Osobitná časť
K čl. I
K bodu 1
Ustanovením sa dopĺňa všeobecné pravidlo proti zneužívaniu (tzv. obsah pred formou) v nadväznosti na iniciatívy Slovenskej republiky v boji proti daňovým únikom, najmä opatrenia vyplývajúce z Analýzy uskutočňovaných úhrad za tovary, služby  a iné formy platieb realizované daňovníkmi voči subjektom so sídlom podnikania v nespolupracujúcich, resp. off shore jurisdikciách, ako aj odporúčanie Európskej komisie zo 6.12.2012 v súvislosti s agresívnym daňovým plánovaním. Cieľom predmetnej úpravy je umožniť správcovi dane nebrať pri správe daní do úvahy napríklad umelé transakcie a štruktúry vytvorené za účelom neželanej optimalizácie daňovej povinnosti, a to aj v prípade ak takáto daňová optimalizácia nepredstavuje jediný účel týchto transakcií a štruktúr. 
Pod pojmom daňové zvýhodnenie sa rozumie neoprávnené uplatňovanie si nárokov vyplývajúcich z daňovej legislatívy, napr. nezdaniteľná časť základu dane, uplatnenie daňových výdavkov v neoprávnenej výške, uplatňovanie fiktívnych výdavkov, úmyselná nesprávna kvalifikácia príjmov, ktoré nepodliehajú zdaneniu a pod.

K bodu 2
Ustanovenie sa navrhuje spresniť za účelom jednoznačnosti.

K bodu 3
Ustanovenie o daňovom tajomstve sa dopĺňa novými písmenami, aby sa sprístupnilo daňové tajomstvo orgánom, v súvislosti s plnením ich úloh podľa osobitných predpisov.  
 K bodu 4
Zámerom navrhovaného ustanovenia je, aby bola verejnosť informovaná o porušovaní ustanovení zákona o používaní elektronickej registračnej pokladnice a s tým súvisiacich daňových únikoch a tiež to bude napomáhať k aktívnej účasti občanov pri zisťovaní takýchto porušovaní. Zároveň sa navrhuje sprístupniť číslo účtu daňového subjektu, ktoré správca dane pridelil daňovému subjektu na platbu dane, a to na webovom sídle finančného riaditeľstva z dôvodu umožnenia jeho overenia. 

K bodu 5
Uvedená úprava sa navrhuje za účelom zníženia administratívnej záťaže, nakoľko ide o sprístupnenie daňového tajomstva medzi zamestnancami orgánov finančnej správy, ktorí sú povinní dodržiavať daňové tajomstvo; v týchto prípadoch vedúci zamestnanec ústne poverí zamestnanca na sprístupnenie informácií, ktoré sú daňovým tajomstvom. 

K bodu 6
Navrhuje sa lehota, v ktorej je daňový subjekt povinný podať dodatočné daňové priznanie, ktorým sa opravujú údaje potrebné pre daň z pridanej hodnoty, alebo ak zistí, že daň má byť vyššia, ako bola správcom dane vyrubená alebo nadmerný odpočet má byť nižší alebo nárok na vrátenie dane nižší, ako bol správcom dane priznaný.

K bodu 7 
S cieľom, aby sa predišlo situáciám, keď sa osoby, ktoré sú povinné vypovedať pri správe daní, vyhýbajú tejto povinnosti, navrhuje sa upraviť ustanovenie o predvolaní a predvedení v nadväznosti na skúsenosti z praxe. Za závažné dôvody možno považovať tie, ktoré svojím konaním mohol zapríčiniť alebo ovplyvniť daňový subjekt. Okolnosti hodné osobitného zreteľa sú také, ktoré nastanú nezávisle od vôle daňového subjektu na ktoré je potrebné prihliadať (pr. vis maior).  

K bodu 8
Precizuje sa ustanovenie o dôkazných prostriedkoch. 

K bodom 9 a 10
Ustanovenie o odpustení zmeškanej lehoty sa navrhuje upraviť tak, že správca dane bude povinný odpustiť zmeškanie lehoty zo závažných dôvodov. Zároveň sa navrhuje ustanoviť, že povinnosť odpustiť zmeškanie lehoty sa vzťahuje aj na finančné riaditeľstvo a ministerstvo.

K bodu 11
Navrhuje sa spresniť, že správca dane vydá rovnopis alebo kópiu zápisnice pri miestnom zisťovaní osobe, od ktorej prevzal vec, ktorú zabezpečil.

