) zodpovedného za realizáciu jednotlivých projektov ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom.
V rámci programového rozpočtovania  budú projekty Kohézneho fondu zaradené do špeciálneho medzirezortného programu v rámci programovej štruktúry Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR ako gestora. Do tohto programu budú po vstupe do EÚ zaraďované všetky projekty týkajúce sa financovania z Kohézneho fondu v zmysle programového rozpočtovania. Opatrenia, ktoré budú v rámci medzirezortného programu plniť jednotlivé ministerstvá ako účastníci medzirezortného programu, sa uvedú v programových štruktúrach týchto ministerstiev v rámci ich programov podľa vecného obsahu programu na úrovni projektov.
Agregovanie údajov za všetky projekty/prvky v rámci medzirezortného programu podľa jednotlivých ministerstiev sa zabezpečuje pomocou kódovania v Rozpočtovom informačnom systéme.

4.6	Rozpočtové záväzky ES a ich stanovenie  
Príspevky určené na financovanie prostredníctvom Kohézneho fondu sú stanovené Európskou komisiou vo výške špecifikovanej v príslušnom rozhodnutí Európskej komisie. Rozpočtové záväzky EK sa vzťahujú na schválené projekty. Dĺžka platnosti záväzku sa stanoví podľa povahy projektu a konkrétnych podmienok jeho realizácie. 
Záväzky ES tvoria zvláštnu položku vo všeobecnom rozpočte ES. Záväzky k projektom, ktorých realizácia má prebiehať najmenej 2 roky, sa uskutočňujú v ročných splátkach. Záväzky k projektom, ktorých realizácia ma prebiehať v období kratšom ako 2 roky, alebo keď pomoc ES predstavuje menej ako 50 mil. EUR, možno po schválení stanoviť prvý ročný záväzok na daný projekt na 80 % z celkovej výšky podpory. Zostatok sumy možno rozdeliť podľa priebehu realizácie projektu. 
Výšku ročného záväzku stanovuje Európska komisia každoročne do 30. apríla. Pre upresnenie očakávaných rozpočtových záväzkov ES musí platobný orgán predložiť odhad očakávaných výdavkov za jednotlivé projekty na príslušný a nasledujúci rok najneskôr do 30. apríla. Pre vypracovanie týchto odhadov riadiaci orgán predloží platobnému orgánu plánované čerpanie finančných prostriedkov ES v príslušnom a nasledujúcom roku najneskôr 30. marca na základe podkladov od jednotlivých implementačných orgánov.  
Okrem riadne odôvodnených prípadov môže EK zrušiť pomoc na projekt, s ktorého realizáciou sa nezačne do 2 rokov od dátumu schválenia pomoci. 

4.7     Systém informačných a finančných  tokov 

4.7.1 Toky žiadostí o platbu 
Žiadosti o platbu prostriedkov ES
Platobný orgán na základe výkazu výdavkov implementačného orgánu, overeného riadiacim orgánom, a výkazu výdavkov sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom, vypracovaných v súlade s prílohou č. 2 nariadenia Európskej komisie č. 2002/1386/ES, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie nariadenie Rady č. 94/1164/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci Kohézneho fondu a postupy pre vykonávanie finančných opráv, predkladá Európskej komisii ním certifikované žiadosti 3 krát ročne. 

Žiadosti konečných prijímateľov o platbu 
    na úrovni konečného prijímateľa
Konečný prijímateľ pomoci z Kohézneho fondu predkladá žiadosť o platbu v SKK implementačnému orgánu, vrátane originálov príslušných zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, v súlade s finančným plánom projektu a zmluvou s konečným prijímateľom. 
    na úrovni implementačného orgánu
Implementačný orgán preveruje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinacovaných stavieb, tovarov a služieb a overuje súlad s národnými pravidlami a politikami ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Po vykonaní príslušných kontrol predloží implementačný orgán žiadosť konečných prijímateľov o platbu, vrátane ním overených kópií príslušných zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, riadiacemu orgánu. Pôvodné zúčtovacie doklady uchováva implementačný orgán.
    na úrovni riadiaceho orgánu
Riadiaci orgán po uskutočnení dokumentačnej kontroly schváli alebo zamietne žiadosť  o platbu. Schválené žiadosti konečných prijímateľov o platbu predloží sprostredkovateľskému orgánu pod platobným orgánom, vrátane ním overených kópií príslušných zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, jedenkrát mesačne. 

Súhrnná žiadosť o platbu sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predloží súhrnnú žiadosť o platbu platobnému orgánu na základe riadiacim orgánom schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu. Sprostredkovateľský orgán pred predložením súhrnnej žiadosti o platbu  platobnému orgánu overuje súlad projektu s jeho finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom.

4.7.2 Platby z Európskej komisie
Platby finančných prostriedkov ES pre jednotlivé projekty môžu byť vo forme preddavku, priebežnej platby a záverečnej platby a vykonávajú sa v súlade s prílohou II nariadenia rady č. 94/1164/ES a jej doplnením v rámci nariadenia Rady 99/1265/ES.
Platby finančných prostriedkov ES sa v zmysle §55f zákona č. 303/1995 o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov prevádzajú na osobitný účet Ministerstva financií SR v štátnej pokladnici v rámci záväzku, ktorý bol prijatý Európskou komisiou, najneskôr do dvoch mesiacov od obdržania akceptovateľnej žiadosti o platbu v súlade s nariadením Rady č. 94/1164/ES. Tento hraničný termín sa nevzťahuje na preddavky. 
Úroky získané z prostriedkov ES na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci.

Preddavok
Po prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci zo strany ES pre daný projekt a s výnimkou riadne zdôvodnených prípadov i po podpise zmlúv týkajúcich sa verejného obstarávania, vykoná EK platbu preddavku na osobitný účet ministerstva financií vo výške   20 % z celkovej čiastky na schválený projekt. 
V prípade, že EK neobdrží žiadosť o priebežnú platbu do 12 mesiacov od dátumu, kedy bola platba na účet vykonaná, celá platba preddavku alebo jej časť na tento účet musí byť platobným orgánom vrátená Európskej komisii.

Priebežná platba
Priebežná platba sa uskutočňuje za predpokladu, že pri realizácii projektu bol dosiahnutý uspokojivý pokrok smerom k jeho ukončeniu. Priebežné platby sa uskutočňujú na doplnenie prostriedkov na základe oprávnene a skutočne vynaložených finančných prostriedkov za podmienky, že:
-	Európskej komisii bola predložená správa o dosiahnutom pokroku pri realizácii projektu vo fyzických a technických ukazovateľoch a o dosiahnutom súlade s cieľmi a termínmi spojenými s touto pomocou;
-	odporúčania kontrolných úradov zo SR a EK boli zohľadnené, najmä pokiaľ ide o opravy zistených alebo predpokladaných nezrovnalostí;
-	boli uvedené hlavné odborné, finančné i právne problémy, ktoré sa objavili, ako aj opatrenia na ich vyriešenie;
-	boli analyzované prípadné odchýlky od pôvodného finančného plánu;
-	popisujú sa kroky podniknuté s cieľom zabezpečiť publicitu pre projekt.
Základnou podmienkou na prevod priebežnej platby pre projekt je odôvodnená žiadosť o platbu certifikovaná platobným orgánom predložená Európskej komisii najneskôr do 12 mesiacov od prevodu preddavku pre projekt z EK na osobitný účet MF SR v štátnej pokladnici. V opačnom prípade nasledujú sankcie zo strany EK (vrátenie celého preddavku alebo jeho časti – na základe oprávnených výdavkov EK).
Celkový súčet preddavkov a priebežných platieb EK nesmie prekročiť 80 % z celkovej podpory  ES pre daný projekt. Tento podiel možno pri dôležitých projektoch rozvrhnutých na ročné splátky v odôvodnených prípadoch zvýšiť až na 90 %.
Riadiaci orgán musí najneskôr do 10 pracovných dní pred hraničným termínom 12 mesiacov po uskutočnení posledného preddavku predložiť žiadosti o platbu platobnému orgánu spracované na základe podkladov implementačných orgánov.

Záverečná platba
Záverečná platba založená na báze oprávnene a skutočne vynaložených finančných prostriedkov sa môže uskutočniť za predpokladu, že:
-	projekt bol realizovaný v súlade so stanovenými cieľmi;
-	Európskej komisii bola zo strany riadiaceho orgánu zaslaná záverečná správa;
-	platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu do šiestich mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre výdavky ustanovenom v rozhodnutí o poskytnutí pomoci z Kohézneho fondu;
-	platobný orgán potvrdí, že informácie poskytnuté Európskej komisii v žiadosti sú správne;
-	boli prijaté všetky opatrenia týkajúce sa informácií a publicity podľa požiadaviek Európskej komisie;
-	členský štát predložil Európskej komisii prehlásenie o ukončení projektu. 
Implementačný orgán predloží riadiacemu orgánu najneskôr do 10 pracovných dní pred uplynutím lehoty 6 mesiacov od ukončenia projektu záverečnú správu o ukončení projektu. Riadiaci orgán ju schvaľuje a následne informuje platobný orgán o jej zaslaní Európskej komisii.  
Riadiaci orgán najneskôr 6 mesiacov po ukončení projektu zašle záverečnú správu Európskej komisii. Zaslanie tejto správy je podmienkou na prevedenie záverečnej platby z EK. 
Záverečná správa vypracovaná implementačným orgánom obsahuje údaje o celkovo alokovanej a skutočne vyplatenej čiastke z prostriedkov ES na realizáciu projektu. Súčasťou prílohy k záverečnej správe sú:
a)	opis vykonaných prác, vrátane fyzických ukazovateľov, kvantifikácie výdavkov podľa kategórií vykonaných prác a opatrení so zreteľom na osobitné klauzuly uvedené v rozhodnutí o poskytnutí pomoci;
b)	informácie o všetkých opatreniach publicity;
c)	potvrdenie o súlade vykonaných prác s rozhodnutím o poskytnutí pomoci; 
d)	prvé hodnotenie rozsahu, v ktorom boli dosiahnuté výsledky, vrátane:
-	dátumu skutočného začatia realizácie projektu,
-	informácie, akým spôsobom bude projekt spravovaný  po jeho ukončení
-	prípadné potvrdenia finančných predpovedí, týkajúcich sa najmä prevádzkových nákladov a očakávaných výnosov,
-	potvrdenia socio-ekonomických predpovedí týkajúcich sa najmä očakávaných nákladov a výnosov,
-	údajov o prijatých opatreniach na zabezpečenie ochrany životného prostredia a o ich nákladoch, vrátane súladu s princípom „znečisťovateľ platí“.
Pokiaľ nie je Európskej komisii odoslaná záverečná správa do 18 mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre platby podľa rozhodnutia o poskytnutí pomoci, zruší sa tá časť pomoci, ktorá predstavuje výšku záverečnej platby pre príslušný projekt.

4.7.3 Platby konečným prijímateľom 
Štátna pokladnica prevádza finančné prostriedky ES z osobitného účtu MF SR v Štátnej pokladnici na príjmový účet príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom s mesačnou periodicitou vo výške schválených platieb konečným prijímateľom pomoci na základe žiadosti platobného orgánu o realizáciu platby.
Finančné prostriedky ES prevedené na príjmový účet sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom nemôžu prekročiť stanovený rozpočtový limit pre sprostredkovateľský orgán s výnimkou vládou SR schválených presunov prostriedkov medzi projektmi schválenými Monitorovacím výborom pre Kohézny fond a Európskou komisiou. Platobný orgán potvrdzuje neprekročenie rozpočtového limitu pre sprostredkovateľský orgán.
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom vystaví a predloží Štátnej pokladnici žiadosti o realizáciu platieb konečným prijímateľom najneskôr 2 dni pred termínom prevodu prostriedkov ES na príjmový účet svojho ministerstva z osobitného účtu MF SR stanoveným platobným orgánom. Na žiadosti o realizáciu platby uvedie lehotu splatnosti t.j. dátum odpísania prostriedkov z účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom
K termínu prevodu finančných prostriedkov ES do príjmov štátneho rozpočtu (príjmový účet  ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom) dochádza k oprávneniu čerpania príslušných výdavkov z výdavkového účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom.
Platby konečným prijímateľom uskutočňuje Štátna pokladnica z výdavkového účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu súčasne s prevodom finančných prostriedkov ES na príjmový účet tohto ministerstva z osobitného účtu MF SR.
Platby v rámci národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v súlade so zákonom č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov prevádza Štátna pokladnica z výdavkového účtu príslušného ministerstva na účet konečných prijímateľov súčasne s prostriedkami ES na základe žiadosti o realizáciu platby sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom. Žiadosť o realizáciu platby pre prevod prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu z výdavkového účtu príslušného ministerstva musí byť vystavená súčasne so  žiadosťou o realizáciu platby pre prevod prostriedkov ES. 

4.7.4 Presuny finančných prostriedkov
V súlade so zákonom č. 303/1995 o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov zmeny v programoch (presuny medzi programami, doplnenie nového programu alebo jeho časti) možno vykonať len na základe rozhodnutia vlády po predchádzajúcom vyjadrení Ministerstva financií SR, a to za podmienky, že plnenie cieľa programu, z ktorého sa prostriedky presúvajú, bude zabezpečené.
Presuny prostriedkov sa vzťahujú na všetky prostriedky, ktoré sú súčasťou štátneho rozpočtu, vrátane prostriedkov z Kohézneho fondu a prostriedkov určených na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. 
Presuny finančných prostriedkov medzi projektmi navrhuje riadiaci orgán a schvaľuje Monitorovací výbor pre Kohézny fond. O prípadnom presune prostriedkov medzi kapitolami Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR v rámci medzirezortného programu  rozhoduje následne vláda SR po predchádzajúcom vyjadrení Ministerstva financií SR. Konečné rozhodnutie o presunoch prostriedkov Kohézneho fondu medzi projektmi je na Európskej komisii.