K bodu  12 
Navrhovanou úpravou sa ustanovuje, aby finančné riaditeľstvo vymazalo zo zoznamu uverejnenom na svojom webovom sídle platiteľov dane z pridanej hodnoty, ktorí boli v zozname zverejnení z dôvodu, že si neplnili zákonné povinnosti, ak  u nich pominuli dôvody, na základe ktorých boli do zoznamu zapísaní a zároveň v dvanástich po sebe nasledujúcich mesiacoch neporušili zákonné povinnosti. Taktiež sa ustanovuje, aby finančné riaditeľstvo pre potreby správy daní zverejňovalo aj zoznam vymazaných platiteľov dane z pridanej hodnoty, ktorý okrem údajov uvedených v zozname podľa § 52 ods. 6 zákona obsahuje aj dátum výmazu, aby boli k dispozícii informácie o tom, kedy boli platitelia dane z pridanej hodnoty v zozname zverejnení a kedy boli z tohto zoznamu vymazaní.

K bodu 13
Navrhovanou úpravou sa zavádza nový inštitút záväzného stanoviska, ktoré sa navrhuje vydávať k uplatneniu osobitných predpisov, ktorých rozsah ustanoví všeobecne záväzný právny predpis vydaný ministerstvom financií. V ustanovení sa navrhuje proces vydávania záväzných stanovísk, lehota na vydanie záväzného stanoviska, ako aj možnosť späťvzatia žiadosti, ak daňový subjekt nesúhlasí s predĺženou lehotou na vydanie záväzného stanoviska. Navrhované ustanovenie predpokladá záväznosť vydaného záväzného stanoviska voči správcovi dane a druhostupňovému orgánu, ak daňový subjekt postupoval v súlade s vydaným záväzným stanoviskom a ak sa nezmenili skutočnosti, na základe ktorých bolo záväzné stanovisko vydané. Ustanovuje sa tiež, kedy záväzné stanovisko stráca účinky. Záväzné stanovisko obsahuje vecný a časový rozsah záväznosti; pričom vecný rozsah sa bude týkať len daňových aspektov budúcich  očakávaných právnych úkonov.  
Žiadosť o záväzné stanovisko podlieha úhrade. Navrhuje sa, aby finančné riaditeľstvo v prípadoch, keď záväzné stanovisko nevydá, vrátilo úhradu do 30 dní odo dňa doručenia oznámenia o vrátení úhrady. Zároveň sa navrhuje zaplatiť daňovému subjektu úrok v prípade, ak daňový subjekt vzal svoje podanie späť, nakoľko mu navrhovaná predĺžená lehota na vydanie záväzného stanoviska nevyhovuje, alebo ak sa k vydaniu záväzného stanoviska v predĺženej lehote nevyjadrí. Úrok sa počíta odo dňa podania úplnej žiadosti až do dňa doručenia oznámenia o vrátení úhrady. 
Taktiež sa navrhuje, aby v prípade, keď sa zistí, že skutočná výška transakcie prevýši výšku transakcie, ktorú uviedol daňový subjekt vo svojej žiadosti najmenej o 10 %, bol daňový subjekt povinný zaplatiť rozdiel na úhrade do 30 dní od tohto zistenia, alebo od doručenia výzvy správcu dane, ktorým je daňový alebo colný úrad, ak túto skutočnosť zistil tento správca dane. Za obdobie odo dňa podania úplnej žiadosti o záväzné stanovisko do dňa zaplatenia rozdielu na úhrade je daňový subjekt povinný zaplatiť ročný úrok zo sumy rozdielu úhrady vo výške 1% za každý deň omeškania. Rovnaký postup sa uplatní, ak záväzné stanovisko bolo vydané k jednému obchodnému prípadu a daňový subjekt uplatnil postup pre tento obchodný prípad opakovane. Navrhuje sa povinnosť daňového subjektu, ktorý  v lehote 12 kalendárnych mesiacov nasledujúcich po vydaní záväzného stanoviska uplatnil postup uvedený v záväznom stanovisku aj na iný obchodný prípad ako predpokladaný obchodný prípad uvedený v žiadosti,  zaplatiť úhradu zo sumy iného obchodného prípadu do 30 dní od uplatnenia postupu alebo od nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia daňového úradu alebo colného úradu, ktorý túto skutočnosť zistil. Daňový úrad alebo colný úrad vyrubí daňovému subjektu ročný úrok vo výške 1 % zo sumy úhrady. 

K bodu 14
Ide o legislatívno-technickú úpravu zákona.

K bodu 15
Zavádza sa možnosť na žiadosť daňového subjektu vrátiť alebo preúčtovať platbu, ktorá bola uhradená na účet iného daňového subjektu. Správca dane na základe žiadosti daňového subjektu, ktorý platbu uhradil na účet iného daňového subjektu, podanú do troch mesiacov od úhrady platby, vráti takúto platbu alebo ju preúčtuje na účet žiadajúceho daňového subjektu. Pri vrátení platby postupuje správca dane ako pri vrátení preplatku. Zároveň sa na navrhuje, aby sa za deň platby v uvedenom prípade považoval deň pôvodného odpísania z účtu daňového subjektu, z dôvodu aby nedošlo k sankcionovaniu v prípade takéhoto konania daňového subjektu. 