4.8 	Certifikácia 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje na to určený pracovník alebo oddelenie certifikácie v rámci platobného orgánu, ktoré je funkčne nezávislé od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu.
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pred zaslaním žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu pre daný projekt. Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiaci orgán, impementačný orgán a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom splnili požiadavky nariadenia Rady 94/1164/ES, a to najmä, že:
-	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z ES sa používajú podľa zásad vhodnej správy finančných prostriedkov,
-	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
-	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby. 
b)	výkaz výdavkov zahŕňa iba výdavky: 
-	skutočne realizované v rámci príslušného obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci doložené prijatými zúčtovacími dokladmi;
-	vzťahujúce sa na práce, ktoré neboli podstatným spôsobom realizované v čase podania žiadosti o platbu;
-	ktoré sú oprávnené vzhľadom k pokroku, ktorý bol pre realizácii projektu dosiahnutý v súlade s príslušným rozhodnutím EK o poskytnutí pomoci. 
Riadiaci orgán je povinný predkladať správy vnútorného auditu a správy vnútornej kontroly týkajúce sa využívania finančných prostriedkov ES za svoj úsek platobnému orgánu do 20 pracovných dní pred predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii. 
Pre zabezpečenie vhodných a efektívnych kontrolných systémov a audit trailov, riadiaci orgán je povinný najneskôr 20 pracovných dní pred prvým predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii (prvá žiadosť o priebežnú platbu ES) predkladať platobnému orgánu postupy na zabezpečenie výkonu činnosti, vrátane postupov implementačných orgánov a správ z vykonaných kontrol s cieľom:
a)	overiť reálnosť nárokovaných výdavkov a realizáciu projektu v súlade s termínmi stanovenými v rozhodnutí o poskytnutí pomoci a cieľmi spojenými s projektom;
b)	zabezpečiť súlad s právnymi predpismi ES;
c)	uchovávať a dodržiavať audit trail.
Riadiaci orgán predkladá platobnému orgánu všetky zmeny o postupoch  implementačných orgánov najneskôr 20 pracovných dní pred predložením  certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii (ďalšie žiadosti o priebežnú platbu ES).
Pre získanie uistenia sa o vhodných postupoch implementačných orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom a riadiaceho orgánu pred zahájením realizácie pomoci z Kohézneho fondu vykoná platobný orgán kontrolu ich postupov a pripravenosti na riadenie a realizáciu projektov a zabezpečí overenie pripravenosti implementačných orgánov na Rozšírený decentralizovaný implementačný systém (EDIS) týchto orgánov.   
Koneční prijímatelia pomoci, implementačné orgány, riadiaci orgán a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom sa podieľajú na procese certifikácie výdavkov pre zabezpečenie vhodného finančného riadenia a existencie vhodného audit trailu. Certifikácia sa uskutočňuje postupne z najnižšej úrovne riadenia Kohézneho fondu na vyššiu úroveň prostredníctvom príslušnej správy o certifikácii.
Konečný prijímateľ zodpovedá za certifikáciu aktuálnosti, správnosti a oprávnenosti výdavkov implementačnému orgánu vyplnením príslušnej správy o certifikácii. Uvedená správa  sa vyplní za výdavky na úrovni projektu a predkladá sa implementačnému orgánu na overenie. 
Implementačné orgány zodpovedajú za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od konečných prijímateľov v správe o certifikácii a certifikáciu výdavkov prostredníctvom vyplnenia správy o certifikácii na svojej úrovni. Správu o certifikácii vyplní implementačný orgán a predkladá ju riadiacemu orgánu so zoznamom projektov a referenciou na správy o certifikácii konečných prijímateľov. Na tejto úrovni sa certifikujú riadiace a kontrolné postupy uvedené v manuáloch implementačných orgánov, vrátane náhodných kontrol  vykonaných u konečných prijímateľov pomoci, pre potvrdenie správnosti výdavkov, riadiacich a kontrolných mechanizmov riadiacemu orgánu.   
Pri certifikovaní výdavkov je implementačný orgán povinný vyplniť a predložiť riadiacemu orgánu výkaz výdavkov v predpísanej forme uvedenej v prílohe č. 2 nariadenia Európskej komisie č. 2002/1386/ES, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie nariadenie Rady č. 94/1164/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci Kohézneho fondu a postupy pre vykonávanie finančných opráv. Uvedený výkaz výdavkov tvorí základ pre vypracovanie žiadosti o priebežnú platbu a záverečnú platbu, pričom sa vzťahuje výdavky vynaložené počas obdobia od predloženia predchádzajúcej žiadosti o platbu Európskej komisii.
Riadiaci orgán zodpovedá za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od implementačných orgánov v správe o certifikácii a certifikáciu výdavkov prostredníctvom vyplnenia správy o certifikácii na svojej úrovni. Správu o certifikácii predkladá riadiaci orgán platobnému orgánu so zoznamom projektov a referenciou na správy konečných prijímateľov a implementačných orgánov o certifikácii najneskôr 20 pracovných dní pred termínom zaslania žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu z Európskej komisie. Na tejto úrovni sa certifikujú riadiace a kontrolné postupy uvedené v manuáloch riadiaceho orgánu pre potvrdenie správnosti výdavkov a riadiacich a kontrolných systémov platobnému orgánu. Riadiaci orgán overuje výkaz výdavkov predložený implementačnými orgánmi, ktoré súčasne so správou o certifikácii zasiela platobnému orgánu. Riadiaci orgán vo svojich postupoch stanovuje lehoty implementačným orgánom na predkladanie správ o certifikácii. 
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom zodpovedá za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od riadiaceho orgánu a vyplňuje správu o certifikácii na svojej úrovni. Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom nezávisle od implementačného orgánu vyplní príslušný výkaz výdavkov za svoj úsek. Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predkladá platobnému orgánu správu o certifikácii a príslušný výkaz výdavkov najneskôr 20 pracovných dní pred termínom zaslania žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu z Európskej komisie. 
Platobný orgán porovnáva výkazy výdavkov a správy o certifikácií predložené riadiacim orgánom a sprostredkovateľským orgánom pod platobným orgánom. Platobný orgán uskutočňuje účtovnú kontrolu výkazov výdavkov predkladaných riadiacim orgánom a výberovým spôsobom skontroluje kópie ich zúčtovacích dokladov. Cieľom tejto kontroly je overiť, či výdavky uvedené vo výkazoch výdavkoch zodpovedajú rámcom stanoveným Európskou komisiou a účtovníctvu platobného orgánu.   
Platobný orgán nepredloží žiadosť o platbu z Európskej komisie, pokiaľ neobdrží správu o certifikácii a výkaz výdavkov od riadiaceho orgánu.
Po splnení uvedených požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán a sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán a sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom sa vyjadria k zisteným nedostatkom  a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán a sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom poskytnú platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhnú vhodné nápravné opatrenia na realizovateľné odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení,  certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  

4.9 	Nezrovnalosti
Za nezrovnalosť sa považuje akékoľvek porušenie ustanovení všeobecne záväzných právnych predpisov ES a legislatívy SR vzťahujúcich sa na Kohézny fond vyplývajúce z nesprávneho konania, porušenia záväzkov vyplývajúcich zo zmluvných vzťahov, nedbanlivosti subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil, alebo z neoprávnene použitých alebo nevyužitých  finančných prostriedkov Kohézneho fondu. 
Za systémovú nezrovnalosť sa považuje opakujúca sa chyba vyplývajúca z vážnych nedostatkov riadiacich a kontrolných systémov, ktoré vedú k neoprávnenému použitiu alebo nevyužitiu finančných prostriedkov Kohézneho fondu.  
Za neoprávnene použité finančné prostriedky sa považujú prostriedky, ktoré neboli použité na oprávnené výdavky uvedené v zozname oprávnených výdavkov a v nariadení Rady               č. 94/1164/ES.
Za nevyužité finančné prostriedky sa považujú prostriedky, ku ktorým nie je Európskej komisii predložená žiadosť o priebežnú platbu do 12 mesiacov od prevodu posledného preddavku pre daný projekt.

4.9.1 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Vo vzťahu k prostriedkom ES každý členský štát vykoná opravy financovania, ktoré sú potrebné v nadväznosti na vzniknuté nezrovnalosti.  
Tieto opravy, vykonané platobným orgánom, spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci pomoci z Kohézneho fondu pre daný projekt alebo jeho časti.
Pri zrušení príspevku ES alebo jeho časti sa zohľadní povaha a závažnosť nezrovnalosti a s tým súvisiaca finančná strata.
Čiastka podliehajúca oprave financovania, vyčíslená Európskou komisiou v súlade s nariadením Rady 94/1164/ES pre jednotlivé systémové nezrovnalosti, sa stanovuje na základe individuálnych prípadov a bude sa rovnať neoprávnene použitej alebo nevyužitej čiastke v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, kedy nie je možné presne vyčísliť neoprávnene použitú alebo nevyužitú čiastku, alebo by bolo neprimerané zrušiť daný výdavok ako celok, Európska komisia ju určuje na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby nasledovne: 
-	pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy;
-	pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah a finančné dôsledky zistenej nezrovnalosti  v rámci riadiaceho a kontrolného systému, ktorá viedla k vytvoreniu nezrovnalosti.
V prípade, ak Európska komisia zistí, že:
-	realizácia projektu neodôvodňuje časť alebo celú pomoc poskytnutú na projekt, vrátane toho, že nebola splnená jedna z podmienok rozhodnutia na poskytnutie pomoci a najmä prípadnú zmenu ovplyvňujúcu charakter a podmienky realizácie projektu, pre ktorý nebola EK požiadaná o súhlas, alebo
-	vznikla nezrovnalosť a členský štát nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, 
EK zruší pomoc z Kohézneho fondu pre príslušný projekt s uvedením svojich dôvodov a požiada členský štát o predloženie svojich pripomienok v lehote dvoch mesiacov. 
V prípade, že po uplynutí 3 mesiacov sa medzi EK a členským štátom nedosiahne dohoda, EK rozhodne s ohľadom na pripomienky členského štátu o:
-	znížení platby na osobitný účet Ministerstva financií SR;
-	vykonaní požadovanej nápravy financovania, čo znamená zrušenie celej pomoci pre projekt alebo jej časti.
Prípadné zníženie alebo zrušenie pomoci vedie k spätnému vráteniu predmetnej čiastky zo strany platobného orgánu. Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania, ktoré stanoví EK.
Akákoľvek čiastka, ktorá je predmetom vrátenia Európskej komisii, musí byť vrátená pred uplynutím lehoty splatnosti stanovenej Európskou komisiou v súlade s Finančným nariadením č. 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 o všeobecnom rozpočte Európskych spoločenstiev. Deň splatnosti je posledným dňom druhého mesiaca nasledujúceho od vydania príkazu EK na vrátenie predmetnej čiastky.
Akékoľvek omeškanie vedie k vzniku úrokov z omeškania,  ktoré plynú odo dňa splatnosti a  končia dňom skutočného vrátenia predmetnej čiastky. Úroková miera pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie, určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Platobný orgán zaznamenáva všetky čiastky, ktoré boli vrátené a zabezpečí, aby čiastky boli vrátené bez  neoprávneného omeškania. Po vrátení prostriedkov platobný orgán splatí predmetné čiastky Európskej komisii, spolu s úrokmi z omeškania tak, že odpočíta príslušné čiastky z nasledujúcej žiadosti o platbu Európskej komisii. Pokiaľ suma z následnej žiadosti o platbu nedosahuje splatnú čiastku, zostávajúcu sumu prevedie platobný orgán Európskej komisii. Platobný orgán zašle Európskej komisii jedenkrát ročne výkaz čiastok na vrátenie k tomuto dátumu ako prílohu k štvrtej štvrťročnej „Správe o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ na základe nariadenia Rady č. 94/1831/ES. 
Platobný orgán vedie zoznam o vrátených finančných prostriedkoch do všeobecného rozpočtu ES a knihu dlžníkov, v ktorej sú zaznamenávané čiastky, ktoré sa majú Európskej komisii vrátiť.    
Subjekt, ktorý neoprávnene použil alebo zadržal prostriedky poskytnuté na základe medzinárodných zmlúv uzatvorených po dni nadobudnutia platnosti zmluvy o pristúpení SR k ES a k EÚ, je povinný neoprávnene použitú sumu týchto prostriedkov, vrátane penále, vrátiť. Neoprávnene použité prostriedky ES sú príjmom osobitného účtu MF SR.
Neoprávnene použité finančné prostriedky vymáha príslušná správa finančnej kontroly v súlade s § 47 a § 55f zákona č. 303/1995 o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov, príp. Ministerstvo financií SR.