K bodu 16
Navrhovaným znením sa precizuje ustanovenie o preúčtovaní preplatku.   

K bodu 17
Ustanovenie o odklade platenia dane a o platení dane v splátkach sa navrhuje upraviť tak, aby daňovému subjektu, ktorý nezaplatí splátky alebo daň v lehote ustanovenej správcom dane v rozhodnutí o odklade platenia dane alebo povolenia platenia dane v splátkach, bol vyrubený úrok zo sumy zostávajúcej časti neuhradenej dane, a to odo dňa pôvodnej splatnosti dane.  

K bodu 18
Ide o legislatívne spresnenie ustanovenia, nakoľko nadriadený zamestnanec z vlastného podnetu môže rozhodnúť o vylúčení zamestnanca, nie o námietke.

K bodu 19
Ustanovenie o nulite rozhodnutia sa navrhuje upraviť tak, aby bolo možné rozhodnúť o nulite rozhodnutia, ktoré bolo vydané aj iným orgánom ako správcom dane (finančné riaditeľstvo, ministerstvo financií). 

K bodom 20 až 24
V záujme zníženia administratívnej záťaže daňových subjektov pri registračnom konaní sa navrhuje vypustiť niektoré údaje, ktoré je daňový subjekt povinný pri registrácii uvádzať. 

K bodu 25
Ustanovenie sa precizuje tak, aby správca dane vo vyrubovacom konaní určil rozdiel v sume, ktorú bol daňový subjekt povinný uhradiť, t.j. nie len po daňovej kontrole ale aj po procese určenia dane podľa pomôcok.  

K bodu 26
Navrhuje sa zjednotiť lehoty, v ktorých je možné preskúmať právoplatné rozhodnutia, a to nadväzne na zánik práva vyrubiť daň.

K bodom 27 až 29
Z dôvodu sprehľadnenia a zjednodušenia sa navrhuje ustanoviť jednotnú výšku súm sankcií, úrokov a daňového preplatku.
  
K bodu 30 
Ustanovenie sa navrhuje doplniť tak, aby sa aj na Kriminálny úrad finančnej správy vzťahovali ustanovenia daňového poriadku rovnako ako na finančné riaditeľstvo.

K bodu 31
Navrhujú sa prechodné ustanovenia k úpravám účinným od 1.1. 2014.

K bodu 32
Upravuje sa názov transpozičnej prílohy k platnému zákonu v súlade s Legislatívnymi pravidlami vlády, ako aj s § 166 zákona.

K čl. II

K bodu 1
Navrhuje sa doplniť ustanovenie § 17 o oslobodenie od dane z nehnuteľností na pozemky a stavby vo vlastníctve štátu, slúžiace na výchovu a vzdelávanie v materských a základných školách, čím sa zachová z hľadiska zdanenia rovnaký prístup, aký platil do konca roku 2012. 

K bodu 2
Navrhuje sa posunúť hranicu sumy, do ktorej nebude musieť obec vyrubovať miestne dane podľa spoločného priznania. 

K bodu 3
Ide o prechodné ustanovenie, podľa ktorého sa navrhované oslobodenie uplatní už v zdaňovacom období roku 2013 s tým, že ak dotknutý daňovník daň z nehnuteľností uhradil, správca dane vráti túto daň alebo ju použije na úhradu nedoplatkov na iných miestnych daniach, ak daň bola vyrubená a neuhradená, správca dane postupuje podľa § 75 daňového poriadku (obnova konania) a ak daň na rok 2013 ešte nebola vyrubená, tak ju správca dane už ani nevyrubí.

K čl. III

Navrhovanou úpravou sa precizujú pojmy preplatok na odvode a preplatok zo zúčtovania odvodov. 

K čl. IV

Z dôvodu potreby sprísnenia podmienok pri vykonávaní cenovej regulácie a vecnej regulácie Úradom pre reguláciu sieťových odvetví (ďalej „úrad“) ako aj podmienok podpory podľa zákona č. 309/2009 Z. z. sa navrhuje doplnenie ustanovenia, ktoré umožní úradu preveriť, či má regulovaný subjekt daňové nedoplatky, nedoplatky poistného na zdravotné poistenie, nedoplatky na sociálne poistenie a príspevkov na starobné dôchodkové sporenie.

K čl. V

Účinnosť zákona sa navrhuje 1. novembra 2013 okrem čl. I bodov 1 až 12 a 14 až 32, čl. III a IV, ktoré nadobúdajú účinnosť 1. januára 2014 a čl. I bodu 13, ktorý nadobúda účinnosť 
1. septembra 2014.