4.9.2 Správy o nezrovnalostiach
Platobný orgán zodpovedá za predkladanie správ o nezrovnalostiach Európskej komisii.
Platobný orgán predkladá Európskej komisii nasledovné správy o nezrovnalostiach:
•	Bezodkladná správa o nezrovnalostiach – správa poskytuje informácie o nezrovnalostiach, pri ktorých boli porušené predpisy alebo existuje obava, že môžu mať dôsledky mimo územia SR a alebo ukážu, že sa použila nová metóda. Táto správa sa predkladá Európskej komisii okamžite po zistení nezrovnalosti. Všetky orgány participujúce na riadení a realizácii Kohézneho fondu v prípade výskytu tejto nezrovnalosti sú povinné okamžite informovať platobný orgán.   
•	Správa o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok – správa poskytuje informácie o nezrovnalostiach, ktoré sú predmetom prvotného administratívneho alebo právneho prešetrenia. Táto správa sa predkladá Európskej komisii 4 krát ročne, a to vždy do konca druhého mesiaca nasledujúceho po konci štvrťroku. Riadiaci orgán na základe informácií od implementačných a sprostredkovateľských orgánov predkladá zoznam nezrovnalostí platobnému orgánu najneskôr 10 pracovných dní pred uvedenou lehotou. Táto správa obsahuje najmä informácie týkajúce sa:
-	identifikácie predmetných projektov, 
-	porušených ustanovení, 
-	charakteru a výšky výdavkov. V prípadoch, keď sa neuskutočnila žiadna platba, takú výšku, ktorá by sa bola nesprávne zaplatila, keby sa chyba nebola odhalila, okrem takých, keď omyl alebo nedbalosť sa zistili pred uskutočnením platby a nemali za následok žiadne správnu alebo súdnu pokutu,  
-	celkovej výšky a jej rozdelenia medzi rôzne zdroje financovania,
-	obdobia počas ktorého, alebo momentu, v ktorom sa uskutočnilo porušenie predpisu, 
-	použitých metód pri porušovaní predpisu,
-	spôsobu, akým sa odhalilo porušenie predpisu,
-	finančných dôsledkov, pozastavenia (ak bolo) platieb a možností ich vrátenia,
-	dátumu a zdroja prvých informácií, ktoré viedli k podozreniu, že bol skutočne porušený predpis,
-	dátumu, kedy bola vypracovaná oficiálna správa o porušení predpisu,
-	údajov totožnosti zainteresovaných fyzických a právnických osôb okrem prípadov, keď také informácie nie sú podstatné v boji proti porušovaniu predpisov vzhľadom na charakter príslušného porušenia.
Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4 000 EUR predkladá platobný orgán Európskej komisii výlučne na žiadosť EK.  
•	Správa o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok - správa poskytuje informácie o nápravných opatreniach vykonaných na odstránenie nezrovnalosti po oznámení všetkých predchádzajúcich porušení predpisov s odkazom na každú predchádzajúcu  „Správu o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“. Táto správa sa predkladá Európskej komisii 4 krát ročne, a to vždy do konca druhého mesiaca nasledujúceho po konci štvrťroku. Riadiace orgány na základe informácií od implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom podieľajúcich sa na riadení a realizácii Kohézneho fondu predkladajú potrebné informácie platobnému orgánu najneskôr 10 pracovných dní pred uvedenou lehotou. Platobný orgán následne predkladá potrebné informácie Európskej komisii na základe informácií od riadiaceho orgánu a v súlade s údajmi uvedenými v knihe dlžníkov. Správa obsahuje informácie týkajúce sa najmä:
-	výšky súm, ktoré boli alebo majú byť vymáhané,
-	dočasných opatrení na zabezpečenie dosiahnutia vrátenia nesprávne vyplatených súm,
-	súdnych a správnych konaní, ktoré boli zahájené za účelom vymáhania neoprávnene použitých prostriedkov a udelenia sankcií,
-	dôvody pre zrušenie vymáhania prostriedkov, ktoré sa Európskej komisii oznámia, pokiaľ je to možné, pred uskutočnením rozhodnutia,
-	každé zrušenie trestného stíhania,
-	správne alebo súdne rozhodnutia, alebo ich hlavné body týkajúce sa ukončenia týchto konaní.
Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4 000 EUR predkladá platobný orgán Európskej komisii výlučne na žiadosť EK.  
•	Správa o výške nevymožených čiastok – osobitná správa, ktorú Európskej komisii predkladá platobný orgán v prípade, že je predpoklad, že predmetná čiastka sa nedá vymôcť, alebo nemožno očakávať jej úplné vrátenie. V správe je potrebné uviesť dôvody, prečo má predmetnú čiastku znášať ES alebo Slovenská republika. Táto správa musí byť dostatočne podrobná, aby mohla podľa nej EK rozhodnúť, kto bude znášať finančné následky. Platobný orgán ju predkladá Európskej komisii podľa potreby.

4.10 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Žiadosti o platbu z ES sa musia Európskej komisii predkladať v EUR.
Čiastky pomoci a finančné plány schvaľované Európskou komisiou musia byť uvedené v EUR.
Výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o platbu z ES musí byť vypracovaný v EUR.
Platobný orgán obdrží prostriedky ES na osobitný účet Ministerstva financií SR vedený             v SKK.
Výmenným kurzom pre prepočet meny bude kurz použitý vo finančnom účtovníctve Európskej komisie. 
Pri konverzii finančných prostriedkov z EUR na SKK sa použije výmenný kurz Národnej banky SR platný v deň konverzie. 
Kurzové rozdiely sú príjmom alebo stratou štátneho rozpočtu. Kurzové rozdiely účtuje platobný orgán. 

4.11 Daň z pridanej hodnoty
DPH nepredstavuje oprávnený výdavok na projekt, t. z. z prostriedkov Kohézneho fondu nemožno hradiť DPH.
Dňom vstupu SR do ES nadobudne účinnosť nový zákon o DPH, ktorý sa v súčasnosti pripravuje. Tento zákon bude plne zosúladený so Šiestou smernicou Rady 77/388/EHS o DPH.

4.12 	Zmluva s konečným prijímateľom 
V rámci realizácie projektov financovaných z Kohézneho fondu impelmentačný orgán, zodpovedný za realizáciu projektu, uzatvára zmluvu o financovaní projektu s konečným prijímateľom. Zmluva sa uzatvára po rozhodnutí EK o poskytnutí pomoci z ES pre daný projekt.
Zmluva o financovaní projektu musí byť jasná, presná, úplná a musí jednoznačne zahŕňať všetky práva a povinnosti zmluvných strán. Implementačný orgán informuje riadiaci orgán, platobný orgán a príslušný sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom o všetkých uzatvorených zmluvách o financovaní projektov s konečnými prijímateľmi pri predkladaní prvých žiadostí konečných prijímateľov o platbu a zároveň im predkladá kópiu týchto zmlúv. 
Medzi hlavné náležitosti zmluvy s konečným prijímateľom o financovaní projektu patria:
•	vymedzenie zmluvných strán;
•	preambula (odkazy na legislatívu ES a SR, odkaz na žiadosť konečného prijímateľa o financovanie, podpisové práva osoby zastupujúcej riadiaci orgán);
•	predmet zmluvy v štruktúre – sektor (životné prostredie/doprava), projekt (podrobný popis sa uvádza v technickej a finančnej prílohe);
•	jednoznačné určenie všetkých subjektov zúčastňujúcich sa na financovaní projektu, ich zodpovedností a výšky ich príspevku. Tieto subjekty uzatvárajú samostatné zmluvy o financovaní projektu. Kópie týchto zmlúv sa predkladajú implementačnému orgánu;
•	harmonogram plnenia projektu a trvanie zmluvy (dátum povinného zahájenia projektu, podmienky predĺženia zmluvy, podmienky ukončenia zmluvy, ustanovenie o možnostiach zmeniť zmluvu dodatkami atď.);
•	popis oprávnených výdavkov (zásady, porovnávanie všetkých výdavkov projektu a oprávnených výdavkov projektu);
•	príspevok Kohézneho fondu (% podiel príspevku z Kohézneho fondu a stanovenie jeho  maximálnej hodnoty). Príspevok z Kohézneho fondu sa určuje ako rozdiel oprávnených výdavkov a plánovaných príjmov z výsledkov projektu;
•	platobné podmienky (spôsob a harmonogram vyplatenia príspevku z Kohézneho fondu, určenie účtu, na ktoré sú prevedené platby, stanovenie výšky prvého preddavku atď.);
•	záväzok konečného prijímateľa, že sa podrobí akejkoľvek kontrole zo strany implementačného orgánu, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov a platobného orgánu, príslušných kontrolných orgánov SR a ES a poskytne im dokumentáciu vzťahujúcu sa na projekt;
•	stanovenie povinnosti vedenia podvojného účtovníctva, príp. jednoduchého účtovníctva alebo používania vhodného kódového označenia účtov v rámci svojho účtovníctva pre všetky operácie týkajúce sa podpory z Kohézneho fondu;
•	monitorovanie (spôsob a termíny odovzdávania príslušných správ implementačnému orgánu, archivácia dokumentov atď.);
•	podmienky pre vrátenie prostriedkov (prípady porušenia zmluvy, odstúpenie od zmluvy, vrátenie prostriedkov);
•	riešenie sporov;
•	publicita a hospodárska súťaž (dodržiavanie pravidiel verejného obstarávania, štátnej pomoci, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitosti pre ženy a muži, zákaz predaja výsledkov projektu za príliš nízke ceny atď.);
•	finančná a technická príloha (podrobný popis projektu, odhady výdavkov, odhad plánovaných príjmov z výsledkov projektu, stanovenie hodnotiacich ukazovateľov, predpísaný formát správ, žiadostí, informácií, termíny na ich predkladanie alebo zaslanie, metóda zaslania atď.);
•	súhlas konečného prijímateľa pre využívanie údajov v informačných systémoch pre účely riadenia, monitorovania a kontroly Kohézneho fondu.
Zmluva sa môže zmeniť formou písomných dodatkov. Pri výskyte zmien týkajúcich sa financovania projektu sa dodatok musí schváliť Monitorovacím výborom pre Kohézny fond.

4.13 	Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia
Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod  platobným orgánom  vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci účtovníctva príslušného ministerstva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa podpory z Kohézneho fondu, ktoré vznikli počas realizácie projektov. 
Koneční prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa podpory z Kohézneho fondu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Koneční prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme. Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod  platobným orgánom  vedú svoje účtovníctvo v elektronickej forme. Účtovné záznamy vedené v elektronickej forme, ako aj vedené v písomnej podobe musia byť dostatočne chránené pred ich možným zneužitím alebo poškodením.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt podieľajúci sa na riadení a realizácii Kohézneho fondu predložiť EK všetky požadované účtovné záznamy do 10 dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Platobný orgán, riadiaci orgán, implementačné orgány a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom musia zaviesť systém finančného výkazníctva, ktorý zabezpečí pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z Kohézneho fondu. Tento systém umožňuje monitorovať pokrok dosiahnutý pri realizácii projektu, predstavuje základ pre žiadosti o platby z EK a štátneho rozpočtu a uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov zo strany EK a národného spolufinancovania. 
Systém finančného výkazníctva platobného orgánu, riadiaceho orgánu, implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom musí pokrývať všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zoznamom oprávnených výdavkov, vrátane všetkých zmlúv a dohôd potrebných pre realizáciu projektu bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s účtovníctvom a dokumentáciou finančného hospodárenia, ktoré vedú.
Riadiaci orgán, implementačné orgány a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom odovzdávajú platobnému orgánu výkazy, správy a ďalšiu dokumentáciu v jednom písomnom vyhotovení a v elektronickej forme v termínoch, rozsahu a štruktúre stanovenej platobným orgánom. Platobný orgán zabezpečí súlad údajov vo finančných výkazoch predložených na základe výkazov implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom s účtovníctvom a dokumentáciou finančného hospodárenia vedenými v platobnom orgáne.
Platobný orgán, riadiaci orgán, implementačné orgány a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom musia po dobu 10 rokov po prevedení záverečnej platby z Európskej komisie uchovávať všetky podklady týkajúce sa výdavkov a kontrol v rámci daného projektu Kohézneho fondu.

5.  Monitorovanie a elektronická výmena údajov
Pri monitorovaní čerpania a využívania finančných prostriedkov Kohézneho fondu riadiaci orgán zodpovedá za  nasledovné úlohy: 
-	monitorovanie činnosti implementačných orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
-	predkladanie správ o dosiahnutom pokroku jednotlivých projektov Európskej komisii po ich schválení Monitorovacím výborom pre Kohézny fond v lehote troch mesiacov od konca každého celého roka doby implementácie;
-	predkladanie záverečných správ Európskej komisii po ich schválení Monitorovacím výborom pre Kohézny fond.
Pri monitorovaní čerpania a využívania finančných prostriedkov Kohézneho fondu platobný orgán  zodpovedá za nasledovné úlohy:
-	monitorovanie stavov a obratov na výdavkových účtoch príslušných ministerstiev a platieb konečným prijímateľom podľa jednotlivých projektov;
-	monitorovanie plnení realizácie projektov implementačnými orgánmi a konečnými prijímateľmi a informovanie o výsledkoch pred zasadnutím Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond.
Pri monitorovaní čerpania a využívania finančných prostriedkov Kohézneho fondu implementačné orgány zodpovedajú za nasledovné úlohy:
-	v spolupráci s konečným prijímateľom za monitorovanie vecného využívania finančných prostriedkov vo väzbe na plnenie a zaistenie cieľa projektu minimálne jedenkrát do roka, a to najmä ich predmet a harmonogram a podľa požiadaviek riadiaceho orgánu;
-	vypracovanie správ o dosiahnutom pokroku jednotlivých projektov a ich predkladanie riadiacemu orgánu;
-	vypracovanie záverečných správ a ich predkladanie riadiacemu orgánu.
Monitorovací výbor pre Kohézny fond monitoruje plnenie realizácie projektov. EK obdrží od Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond správy o dosiahnutom pokroku pre každý projekt v lehote troch mesiacov od konca každého celého roka doby implementácie. 
Na základe výsledkov monitorovania a po zohľadnení stanovísk Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond Európska komisia upraví objem a podmienky pre poskytovanie pomoci, ako aj predpokladaný finančný plán, ak je to nevyhnutné, na návrh prijímajúcej krajiny. 
Elektronickú výmenu údajov, správ a informácií s Európskou komisiou týkajúcich sa finančného riadenia uskutočňuje platobný orgán. Tieto informácie sú zoskupené na úrovni projektov a poskytujú sa Európskej komisii v podobe e-mail správ (do veľkosti 5 MB) komprimovaných do formátu ZIP, cez prenos FTP (nad 5 MB), komprimovaný do formátu ZIP, alebo pomocou tzv. flat-file – plochý súbor (napr. žiadosti o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov). 
Elektronický systém výmeny údajov pre Kohézny fond musí byť úzko prepojený s Informačným systémom štátnej pokladnice a Rozpočtovým informačným systémom, čo výrazne uľahčí zabezpečenie príslušných rozpočtových mechanizmov v nadväznosti na finančné riadenie Kohézneho fondu.     

6. Finančná kontrola a vnútorný audit
V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnutých Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv.
Vykonávanie finančnej kontroly Kohézneho fondu vychádza z legislatívy Slovenskej republiky a legislatívy ES. Zároveň zohľadňuje poznatky získané z prístupu jednotlivých členských štátov EÚ k riešeniu problematiky finančnej kontroly a doporučenia jednotlivých generálnych riaditeľstiev Európskej komisie.
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu
Kontrolu fyzickej realizácie projektu v súlade s čl. 4 nariadenia Európskej komisie č. 2002/1386/ES, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie nariadenie Rady č. 94/1164/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci Kohézneho fondu a postupy pre vykonávanie finančných opráv, uskutočňuje:

1.	konečný prijímateľ
Konečný prijímateľ je povinný pred prevodom prostriedkov dodávateľovi vykonať kontrolu na mieste a vecnú a formálnu kontrolu každej faktúry. Pre účely tejto kontroly používa kontrolný zoznam (checklist), ktorého podrobnosti stanoví riadiaci orgán. 

2.	implementačný orgán
Implementačný orgán je zodpovedný za výkon kontroly fyzickej realizácie projektu. Príslušné ministerstvo ako sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom sa musí presvedčiť, či implementačný orgán tieto kontroly v potrebnom rozsahu vykonáva. Riadiaci orgán sa presvedčí, či boli požadované kontroly vykonané a následne vydá osvedčenie o vykonaní kontroly. Fyzickú kontrolu uskutočňuje na to určený útvar v rámci organizačnej štruktúry príslušného implementačného orgánu. 

Kontrolu fyzickej realizácie projektu uskutočňuje v súlade so zákonom č. 254/1998 Z. z. o verejných prácach aj štátny dozor Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR.

Riadiaci orgán vydá podrobné pokyny týkajúce sa výkonu kontroly fyzickej realizácie projektov.

6.2 	Kontrola vzoriek projektov (minimálna 15 % kontrola celkových oprávnených nákladov schválených projektov)
Kontroly vzoriek projektov uskutočňuje kontrolný útvar v rámci organizačnej štruktúry MŽP SR a MDPT SR alebo územne príslušná Správa finančnej kontroly. 
Útvar vykonávajúci kontrolu vzoriek operácií a projektov musí byť organizačne oddelený od implementačného orgánu podieľajúceho sa na realizácii projektov a sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom. 
Vykonanie analýzy rizík a následný výber vzoriek uskutoční každý kontrolný útvar.
Kontrola vzoriek vychádza z nasledovných zásad:
1.	kontrolný útvar je povinný dôkladne voliť techniky zhromažďovania údajov a vzoriek;
2.	pred kontrolou vzoriek operácií sa zvažuje najmä:
a)	počet a relatívna veľkosť položiek,
b)	význam položiek a inherentné riziko chyby v týchto položkách,
c)	relevantnosť a spoľahlivosť dokladov získaných alternatívnymi previerkami a postupy a relatívne náklady a časová náročnosť jednotlivých metód.
3.	kontrolovaná vzorka musí byť reprezentatívna;
4.	vzorka môže byť štatistická alebo neštatistická
a)	k štatistickému výberu vzoriek sa použijú metódy náhodného výberu a teória pravdepodobnosti,
b)	pri neštatistickom výbere vzoriek sa odporúča použitie metód náhodného výberu na zvýšenie pravdepodobnosti, že vzorka je pre daný okruh údajov reprezentatívna. Pri neštatistickom výbere vzoriek je potrebné dôkladne zvážiť primeranosť základu pre vyvodenie záverov o hospodárení.
5.	výber vzoriek sa uskutočňuje v štyroch fázach:
a)	plánovanie vzoriek,
b)	výber položiek na testovanie,
c)	testovanie,
d)	vyhodnotenie výsledkov.
6.	všetky rozhodnutia v priebehu výberu vzoriek musia byť zdokumentované v súlade s podrobnými metodickými postupmi;
7.	uskutočnené kontroly vzoriek pred ukončením pomoci musia pokrývať minimálne     15 % celkových oprávnených výdavkov schválených projektov;
8.	pri kontrole vzoriek sa uplatňuje zásadne kombinácia rôznych druhov a veľkostí operácií a projektov pre zaistenie potrebnej reprezentatívnosti;
9.	kontroly vzoriek zohľadňujú známe rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR alebo EU;
10.	kontroly vzoriek zohľadňujúc potrebu zabezpečiť, aby rôzne subjekty podieľajúce sa na riadení a realizácií projektov v sektoroch dopravy a životného prostredia boli dostatočným spôsobom skontrolované;
11.	kontroly sa organizujú a koordinujú takým spôsobom, aby bolo zabezpečené rovnomerné rozloženie kontrol v celom období čerpaní prostriedkov. V tejto súvislosti spracuje kontrolný útvar ministerstiev podrobný plán kontrol;
12.	každá kontrolovaná činnosť sa posudzuje z hľadiska:
a)	súladu s právnymi predpismi,
b)	vecnej správnosti,
c)	hospodárnosti,
d)	efektívnosti,
e)	účinnosti.
13.	kontroly vzoriek slúžia k overeniu:
a)	uplatnenia a účinnosti riadiacich a kontrolných systémov,
b)	súladu dostatočného množstva účtovných záznamov s pripojenými dokumentmi uschovávanými u sprostredkovateľských orgánov, konečných prijímateľov a u ďalších subjektov, kde sa operácia realizuje,
c)	existencie vyhovujúcej podpornej dokumentácie pre audit so zameraním na finančné toky (audit trail),
d)	či povaha a termíny realizácie pri dostatočnom množstve výdavkových položiek vyhovujú ustanoveniam ES a zodpovedajú schváleným ukazovateľom operácie alebo projektu a skutočne vykonaným prácam a činnostiam,
e)	či skutočné využitie alebo plánované využitie operácie je v súlade s popisom využitia uvedeným v žiadosti o spolufinancovaní ES,
f)	či realizácia projektov prebieha v súlade s podmienkami uvedenými v rozhodnutí o poskytnutí pomoci a s cieľmi projektov,
g)	či bolo skutočne poskytnuté príslušné národné spolufinancovanie,
h)	či spolufinancované operácie a projekty sú realizované v súlade s pravidlami a politikami ES.
14.	pri kontrole a vypracovávaní správ o kontrolných zisteniach sa postupuje podľa základných pravidiel následnej finančnej kontroly obsiahnutých v zákone č. 502/2001 Z. z.;
15.	správy o vykonávaných kontrolách vzoriek sa uchovávajú najmenej 10 rokov po prevedení záverečnej platby z Európskej komisie;
16.	organizovanie kontrol vzoriek zabezpečujú vedúci orgánov verejnej správy, ktorí majú zodpovednosť za organizovanie, riadenie a zaistenie primeranosti a účinnosti finančnej kontroly v rámci svojej riadiacej pôsobnosti;
17.	kontrolné orgány vykonávajúce kontroly vzoriek spolupracujú v prípade vyžiadania s kontrolnými orgánmi EK, s orgánmi Európskeho účtovného dvora alebo inými určenými zmocnencami, ak tak stanoví vyhlásená medzinárodná zmluva, ktorou je SR viazaná. V rámci spolupráce sú povinné poskytovať informácie o predmete, účele a výsledku kontrol;
18.	správy o vykonaných finančných kontrolách musia obsahovať úplný popis kontrolných zistení, označenie všeobecne záväzných právnych predpisov, ktoré boli porušené, dokladov a písomností preukazujúcich správnosť kontrolných zistení. Ak zistené nedostatky sú systémovej povahy a predstavujú tak riziko pre ďalšie operácie realizované rovnakým konečným prijímateľom alebo spravované rovnakým sprostredkovateľským orgánom, sú kontrolné orgány povinné uložiť kontrolovanému subjektu prijať opatrenia na nápravu nedostatkov a odstránenie príčiny ich vzniku. Kontrolné útvary sú povinné oznámiť podozrenie z trestnej činnosti orgánom činným v trestnom konaní a iné skutočnosti orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.

6.3 	Následná finančná kontrola
Za vykonávanie následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami ES (vrátane prostriedkov z Kohézneho fondu) sú kompetentné kontrolné orgány, ktorým kontrolná pôsobnosť vyplýva z osobitných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv. Následnú finančnú kontrolu prostriedkov ES (vrátane prostriedkov z Kohézneho fondu)  a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv vykonávajú najmä:
-	kontrolné útvary Ministerstva financií SR,
-	kontrolné útvary ministerstiev, ako správcov rozpočtových kapitol,
-	správy finančnej kontroly,
-	Najvyšší kontrolný úrad SR,
-	kontrolné orgány EÚ.
Následnou finančnou kontrolou sa overuje:
-	objektívny stav kontrolovaných skutočností a ich súlad so všeobecne záväznými právnymi predpismi a vnútornými aktmi riadenia so zameraním na dodržiavanie hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri hospodárení s verejnými prostriedkami,
-	vykonanie predbežnej finančnej kontroly, ktorou sa overuje každá pripravovaná finančná operácia,
-	vykonanie priebežnej finančnej kontroly, ktorou sa overujú finančné operácie vybrané príslušným vedúcim zamestnancom,
-	splnenie opatrení prijatých na nápravu nedostatkov zistených finančnou kontrolou a odstránenie príčin ich vzniku.

6.4 	Prehlásenie o ukončení pomoci 
Vystavenie prehlásenia o ukončení pomoci pre jednotlivé projekty je nutnou podmienkou pre zaslanie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Toto prehlásenie sa vystavuje pri ukončení projektu.
Vystavovanie prehlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním tohto prehlásenia realizuje svoju činnosť v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardami;
2.	riadiaci orgán, platobný orgán, implementačné orgány a sprostredkovateľské orgány poskytujú orgánu vydávajúcemu prehlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci;
3.	prehlásenie je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby;
4.	orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje potrebné opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny a príslušné transakcie sú zákonné a správne;
5.	súčasťou prehlásenia je správa obsahujúca všetky odpovedajúce údaje, z ktorých prehlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým má orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci prístup;
6.	v prípade existencie závažných nedostatkov v riadení alebo kontrole alebo značný výskyt zistených nezrovnalostí, ktoré neumožnia poskytnúť celkovú záruku platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného overenia výdavkov, v prehlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
7.	v prípade, že existujú vážne prekážky pre vypracovaní prehlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho prehlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení;
8.	ak je následne EK prehlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.

6.5	Vnútorný audit
Vnútorný audit vykonávajú vnútorní audítori ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány.
Vnútorným auditom sa hodnotí: 
a)	systém vedenia účtovníctva a jeho organizačné zabezpečenie;
b)	či dodržiavanie predpisov ES sa kontroluje predtým, ako je schválená príslušná platba konečnému prijímateľovi;
c)	či údaje v účtovnej závierke auditovaného subjektu zodpovedajú skutočnému stavu majetku a záväzkov, zdrojov financovania a hospodárenia s majetkom;
d)	dodržiavanie rozpočtu auditovaného subjektu;
e)	dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov pri finančnom riadení a iných činnostiach auditovaného subjektu a  úroveň vykonávania finančného riadenia auditovaného subjektu;
f)	miera hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri využívaní materiálnych, finančných a ľudských zdrojov v rámci plnenia úloh auditovaného subjektu;
g)	či postupy finančného riadenia auditovaného subjektu sú efektívne a účinné pri odhaľovaní a náprave nedostatkov v jeho činnosti;
h)	súlad finančných operácií so všeobecne záväznými právnymi predpismi, vnútornými aktmi riadenia a dodržiavanie hospodárnosti, efektívností a účinnosti pri ich vykonávaní;
i)	metodické postupy auditovaného subjektu a ich dodržiavanie;
j)	systém organizácie a riadenia činnosti všetkých realizačných štruktúr programu a ich informačné a účtovné systémy;
k)	či sú riadne vedené dokumenty týkajúce sa vykonaných administratívnych a fyzických kontrol;
l)	či je zabezpečené vykonávanie finančných kontrol v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z.  o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
m)	správnosť spôsobu a metódy vykonávania finančných kontrol;
n)	účinnosť systému technickej a finančnej kontroly;
o)	primeranosť softvérového vybavenia auditovaného subjektu a stupeň jeho zabezpečenia;
p)	primeranosť a úplnosť informácií, ktoré informačný systém auditovaného subjektu obsahuje vzhľadom na povahu a rozsah jeho činností;
q)	uschovávanie a zabezpečenie dokumentácie vedenej auditovaným subjektom.    
Riadiaci orgán  predkladá správy o výsledkoch vnútorného auditu týkajúce sa využívania finančných prostriedkov ES platobnému orgánu do 20 pracovných dní pred predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii platobným orgánom.  
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predkladá správy o výsledkoch vnútorného auditu týkajúce sa využívania finančných prostriedkov ES platobnému orgánu na základe žiadosti platobného orgánu.
Riadiaci orgán zasiela Európskej komisii plán auditov všetkých orgánov zapojených do riadenia Kohézneho fondu a zhrnutie zistení auditov. Prehľady zistení v podobe ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a o výsledku finančných kontrol budú sprístupnené Európskej komisii.

Zoznam príloh

Príloha č. 1:  Vzťahy medzi orgánmi zapojenými do systému finančného riadenia Kohézneho fondu

Príloha č. 2:  Správa konečného prijímateľa o certifikácii

Príloha č. 3:  Správa implementačného orgánu certifikácii

Príloha č. 4:  Správa riadiaceho orgánu o certifikácii

Príloha č. 5:  Správa sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom o certifikácii

Príloha č. 6:  Výkazy výdavkov k žiadosti o platbu prostriedkov Kohézneho fondu

Príloha č. 7:  Finančné toky prostriedkov Kohézneho fondu

Príloha č. 8:  Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu

Príloha č. 9:  Finančné toky prostriedkov Kohézneho fondu pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii